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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lti | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the alpha subunit of heme dependent oxidative N-demethylase (HODM) in complex with the dimethylamine substrate | ||||||
![]() | heme dependent oxidative N-demethylase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / heme binding / PAS domain / amine oxidase / dimethylamine | ||||||
機能・相同性 | Haem-dependent oxidative N-demethylase, alpha subunit-like / Haem-dependent oxidative N-demethylase, alpha subunit-like / metal ion binding / DIMETHYLAMINE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRIC OXIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DUF3445 domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ortmayer, M. / Leys, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An oxidative N-demethylase reveals PAS transition from ubiquitous sensor to enzyme. 著者: Ortmayer, M. / Lafite, P. / Menon, B.R. / Tralau, T. / Fisher, K. / Denkhaus, L. / Scrutton, N.S. / Rigby, S.E. / Munro, A.W. / Hay, S. / Leys, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 829.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 835.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 40161.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Pmen_3455 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 198分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/DMN.gif)
![](data/chem/img/NO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMN.gif)
![](data/chem/img/NO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
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#3: 化合物 | ChemComp-DMN / |
#4: 化合物 | ChemComp-NO / |
#5: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#6: 化合物 | ChemComp-NA / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.52 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: The HODM-heme subunit was crystallised at 3 mg ml-1 in 50 mM KPi, 100 mM KCl, pH 7.5. Initial crystallisation conditions were identified using the JCSG+ matrix screen (Molecular dimensions). ...詳細: The HODM-heme subunit was crystallised at 3 mg ml-1 in 50 mM KPi, 100 mM KCl, pH 7.5. Initial crystallisation conditions were identified using the JCSG+ matrix screen (Molecular dimensions). Crystals suitable for diffraction experiments were obtained by sitting drop vapour diffusion at 277 K in 400 nL drops containing equal volumes of protein and a solution containing 30% PEG 2K MME and 0.1 M potassium thiocyanate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.917 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→28.36 Å / Num. obs: 36266 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5LTE 解像度: 1.9→28.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.325 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.824 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→28.36 Å
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拘束条件 |
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