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- PDB-5lr5: N6-methyladenine is accommodated in a conventional A-U basepair -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lr5
タイトルN6-methyladenine is accommodated in a conventional A-U basepair
要素RNA (5'-R(*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*AP*GP*UP*(CBV)P*C)-3')
キーワードRNA / N6-methyladenine / RNA folding / Watson-Crick basepairs
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Huang, L. / Lilley, D.M.J.
引用ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2017
タイトル: Control of box C/D snoRNP assembly by N(6)-methylation of adenine.
著者: Huang, L. / Ashraf, S. / Wang, J. / Lilley, D.M.
履歴
登録2016年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02019年2月20日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: diffrn_source / entity_poly ...diffrn_source / entity_poly / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 2.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*AP*GP*UP*(CBV)P*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*AP*GP*UP*(CBV)P*C)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*AP*GP*UP*(CBV)P*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*AP*GP*UP*(CBV)P*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1765
ポリマ－13,0794
非ポリマー961
水18010
1
A: RNA (5'-R(*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*AP*GP*UP*(CBV)P*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*AP*GP*UP*(CBV)P*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5402
ポリマ－6,5402
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area3230 Å2
手法PISA
2
C: RNA (5'-R(*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*AP*GP*UP*(CBV)P*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*AP*GP*UP*(CBV)P*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6363
ポリマ－6,5402
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area3220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.470, 50.470, 108.625
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*AP*GP*UP*(CBV)P*C)-3')


分子量: 3269.872 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Acetate trihydrate pH 4.6 25% w/v Polyethylene Glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9193 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9193 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→43.71 Å / Num. obs: 5911 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 41.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 38.7 % / Rmerge(I) obs: 2.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.545 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2481: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→43.708 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2873 528 4.54 %
Rwork0.2474 --
obs0.249 5910 96.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 856 5 10 871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d4.6911494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.504404
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00340
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.64160.43581200.42352802X-RAY DIFFRACTION96
2.6416-3.02370.41421820.38582765X-RAY DIFFRACTION98
3.0237-3.80930.2831050.28472677X-RAY DIFFRACTION92
3.8093-43.71550.21771210.1722865X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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