PDB-5lrt: Structure of the Deamidase-Depupylase Dop of the Prokaryotic Ubiq...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lrt

タイトル

Structure of the Deamidase-Depupylase Dop of the Prokaryotic Ubiquitin-like Modification Pathway in Complex with ADP and Phosphate

要素

Depupylase

キーワード

HYDROLASE / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / proteasomal protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / peptidase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidothermus cellulolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Bolten, M. / Vahlensieck, C. / Lipp, C. / Leibundgut, M. / Ban, N. / Weber-Ban, E.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Depupylase Dop Requires Inorganic Phosphate in the Active Site for Catalysis.
著者: Bolten, M. / Vahlensieck, C. / Lipp, C. / Leibundgut, M. / Ban, N. / Weber-Ban, E.

履歴

登録	2016年8月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月22日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lrt.cif.gz	212.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lrt.ent.gz	167.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lrt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lrt_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lrt_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5lrt_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	5lrt_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/5lrt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/5lrt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4b0rS 4b0s S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4b0r-d 4zge-6 4zgd-2 4fm4-3 1gin-d 3q27-d 3cj7-d 4zgd-3 5fxy-1 1kjx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Depupylase

ヘテロ分子

58.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.398, 72.398, 215.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Depupylase 分子量: 57288.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidothermus cellulolyticus (strain ATCC 43068 / 11B) (バクテリア) 遺伝子: dop, Acel_1186 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0LU48, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

#1: タンパク質

Depupylase

分子量: 57288.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acidothermus cellulolyticus (strain ATCC 43068 / 11B) (バクテリア)
遺伝子: dop, Acel_1186 / プラスミド: pET21 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0LU48, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

-
非ポリマー , 8種, 235分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 18-23% (w/v) PEG 3350, 100mM bis-tris propane pH 8.25-9.0 at 20 degC, 200mM KSCN, 20mM MgCl2 and 5mM ATP PH範囲: 8.25 - 9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.99998 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99998 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→36.2 Å / Num. obs: 56972 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.9 % / B_iso Wilson estimate: 39.17 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 24.3 / Num. measured all: 506782

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.89	9	1.498	0.615	1	100
9.06-36.2	8.4	0.022	1	1	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.27 Å	36.2 Å
Translation	7.27 Å	36.2 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.23	データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PHENIX	1.10_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS	VERSION March 30, 2013	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB 4b0r

4b0r

解像度: 1.85→36.199 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1977	2880	5.06 %
R_work	0.1665	-	-
obs	0.168	56895	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.57 Å² / B_iso mean: 49.5952 Å² / B_iso min: 25.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→36.199 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3636	0	83	224	3943
B_iso mean	-	-	52.69	53.07	-
残基数	-	-	-	-	464

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3849
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.127	5229
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	574
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	684
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.972	2336

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8501-1.8804	0.3694	125	0.3185	2497	2622
1.8804-1.9128	0.3144	150	0.3036	2552	2702
1.9128-1.9476	0.2679	127	0.2503	2533	2660
1.9476-1.9851	0.2431	161	0.2295	2494	2655
1.9851-2.0256	0.2693	129	0.2022	2574	2703
2.0256-2.0696	0.1968	139	0.1942	2505	2644
2.0696-2.1178	0.2141	137	0.1904	2532	2669
2.1178-2.1707	0.1868	130	0.1761	2540	2670
2.1707-2.2294	0.2074	140	0.172	2550	2690
2.2294-2.295	0.2071	136	0.1654	2544	2680
2.295-2.3691	0.2245	127	0.1664	2569	2696
2.3691-2.4537	0.1939	122	0.1614	2558	2680
2.4537-2.5519	0.1603	144	0.1595	2565	2709
2.5519-2.668	0.2138	132	0.1575	2585	2717
2.668-2.8087	0.2233	161	0.1676	2534	2695
2.8087-2.9845	0.2196	140	0.1697	2579	2719
2.9845-3.2149	0.2122	137	0.1752	2590	2727
3.2149-3.5381	0.2051	130	0.1676	2601	2731
3.5381-4.0495	0.1764	154	0.1561	2621	2775
4.0495-5.0997	0.1734	125	0.1354	2672	2797
5.0997-36.2059	0.179	134	0.1697	2820	2954

