[日本語] English
万見
- PDB-5ltl: Structure of human chemokine CCL16 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ltl
タイトルStructure of human chemokine CCL16
要素C-C motif chemokine 16
キーワードCYTOKINE / Chemokine / CC-type / Chemotaxis
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR chemokine receptor binding / cell communication / lymphocyte chemotaxis / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / chemoattractant activity / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 ...CCR chemokine receptor binding / cell communication / lymphocyte chemotaxis / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / chemoattractant activity / monocyte chemotaxis / cellular response to interleukin-1 / neutrophil chemotaxis / cellular response to type II interferon / chemotaxis / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (i) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Weiergraeber, O.H. / Batra-Safferling, R. / Haenel, K. / Willbold, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and dynamics of human chemokine CCL16
著者: Weiergraeber, O.H. / Petrovic, D. / Kislat, A. / Pattky, M. / Fabig, J. / Batra-Safferling, R. / Haenel, K. / Huhn, C. / Strodel, B. / Homey, B. / Willbold, D.
履歴
登録2016年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 16
B: C-C motif chemokine 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0324
ポリマ－22,9172
非ポリマー1152
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.350, 24.590, 37.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 C-C motif chemokine 16 / Chemokine CC-4 / HCC-4 / Chemokine LEC / IL-10-inducible chemokine / LCC-1 / Liver-expressed ...Chemokine CC-4 / HCC-4 / Chemokine LEC / IL-10-inducible chemokine / LCC-1 / Liver-expressed chemokine / Lymphocyte and monocyte chemoattractant / LMC / Monotactin-1 / MTN-1 / NCC-4 / Small-inducible cytokine A16


分子量: 11458.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL16, ILINCK, NCC4, SCYA16 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): SHuffle T7 / 参照: UniProt: O15467
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M sodium phosphate, 0.5 M sodium chloride, 10 % (v/v) glycerol, 1.6 M sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月19日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→37.91 Å / Num. obs: 22666 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC1/2: 0.883 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q8T

2q8t


解像度: 1.45→37.91 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 23.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1976 1134 5 %
Rwork0.1705 --
obs0.1719 22637 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→37.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1075 0 7 90 1172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0491629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.296447
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074185
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.51590.25411400.26262644X-RAY DIFFRACTION99
1.5159-1.59580.26831390.22192630X-RAY DIFFRACTION99
1.5958-1.69580.20261390.20152641X-RAY DIFFRACTION99
1.6958-1.82670.26651430.18242704X-RAY DIFFRACTION100
1.8267-2.01050.20411400.17622661X-RAY DIFFRACTION99
2.0105-2.30140.21571420.16722707X-RAY DIFFRACTION100
2.3014-2.89940.20261420.18712700X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.79670.8621-1.34713.2877-1.23643.9855-0.02980.1574-0.0255-0.25110.0545-0.02150.0552-0.0597-0.02430.161-0.0164-0.00790.1586-0.03170.15168.676311.782410.8319
23.1650.203-0.67243.52430.77144.9473-0.0636-0.1708-0.01130.13480.1263-0.0794-0.13390.273-0.05650.1446-0.0051-0.02120.2211-0.02730.177823.080415.9653-11.3849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 8:75
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 8:76

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る