PDB-5ltg: Citrate-bound Pichia angusta Atg18

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ltg

タイトル

Citrate-bound Pichia angusta Atg18

要素

Autophagy-related protein 18

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / membrane binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleophagy / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / fungal-type vacuole membrane / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / extrinsic component of membrane / autophagy of mitochondrion / protein transport / endosome membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pichia angusta (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Scacioc, A. / Kuhnel, K.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Citrate-bound Pichia angusta Atg18
著者: Scacioc, A. / Kuhnel, K.

履歴

登録	2016年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ltg.cif.gz	147.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ltg.ent.gz	110.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ltg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ltg_validation.pdf.gz	472.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ltg_full_validation.pdf.gz	478.8 KB	表示
XML形式データ	5ltg_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	5ltg_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5ltg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/5ltg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4av8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ltd-1 2efu-3 2efx-2 3eva-d 1hjs-3 5ltd-2 4jh9-d 3evb-d 3wnj-d 2dns-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Autophagy-related protein 18

B: Autophagy-related protein 18

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Autophagy-related protein 18

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Autophagy-related protein 18

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.811, 57.969, 62.173
Angle α, β, γ (deg.)	84.19, 81.23, 87.01
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Autophagy-related protein 18 分子量: 58005.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pichia angusta (菌類) / 遺伝子: ATG18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5QA94
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 20 % (w/V) PEG 8000, 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium phosphate dibasic-citric acid pH 4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→41.342 Å / Num. obs: 51797 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / R_merge(I) obs: 0.361

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4AV8

4av8

解像度: 2→41.342 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2692	2570	5 %
R_work	0.214	-	-
obs	0.2167	51378	95.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→41.342 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4817	0	36	385	5238

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4965
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.204	6754
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.864	1792
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	800
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	856

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0385	0.3693	137	0.2894	2592	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0385-2.0801	0.3374	142	0.2699	2724	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0801-2.1253	0.3604	142	0.2571	2696	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1253-2.1748	0.323	143	0.2485	2708	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1748-2.2292	0.313	143	0.2393	2721	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2292-2.2894	0.2664	140	0.2251	2665	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2894-2.3568	0.3196	142	0.238	2694	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3568-2.4328	0.277	144	0.2224	2734	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4328-2.5198	0.2643	144	0.2207	2738	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5198-2.6207	0.2826	144	0.2342	2722	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6207-2.7399	0.3207	144	0.2413	2746	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7399-2.8843	0.3028	143	0.2217	2705	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8843-3.065	0.2785	143	0.2226	2731	X-RAY DIFFRACTION	97
3.065-3.3015	0.2734	144	0.2182	2720	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3015-3.6336	0.2401	144	0.1983	2746	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6336-4.159	0.2313	146	0.1839	2764	X-RAY DIFFRACTION	97
4.159-5.2382	0.2135	143	0.1697	2716	X-RAY DIFFRACTION	96
5.2382-41.3504	0.258	142	0.2218	2686	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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