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Yorodumi- PDB-4fm4: Wild Type Fe-type Nitrile Hydratase from Comamonas testosteroni Ni1 -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4fm4 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Wild Type Fe-type Nitrile Hydratase from Comamonas testosteroni Ni1 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | LYASE / iron type hydratase / Hydrolysis / sulfinic acid | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationnitrile hydratase / nitrile hydratase activity / transition metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Comamonas testosteroni (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.384 Å | ||||||
Authors | Kuhn, M.L. / Martinez, S. / Gumataotao, N. / Bornscheuer, U. / Liu, D. / Holz, R.C. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2012Title: The Fe-type nitrile hydratase from Comamonas testosteroni Ni1 does not require an activator accessory protein for expression in Escherichia coli. Authors: Kuhn, M.L. / Martinez, S. / Gumataotao, N. / Bornscheuer, U. / Liu, D. / Holz, R.C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4fm4.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4fm4.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4fm4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4fm4_validation.pdf.gz | 550.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4fm4_full_validation.pdf.gz | 620.8 KB | Display | |
| Data in XML | 4fm4_validation.xml.gz | 134.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 4fm4_validation.cif.gz | 192.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/4fm4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/4fm4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 1ahjS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 23313.674 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Comamonas testosteroni (bacteria) / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 22554.549 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Comamonas testosteroni (bacteria) / Production host: ![]() #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-FE / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.64 Å3/Da / Density % sol: 73.49 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 1.08 M K2HPO4, 0.49 M NaH2PO4, 25 or 30%(v/v) glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.98 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 20, 2010 |
| Radiation | Monochromator: Graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.384→36.156 Å / Num. obs: 262123 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 11 |
| Reflection shell | Resolution: 2.384→2.4108 Å / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 99.2 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1ahj Resolution: 2.384→36.156 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.96 / Phase error: 27.55 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.262 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.384→36.156 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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