PDB-5lqs: Structure of quinolinate synthase Y21F mutant in complex with sub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lqs

タイトル

Structure of quinolinate synthase Y21F mutant in complex with substrate-derived quinolinate

要素

Quinolinate synthase A

キーワード

TRANSFERASE / NAD BIOSYNTHESIS / IRON SULFUR CLUSTER

機能・相同性

機能・相同性情報

quinolinate synthase / quinolinate synthetase A activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from aspartate / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of Quinolinate Synthase in Complex with a Substrate Analogue, the Condensation Intermediate, and Substrate-Derived Product.
著者: Volbeda, A. / Darnault, C. / Renoux, O. / Reichmann, D. / Amara, P. / Ollagnier de Choudens, S. / Fontecilla-Camps, J.C.

履歴

登録	2016年8月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月21日	Group: Database references
改定 2.0	2017年8月30日	Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lqs.cif.gz	144.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lqs.ent.gz	112.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lqs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5lqs_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lqs_full_validation.pdf.gz	455.5 KB	表示
XML形式データ	5lqs_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	5lqs_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/5lqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/5lqs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f33C 5f35C 5f3dC 5lqmC 4p3xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nrk-d 5f33-d 4p3x-d 6i0k-d 6f4j-2 2yc1-1 5lqm-d 5f3d-d 6g3y-3 5ibv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Quinolinate synthase A

ヘテロ分子

35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.060, 48.740, 60.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Quinolinate synthase A 分子量: 34640.598 Da / 分子数: 1 / 変異: Y21F, K219R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) 遺伝子: nadA, TM_1644 / プラスミド: PT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X7, quinolinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-NTM / QUINOLINIC ACID / キノリン酸分子量: 167.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅NO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: PEG3350, ammonium sulfate, oxaloacetate, DHAP, NaCl, anaerobic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979736 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979736 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→43.73 Å / Num. obs: 23026 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / CC_1/2: 0.551 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4P3X

4p3x

解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 7.854 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.15 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21439	1175	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17594	-	-	-
obs	0.17792	21850	98.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.143 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0 Å²	-0.3 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2401	0	22	285	2708

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.574	1.998	3545
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.085	3.001	6100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.64	5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.833	24.811	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.553	15	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.888	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.4	1.181	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.399	1.177	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.213	2.205	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.222	2.208	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.931	1.455	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.931	1.455	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.182	2.6	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.234	6.532	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.974	6.1	2921
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	111	-
R_work	0.304	1554	-
obs	-	-	96.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5594	0.3669	-0.161	0.3299	0.1238	0.9789	-0.0082	-0.0194	0.0138	0.0035	0.0048	-0.018	0.0246	-0.075	0.0034	0.0394	0.0106	-0.0018	0.0598	-0.003	0.0859	2.5432	-4.8061	24.5192
2	0.7613	0.1866	-0.1027	0.7452	0.4992	2.4745	0.0115	0.0191	0.037	0.0052	0.1301	-0.0375	-0.0038	0.1113	-0.1416	0.0075	-0.0106	-0.0023	0.0518	-0.0357	0.1006	24.1558	7.8337	17.3971
3	1.048	-0.5872	0.1248	0.365	-0.2461	1.0776	0.0571	-0.009	-0.0155	-0.0463	0.0128	0.0266	-0.0063	0.0496	-0.0699	0.0637	-0.0232	-0.0107	0.0538	-0.0028	0.0612	5.8699	1.0148	-1.2396
4	0.74	-0.7382	-0.2557	0.7367	0.2552	0.0885	-0.0057	-0.0162	0.0174	0	0.0172	-0.0177	-0.0017	0.0064	-0.0115	0.0599	-0.0104	-0.004	0.0803	-0.0011	0.1151	15.909	-7.8916	11.5815

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 78
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	257 - 279
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	84 - 165
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	280 - 298
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	171 - 251
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	79 - 83
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	166 - 170
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	252 - 256
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	301 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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