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- PDB-5lvt: Structure of HU protein from Lactococcus lactis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lvt
タイトルStructure of HU protein from Lactococcus lactis
要素DNA-binding protein HU
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / HU PROTEIN / DNA BINDING (デオキシリボ核酸) / LACTOCOCCUS LACTIS
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HU Protein; Chain A / IHF-like DNA-binding proteins / Histone-like DNA-binding protein, conserved site / Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature. / Histone-like DNA-binding protein / Bacterial DNA-binding protein / bacterial (prokaryotic) histone like domain / Integration host factor (IHF)-like DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / イレギュラー
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / DNA-binding protein HU
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Le Meur, R. / Coste, F. / Castaing, B.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of HU protein from Lactococcus lactis
著者: Le Meur, R. / Coste, F. / Castaing, B.
履歴
登録2016年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein HU
B: DNA-binding protein HU
C: DNA-binding protein HU
D: DNA-binding protein HU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,34927
ポリマ－38,7694
非ポリマー1,58023
水3,639202
1
A: DNA-binding protein HU
C: DNA-binding protein HU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,10813
ポリマ－19,3842
非ポリマー72411
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6500 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
2
B: DNA-binding protein HU
D: DNA-binding protein HU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,24114
ポリマ－19,3842
非ポリマー85712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area10170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.774, 99.002, 168.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-31-

GLU

21A-202-

HOH

31A-208-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
DNA-binding protein HU


分子量: 9692.154 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (strain IL1403) (乳酸菌)
株: IL1403 / 遺伝子: hup, hslA, LL0502, L102317 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CI64
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100mM Na acetate, 2M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.03 Å / Num. obs: 22969 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.895 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.593 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MUL

1mul


解像度: 2.1→43.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.212 / SU Rfree Blow DPI: 0.16 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.157
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1139 4.96 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.186 22967 96.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3584 Å20 Å20 Å2
2--2.8111 Å20 Å2
3----0.4527 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→43.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2612 0 98 202 2912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012711HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.053640HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d915SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes67HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes408HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2711HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.87
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion375SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3188SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.19 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 126 4.43 %
Rwork0.215 2721 -
all0.216 2847 -
obs--99.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.38181.12580.1751.0776-0.05810.5495-0.09410.01380.2394-0.03240.1366-0.13160.06440.0584-0.0425-0.07150.03750.0564-0.0425-0.03430.000724.310117.5847-29.413
20.9989-0.46070.31142.57970.07220.7578-0.0717-0.1586-0.05070.06980.17850.17510.1955-0.1148-0.1067-0.02820.01880.0375-0.04330.0178-0.07434.6212-3.0754-18.2341
30.610.3795-0.66291.1122-0.63182.6358-0.0145-0.10690.15740.06850.0704-0.0691-0.0970.1503-0.0559-0.10740.03120.0329-0.0404-0.0394-0.02420.002315.9013-24.0389
400.30020.33662.5245-1.22921.2809-0.0859-0.06520.03990.0880.24920.17480.2494-0.2521-0.1634-0.03190.0240.0652-0.01770.006-0.0401-1.4436-4.4713-14.2838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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