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万見
- PDB-5lti: Crystal structure of the alpha subunit of heme dependent oxidativ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lti
タイトルCrystal structure of the alpha subunit of heme dependent oxidative N-demethylase (HODM) in complex with the dimethylamine substrate
要素heme dependent oxidative N-demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / heme binding / PAS domain / amine oxidase / dimethylamine
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylamine monooxygenase / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem-dependent oxidative N-demethylase, alpha subunit-like / Haem-dependent oxidative N-demethylase, alpha subunit-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DIMETHYLAMINE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRIC OXIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Heme-dependent oxidative N-demethylase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ortmayer, M. / Leys, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: An oxidative N-demethylase reveals PAS transition from ubiquitous sensor to enzyme.
著者: Ortmayer, M. / Lafite, P. / Menon, B.R. / Tralau, T. / Fisher, K. / Denkhaus, L. / Scrutton, N.S. / Rigby, S.E. / Munro, A.W. / Hay, S. / Leys, D.
履歴
登録2016年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Database references
改定 1.22016年12月7日Group: Database references
改定 1.32016年12月21日Group: Database references
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: heme dependent oxidative N-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9826
ポリマ－40,1621
非ポリマー8215
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.212, 80.212, 144.608
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

NA

21A-784-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 heme dependent oxidative N-demethylase


分子量: 40161.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: Pmen_3455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4XXY9

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非ポリマー , 6種, 198分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DMN / DIMETHYLAMINE


分子量: 45.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7N
#4: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The HODM-heme subunit was crystallised at 3 mg ml-1 in 50 mM KPi, 100 mM KCl, pH 7.5. Initial crystallisation conditions were identified using the JCSG+ matrix screen (Molecular dimensions). ...詳細: The HODM-heme subunit was crystallised at 3 mg ml-1 in 50 mM KPi, 100 mM KCl, pH 7.5. Initial crystallisation conditions were identified using the JCSG+ matrix screen (Molecular dimensions). Crystals suitable for diffraction experiments were obtained by sitting drop vapour diffusion at 277 K in 400 nL drops containing equal volumes of protein and a solution containing 30% PEG 2K MME and 0.1 M potassium thiocyanate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28.36 Å / Num. obs: 36266 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5LTE

5lte


解像度: 1.9→28.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.325 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20101 1909 5 %RANDOM
Rwork0.17283 ---
obs0.17424 36235 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.824 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→28.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2738 0 54 193 2985
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0192898
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1131.9683952
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96136113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4225337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.64322.484153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.30815455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9821533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.897→1.946 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 137 -
Rwork0.211 2623 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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