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9119	-0.2841	1.7665	3.1957	0.5486	1.9218	-0.1925	0.1851	-0.0266	0.1743	0.362	0.1275	0.0562	-0.2913	0.0247	0.2879	0.0141	0.063	0.3272	-0.0526	0.3567	-9.5034	66.6528	25.1164
2	0.2921	-0.4034	0.0053	0.6095	0.1793	0.604	-0.1375	0.1153	0.5037	0.6276	0.1863	0.3176	-0.4088	-0.2342	0.0002	0.5658	0.1014	0.0702	0.5179	-0.0694	0.4871	-12.0071	76.5297	33.7519
3	1.4319	0.9137	0.9082	3.0688	0.2862	1.8922	0.013	0.0452	0.0562	0.3158	0.0786	-0.017	-0.2287	0.0668	-0.0002	0.2873	-0.0119	0.0231	0.3194	-0.0314	0.3055	-3.7631	71.1238	27.7499
4	0.2502	-0.0337	-0.0049	0.104	-0.1032	0.1156	0.0636	-0.8239	0.3001	0.8767	-0.0152	0.0168	-0.2707	-0.3598	0.0005	0.6869	0.0241	0.1192	0.6638	-0.1022	0.469	-14.7087	66.796	40.0921
5	1.1972	0.2709	1.026	2.2589	0.9968	1.6513	-0.092	0.5741	-0.1826	-0.2674	0.1329	0.1976	-0.1492	-0.1333	0.0075	0.31	-0.0273	0.0223	0.5143	-0.0912	0.3221	-11.8658	61.0845	11.6646
6	0.0156	-0.0199	-0.0039	0.0263	0.0094	0.0194	-0.0468	0.1636	0.1036	-0.1182	0.1511	0.4856	-0.1012	-0.0552	-0.0013	0.7211	-0.0246	0.0367	0.7214	-0.0796	1.0215	-21.2174	69.4978	12.2116
7	1.2638	0.0829	0.5102	1.4202	0.5576	1.3894	-0.1881	0.6927	0.0205	-0.4421	0.2824	-0.2469	-0.4161	0.3357	0.0128	0.4222	-0.0959	0.0634	0.586	-0.0459	0.3398	-3.1682	68.6119	9.371
8	0.3144	-0.0671	0.1157	0.4362	-0.0405	0.2712	-0.0476	0.8919	-0.5384	-0.313	0.1522	-0.1109	0.224	0.2645	0.0375	0.4449	-0.0581	0.0217	0.7694	-0.2882	0.5026	-12.3631	51.6192	3.0114
9	0.7091	-0.2787	0.6786	1.02	0.3794	1.1308	0.0145	0.8143	-0.2767	-0.6096	0.1126	-0.3509	0.0143	0.6396	-0.1492	0.4344	0.0423	0.2245	0.9348	-0.5794	0.6094	4.9792	54.3225	3.7142
10	0.9307	0.4901	-0.6044	1.5091	-0.3809	1.9327	0.0728	0.0148	-0.4561	0.3403	-0.008	-0.2181	0.375	0.0376	-0.0002	0.3339	0.0364	-0.0512	0.3326	-0.0533	0.5201	-5.7812	50.0064	28.109
11	2.0134	0.8357	0.6302	0.8513	1.0021	1.4909	-0.3201	0.2751	0.708	-0.1651	0.2673	-0.2519	-0.4776	0.3667	-0.0004	0.4572	-0.1381	-0.0046	0.4402	0.0032	0.5104	6.4077	87.9213	25.2276

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:20)	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 21:42)	A	21 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 79:130)	A	79 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 131:141)	A	131 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 142:215)	A	142 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 216:220)	A	216 - 220
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 221:273)	A	221 - 273
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 274:299)	A	274 - 299
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 300:353)	A	300 - 353
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 354:425)	A	354 - 425
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 426:500)	A	426 - 500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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