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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lur | ||||||
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タイトル | An avidin mutant | ||||||
![]() | Avidin | ||||||
![]() | biotin binding protein / Avidin / antidins / steroids / progesterone / Steroid-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Agrawal, N. / Lehtonen, S.I. / Riihimaki, T.A. / Kulomaa, M.S. / Hytonen, V.P. / Johnson, M.S. / Airenne, T.T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An avidin mutant 著者: Agrawal, N. / Lehtonen, S.I. / Riihimaki, T.A. / Kulomaa, M.S. / Hytonen, V.P. / Johnson, M.S. / Airenne, T.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 922.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 924 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4u46S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称)) らせん対称: (Num. of operations: 2 / Rise per n subunits: 1 Å / Rotation per n subunits: 180 °) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15863.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.23 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Drop size: 150 nl of protein-ligand solution and well solution. Protein-ligand solution: 1.8 mg/ml of protein solution (20 mM sodium phosphate, 1M sodium chloride, 20mM imidazole, pH 7.4) and ...詳細: Drop size: 150 nl of protein-ligand solution and well solution. Protein-ligand solution: 1.8 mg/ml of protein solution (20 mM sodium phosphate, 1M sodium chloride, 20mM imidazole, pH 7.4) and 50 mM ligand solution (1.57 mg in 100 microL of water) were mixed in 10:1 (v/v) ratio. Well solution: 0.18 M sodium chloride, 0.09 M sodium cacodylate (pH 6.5) and 1.8 M ammonium sulfate. Temp details: Temperature-controlled incubator was used. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→19.56 Å / Num. obs: 7458 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.37 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / CC1/2: 0.7 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4U46 解像度: 2.7→19.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 13.075 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.349 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.703 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.7→19.56 Å
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拘束条件 |
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