[日本語] English
万見
- PDB-5ltm: Crystal structure of phenylalanine ammonia-lyase from Anabaena va... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ltm
タイトルCrystal structure of phenylalanine ammonia-lyase from Anabaena variabilis (Y78F-C503S-C565S) bound to cinnamate
要素phenylalanine ammonia lyase
キーワードLYASE / Cinnamate / avPAL / Phenylalanine Ammonia-Lyase. Y78F mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine ammonia-lyase / cinnamic acid biosynthetic process / phenylpropanoid biosynthetic process / phenylalanine ammonia-lyase activity / aromatic amino acid metabolic process / L-phenylalanine catabolic process / protein homotetramerization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like ...Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site / Phenylalanine and histidine ammonia-lyases signature. / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROCINNAMIC ACID / Phenylalanine ammonia-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.413 Å
データ登録者Dunstan, M.S. / Leys, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Zymophore identification enables the discovery of novel phenylalanine ammonia lyase enzymes.
著者: Weise, N.J. / Ahmed, S.T. / Parmeggiani, F. / Galman, J.L. / Dunstan, M.S. / Charnock, S.J. / Leys, D. / Turner, N.J.
履歴
登録2016年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: phenylalanine ammonia lyase
A: phenylalanine ammonia lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,7874
ポリマ－117,4872
非ポリマー3002
水7,116395
1
B: phenylalanine ammonia lyase
A: phenylalanine ammonia lyase
ヘテロ分子

B: phenylalanine ammonia lyase
A: phenylalanine ammonia lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,5758
ポリマ－234,9744
非ポリマー6014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
Buried area32330 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area57690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.077, 78.077, 354.492
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

-
要素

#1: タンパク質 phenylalanine ammonia lyase


分子量: 58743.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli Bl21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3M5Z3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HCI / HYDROCINNAMIC ACID / 3PP / 3-PHENYLPROPIONIC ACID / 3-フェニルプロピオン酸


分子量: 150.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12-20% PEG1500 100mM SPG (Succinic acid dihydrogen phosphate glycine (pH7.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 180 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→29.829 Å / Num. obs: 552678 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.7 % / Net I/σ(I): 3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.413→29.829 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2056 2180 5.01 %
Rwork0.1562 --
obs0.1586 43475 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 118.11 Å2 / Biso mean: 26.9025 Å2 / Biso min: 10.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.413→29.829 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8254 0 22 395 8671
Biso mean--24.04 30.07 -
残基数----1074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31211472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061509
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1963088
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4129-2.46540.25791470.19522402254996
2.4654-2.52270.24641210.187725632684100
2.5227-2.58570.26791430.170325062649100
2.5857-2.65560.25371440.166625302674100
2.6556-2.73370.23411300.163825322662100
2.7337-2.82190.23941180.171325752693100
2.8219-2.92270.21021290.169725482677100
2.9227-3.03960.23321320.167825392671100
3.0396-3.17770.2441410.168325612702100
3.1777-3.34510.20291390.172725762715100
3.3451-3.55430.21351380.160525962734100
3.5543-3.82830.20331340.147425662700100
3.8283-4.21260.17831270.134126162743100
4.2126-4.81990.17891350.125726552790100
4.8199-6.06420.16311490.154926762825100
6.0642-29.83170.1711530.148828543007100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る