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- PDB-5lr4: RNA duplex has central consecutive GA pairs flanked by G-U basepa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lr4
タイトルRNA duplex has central consecutive GA pairs flanked by G-U basepairs with a methyl group on the adenine N6
要素RNA (5'-R(*GP*(CBV)P*CP*GP*GP*(6MZ)P*UP*GP*GP*C)-3')
キーワードRNA / N6-methyladenine / RNA folding / Watson-Crick basepairs / Hoogsteen-sugar edge A-G basepair
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Huang, L. / Lilley, D.M.J.
引用ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2017
タイトル: Control of box C/D snoRNP assembly by N(6)-methylation of adenine.
著者: Huang, L. / Ashraf, S. / Wang, J. / Lilley, D.M.
履歴
登録2016年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02019年2月20日Group: Data collection / Polymer sequence
カテゴリ: diffrn_source / entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 2.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*(CBV)P*CP*GP*GP*(6MZ)P*UP*GP*GP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*(CBV)P*CP*GP*GP*(6MZ)P*UP*GP*GP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*(CBV)P*CP*GP*GP*(6MZ)P*UP*GP*GP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*(CBV)P*CP*GP*GP*(6MZ)P*UP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3928
ポリマ－13,3004
非ポリマー924
水1,00956
1
A: RNA (5'-R(*GP*(CBV)P*CP*GP*GP*(6MZ)P*UP*GP*GP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*(CBV)P*CP*GP*GP*(6MZ)P*UP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6733
ポリマ－6,6502
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA (5'-R(*GP*(CBV)P*CP*GP*GP*(6MZ)P*UP*GP*GP*C)-3')
D: RNA (5'-R(*GP*(CBV)P*CP*GP*GP*(6MZ)P*UP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7195
ポリマ－6,6502
非ポリマー693
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.870, 49.870, 123.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*(CBV)P*CP*GP*GP*(6MZ)P*UP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3324.911 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium Chloride, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 1.5 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9196 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9196 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→46.26 Å / Num. obs: 17404 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.72→1.76 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 2.2 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC1/2: 0.898 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2481: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→46.255 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2888 1268 4.74 %
Rwork0.2694 --
obs0.2704 14934 96.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 872 4 56 932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d4.2181524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.309468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06188
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00940
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.87210.52551270.51142949X-RAY DIFFRACTION100
1.8721-1.95730.50911550.46842693X-RAY DIFFRACTION93
1.9573-2.06050.37811270.40362842X-RAY DIFFRACTION96
2.0605-2.18960.35521650.37662854X-RAY DIFFRACTION98
2.1896-2.35860.36611620.36822835X-RAY DIFFRACTION98
2.3586-2.5960.3481130.352834X-RAY DIFFRACTION96
2.596-2.97160.32041300.30312811X-RAY DIFFRACTION96
2.9716-3.74360.26241470.23622807X-RAY DIFFRACTION96
3.7436-46.27010.1961420.1672873X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.69163.2877-5.12166.2127-2.1763.55890.2361-0.83060.31650.64930.1215-0.1151-0.54640.6427-0.32920.47920.046-0.03290.3438-0.0490.3345-4.559527.1027-1.8188
27.05255.67184.64446.45685.02374.20360.8312-0.0013-0.84220.08550.0082-0.58631.08570.0357-0.68760.88780.1217-0.26080.69810.04520.5322.227817.698113.6024
36.72590.18380.6273.32161.39865.30130.69350.6323-0.6248-0.7282-0.2778-0.0827-0.07230.0525-0.38580.6448-0.0131-0.11140.5045-0.07230.40173.509726.259411.1502
46.2088-4.96812.29558.2511-5.28113.6191-0.2049-0.399-0.1960.19410.5441-0.25170.1690.2112-0.33740.57330.0566-0.07160.2615-0.07510.3402-5.870418.2876-3.6959
52.9182-0.661-2.77718.56674.40996.42870.41560.5227-0.3109-0.9472-0.04650.2534-0.2814-1.486-0.32520.54610.0831-0.09890.5524-0.03520.3344-18.973727.8314-8.9138
60.92251.4088-0.64232.8405-0.69590.55580.7742-0.0792-1.04970.68930.3771-0.19471.26280.0964-0.09831.1682-0.2197-0.41470.6183-0.03010.6367-27.632818.0519-23.0861
72.0023-4.67340.50178.8021-1.82528.64190.9015-1.4882-0.41671.01520.0588-0.3251-0.2217-0.2646-0.74330.45960.0052-0.11470.39060.00160.3915-27.656427.7818-23.4264
81.4734-0.51660.27523.82310.72520.2338-0.0459-0.4444-0.6034-0.38550.92270.19870.7195-1.8512-0.40670.6561-0.2203-0.15330.73470.29150.3908-20.249119.8793-7.7171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:5)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 6:10)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 1:5)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 6:10)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 1:5)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 6:10)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain D and resid 1:4)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain D and resid 5:10)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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