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- PDB-5lug: Crystal structure of human Spindlin-2B protein in complex with AR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lug
タイトルCrystal structure of human Spindlin-2B protein in complex with ART(M3L)QTA(2MR)KS peptide
要素
  • ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-2MR-LYS-SER
  • Spindlin-like protein 2, isoform CRA_a
キーワードCELL CYCLE / SPINDLIN-2B (protein): PEPTIDE BINDING PROTEIN / SPINDLIN MEMBER 2B / SPIN2B / TUDOR DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cell cycle / gamete generation / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex ...: / cell cycle / gamete generation / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / NoRC negatively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Meiotic recombination / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RMTs methylate histone arginines / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / HATs acetylate histones / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / chromatin organization / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / regulation of cell cycle / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spindlin-2 / Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
N3, N4-DIMETHYLARGININE / Spindlin-like protein 2, isoform CRA_a / Histone H3.1 / Spindlin-2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Srikannathasan, V. / Gileadi, C. / Talon, R. / Shrestha, L. / Kopec, J. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...Srikannathasan, V. / Gileadi, C. / Talon, R. / Shrestha, L. / Kopec, J. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Huber, K.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of human Spindlin-2B protein in complex with ART(M3L)QTA(2MR)KS peptide
著者: Srikannathasan, V.
履歴
登録2016年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindlin-like protein 2, isoform CRA_a
B: Spindlin-like protein 2, isoform CRA_a
C: Spindlin-like protein 2, isoform CRA_a
D: Spindlin-like protein 2, isoform CRA_a
F: ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-2MR-LYS-SER
G: ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-2MR-LYS-SER
H: ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-2MR-LYS-SER
E: ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-2MR-LYS-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,47715
ポリマ－106,9028
非ポリマー5757
水14,160786
1
A: Spindlin-like protein 2, isoform CRA_a
C: Spindlin-like protein 2, isoform CRA_a
F: ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-2MR-LYS-SER
H: ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-2MR-LYS-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5756
ポリマ－53,4514
非ポリマー1242
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spindlin-like protein 2, isoform CRA_a
D: Spindlin-like protein 2, isoform CRA_a
G: ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-2MR-LYS-SER
E: ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-2MR-LYS-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9019
ポリマ－53,4514
非ポリマー4515
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.533, 81.225, 93.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid AA
21chain B and segid BA
31chain D and segid DA

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AAA0
211chain B and segid BAB0
311chain D and segid DAD0

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要素

#1: タンパク質
Spindlin-like protein 2, isoform CRA_a / SPINDLIN MEMBER 2B / SPIN2B / TUDOR DOMAIN


分子量: 25506.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ART(M3L)QTA(2MR)KS peptide / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN-2, hCG_1642309 / プラスミド: pNIC-CTHF
詳細 (発現宿主): C -terminal, TEV cleavable hexahistidine tag
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-Rosetta / 参照: UniProt: A0A024R9Y9, UniProt: Q9BPZ2*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
ALA-ARG-THR-M3L-GLN-THR-ALA-2MR-LYS-SER


分子量: 1219.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ART(M3L)QTA(2MR)KS - co crystallised and no density for KS and 2MR show dual conformation.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-2MR / N3, N4-DIMETHYLARGININE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 202.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 786 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 107508 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 15448 / CC1/2: 0.88 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.623 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.9_1682精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.7→19.902 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.32
詳細: initial refinement carried on REFMAC then later and final refinement done by PHENIX refinement; Protein residues do not have density: ESSESPPTEREPG Some residues side chain are removed due to ...詳細: initial refinement carried on REFMAC then later and final refinement done by PHENIX refinement; Protein residues do not have density: ESSESPPTEREPG Some residues side chain are removed due to lack of density.Some residues have dual conformation.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 5304 4.94 %
Rwork0.1942 --
obs0.1956 107408 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.32 Å2 / Biso mean: 23.8694 Å2 / Biso min: 10.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→19.902 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6865 0 76 786 7727
Biso mean--43.32 31.1 -
残基数----854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1419586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491031
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2652599
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2883X-RAY DIFFRACTION7.862TORSIONAL
12B2883X-RAY DIFFRACTION7.862TORSIONAL
13D2883X-RAY DIFFRACTION7.862TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.71930.32351790.31273330350998
1.7193-1.73950.36291740.31643333350798
1.7395-1.76070.29971810.29893297347898
1.7607-1.7830.3571490.29373406355598
1.783-1.80650.31391850.27473383356898
1.8065-1.83120.29621950.26563319351499
1.8312-1.85730.29721790.27413360353999
1.8573-1.8850.30251700.27663386355699
1.885-1.91450.3141730.25963399357299
1.9145-1.94580.26481530.23063392354599
1.9458-1.97930.24391700.22093407357799
1.9793-2.01530.2071860.20583383356999
2.0153-2.0540.22431780.192133793557100
2.054-2.09590.21021840.200734143598100
2.0959-2.14140.2331750.182334543629100
2.1414-2.19120.2251760.183833593535100
2.1912-2.24590.23991960.185833943590100
2.2459-2.30650.22811760.187134193595100
2.3065-2.37430.22051730.186834363609100
2.3743-2.45080.21381790.191834173596100
2.4508-2.53820.24511600.19534453605100
2.5382-2.63970.23971770.187334323609100
2.6397-2.75950.2231700.191134663636100
2.7595-2.90460.21021810.193434103591100
2.9046-3.08590.22531720.189234383610100
3.0859-3.32320.19691940.177134283622100
3.3232-3.65570.17721540.167834643618100
3.6557-4.18050.20591850.155434373622100
4.1805-5.25090.13571970.142834423639100
5.2509-19.90340.20091830.17663475365899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.7106 Å / Origin y: 4.9808 Å / Origin z: -17.6784 Å
111213212223313233
T0.121 Å20.0082 Å2-0.0026 Å2-0.1258 Å2-0.0153 Å2--0.1408 Å2
L0.1009 °20.0465 °2-0.0522 °2-0.0851 °2-0.0356 °2--0.2287 °2
S0.0079 Å °-0.0238 Å °-0.0034 Å °0.0046 Å °-0.0002 Å °-0.0016 Å °-0.0058 Å °0.036 Å °-0.0062 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA45 - 264
2X-RAY DIFFRACTION1allB45 - 264
3X-RAY DIFFRACTION1allC45 - 265
4X-RAY DIFFRACTION1allD46 - 265
5X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 8
6X-RAY DIFFRACTION1allF8
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 8
8X-RAY DIFFRACTION1allG8
9X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 8
10X-RAY DIFFRACTION1allH8
11X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 797
12X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 7
13X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 7
14X-RAY DIFFRACTION1allE8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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