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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lpc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Vanadium-dependent Haloperoxidase from A. marina | ||||||
![]() | Vanadium-dependent bromoperoxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Vanadium / Enzyme Catalysis / Peroxidase / Halogenation | ||||||
機能・相同性 | Vanadium-containing Chloroperoxidase, domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 2 / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / peroxidase activity / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / PHOSPHATE ION / Vanadium-dependent bromoperoxidase, putative![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Frank, A. / Groll, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of a Cyanobacterial Haloperoxidase and Evaluation of its Biocatalytic Halogenation Potential. 著者: Frank, A. / Seel, C.J. / Groll, M. / Gulder, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 245 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 199.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73069.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AM1_4975 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M TRIS, 1.25 M Ammoniumdihydrogenphosphate, 0.5 mM potassium vanadate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月23日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 21760 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1UP8 解像度: 3.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 37.173 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.23 / ESU R Free: 0.386 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.951 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.1→15 Å
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拘束条件 |
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