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万見
- PDB-5lqw: yeast activated spliceosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lqw
タイトルyeast activated spliceosome
要素
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 14
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (U2 snRNP component ...) x 2
  • Pre-mRNA leakage protein 1
  • Pre-mRNA-processing protein 45
  • Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
  • RDS3 complex subunit 10
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • U2 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
  • actin pre-mRNA
キーワードSPLICING / activated spliceosome / spliceosome / pre-mRNA splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of RNA location / RES complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / snoRNA splicing / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP ...maintenance of RNA location / RES complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / snoRNA splicing / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / snRNP binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / small nuclear ribonucleoprotein complex / splicing factor binding / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type spliceosomal complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U2 snRNP / U1 snRNP / U4 snRNP / poly(U) RNA binding / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal complex assembly / mRNA 3'-splice site recognition / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA replication origin binding / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / Dual incision in TC-NER / U5 snRNA binding / DNA replication initiation / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / mRNA export from nucleus / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / positive regulation of cell cycle / catalytic step 2 spliceosome / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / helicase activity / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / response to xenobiotic stimulus / GTPase activity / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ist3-like, RNA recognition motif / : / Bud13 / : / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / HAT (Half-A-TPR) repeat / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Torus domain ...Ist3-like, RNA recognition motif / : / Bud13 / : / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / HAT (Half-A-TPR) repeat / Slt11, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / Torus domain / : / : / : / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 middle HAT repeat / G10 protein signature 2. / BUD31/G10-related, conserved site / G10 protein signature 1. / : / : / STL11, N-terminal / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CRNKL1 C-terminal HAT repeat / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / : / Pre-mRNA-splicing factor Syf1/CNRKL1 N-terminal HAT repeat / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / PHF5-like / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / : / : / PHF5-like protein / pre-mRNA splicing factor component / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / Splicing factor 3B subunit 1-like / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Winged Helix-turn-helix domain / Sec63 Brl domain / : / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / : / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Helicase-associated domain / Small nuclear ribonucleoprotein G / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / FHA domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Forkhead-associated (FHA) domain / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / : / Sm domain profile. / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase-like protein PRP2 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase-like protein PRP2 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 snRNP component IST3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Pre-mRNA-splicing factor CWC26 / U2 snRNP component HSH155 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Pre-mRNA leakage protein 1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Pre-mRNA-splicing factor PRP46
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Rauhut, R. / Luehrmann, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB 860 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Molecular architecture of the Saccharomyces cerevisiae activated spliceosome.
著者: Reinhard Rauhut / Patrizia Fabrizio / Olexandr Dybkov / Klaus Hartmuth / Vladimir Pena / Ashwin Chari / Vinay Kumar / Chung-Tien Lee / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Holger Stark / Reinhard Lührmann /
要旨: The activated spliceosome (B) is in a catalytically inactive state and is remodeled into a catalytically active machine by the RNA helicase Prp2, but the mechanism is unclear. Here, we describe a 3D ...The activated spliceosome (B) is in a catalytically inactive state and is remodeled into a catalytically active machine by the RNA helicase Prp2, but the mechanism is unclear. Here, we describe a 3D electron cryomicroscopy structure of the Saccharomyces cerevisiae B complex at 5.8-angstrom resolution. Our model reveals that in B, the catalytic U2/U6 RNA-Prp8 ribonucleoprotein core is already established, and the 5' splice site (ss) is oriented for step 1 catalysis but occluded by protein. The first-step nucleophile-the branchsite adenosine-is sequestered within the Hsh155 HEAT domain and is held 50 angstroms away from the 5'ss. Our structure suggests that Prp2 adenosine triphosphatase-mediated remodeling leads to conformational changes in Hsh155's HEAT domain that liberate the first-step reactants for catalysis.
履歴
登録2016年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_image_scans / em_software ...em_image_scans / em_software / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.32018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4099
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
B: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
C: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
D: Pre-mRNA-splicing factor SLT11
E: Pre-mRNA-splicing factor BUD31
F: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
H: Pre-mRNA-splicing factor CWC22
J: U2 snRNP component IST3
K: Pre-mRNA-splicing factor PRP46
L: Pre-mRNA-splicing factor CWC26
M: Pre-mRNA-processing protein 45
N: Pre-mRNA leakage protein 1
O: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase-like protein PRP2
P: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
Q: U2 snRNP component HSH155
R: Pre-mRNA-splicing factor CLF1
W: Pre-mRNA-splicing factor CEF1
X: Pre-mRNA-splicing factor RSE1
Y: Pre-mRNA-splicing factor RDS3
Z: RDS3 complex subunit 10
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
j: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
2: U2 snRNA
5: U5 snRNA
6: U6 snRNA
9: actin pre-mRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,351,19031
ポリマ－2,351,19031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Pre-mRNA-splicing factor ... , 14種, 14分子 ABDEFHKLOPRWXY

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 279850.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33334
#2: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / 114 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Growth inhibitory protein 10 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36048
#4: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Extracellular mutant protein 2 / Synthetic lethality with U2 protein 11 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 40988.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38241
#5: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Bud site selection protein 31 / Complexed with CEF1 protein 14 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18484.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25337
#6: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Complexed with CEF1 protein 2 / PRP19-associated complex protein 40 / Synthetic lethal with CLF1 protein 3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 38486.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12046
#7: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC22 / Complexed with CEF1 protein 22 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 67386.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53333
#9: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP46 / Complexed with CEF1 protein 1 / PRP nineteen-associated complex protein 50 / PRP19-associated ...Complexed with CEF1 protein 1 / PRP nineteen-associated complex protein 50 / PRP19-associated complex protein 50 / Pre-mRNA-processing protein 46 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 50771.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12417
#10: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC26 / Bud site selection protein 13 / Complexed with CEF1 protein 26 / Synthetic lethal with CLF1 protein 7 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 30529.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P46947
#13: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase-like protein PRP2 / Pre-mRNA-processing protein 2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 99947.492 Da / 分子数: 1 / Mutation: G551N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRP2, RNA2, YNR011C, N2048 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20095, RNA helicase
#14: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / PRP19-associated complex protein 90 / Synthetic lethal with CDC40 protein 1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 100344.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04048
#16: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Crooked neck-like factor 1 / PRP19-associated complex protein 77 / Synthetic lethal with CDC40 protein 3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 82555.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12309
#17: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / PRP nineteen-associated complex protein 85 / PRP19-associated complex protein 85 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 67837.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03654
#18: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / RNA splicing and ER to Golgi transport factor 1 / Spliceosome-associated protein 130 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 153956.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04693
#19: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Regulator of drug sensitivity 3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12283.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06835

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タンパク質 , 5種, 5分子 CMNZb

#3: タンパク質 Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 246470.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32639, RNA helicase
#11: タンパク質 Pre-mRNA-processing protein 45 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 42548.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P28004
#12: タンパク質 Pre-mRNA leakage protein 1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 23685.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q07930
#20: タンパク質 RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3b subunit / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10045.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C074
#21: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40018

-
U2 snRNP component ... , 2種, 2分子 JQ

#8: タンパク質 U2 snRNP component IST3 / Increased sodium tolerance protein 3 / U2 snRNP protein SNU17 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17121.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40565
#15: タンパク質 U2 snRNP component HSH155 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 110166.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49955

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 defghj

#22: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P43321
#23: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12330
#24: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P54999
#25: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40204
#26: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02260
#27: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06217

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 2569

#28: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#29: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 57444.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#30: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#31: RNA鎖 actin pre-mRNA


分子量: 182574.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: yeast activated spliceosome (BACT) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 3.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: prp2-1
緩衝液pH: 7.3
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHepes1
21.5 mMMgCl21
375 mMKCl1
42 mMIPTG1
50.5 mMDTT1
試料濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 74000 X / Cs: 0.001 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
電子光学装置球面収差補正装置: Cs corrector with two hexapoles

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND3CTF補正
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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