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- PDB-5lp2: Adhesin domain of the type 1 HopQ of Helicobacter pylori strain G27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lp2
タイトルAdhesin domain of the type 1 HopQ of Helicobacter pylori strain G27
要素HopQ
キーワードCELL ADHESION / adhesin / Helicobacter outer membrane protein / ectodomain / CEACAM
機能・相同性SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Outer membrane protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Moonens, K. / Kruse, T. / Gerhard, M. / Remaut, H.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
FWOG.0902.09 ベルギー
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: Helicobacter pylori adhesin HopQ engages in a virulence-enhancing interaction with human CEACAMs.
著者: Javaheri, A. / Kruse, T. / Moonens, K. / Mejias-Luque, R. / Debraekeleer, A. / Asche, C.I. / Tegtmeyer, N. / Kalali, B. / Bach, N.C. / Sieber, S.A. / Hill, D.J. / Koniger, V. / Hauck, C.R. / ...著者: Javaheri, A. / Kruse, T. / Moonens, K. / Mejias-Luque, R. / Debraekeleer, A. / Asche, C.I. / Tegtmeyer, N. / Kalali, B. / Bach, N.C. / Sieber, S.A. / Hill, D.J. / Koniger, V. / Hauck, C.R. / Moskalenko, R. / Haas, R. / Busch, D.H. / Klaile, E. / Slevogt, H. / Schmidt, A. / Backert, S. / Remaut, H. / Singer, B.B. / Gerhard, M.
履歴
登録2016年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: HopQ
A: HopQ
C: HopQ
D: HopQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,5214
ポリマ－186,5214
非ポリマー00
水63135
1
B: HopQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6301
ポリマ－46,6301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: HopQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6301
ポリマ－46,6301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: HopQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6301
ポリマ－46,6301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: HopQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6301
ポリマ－46,6301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.700, 57.700, 285.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22C
13B
23D
14A
24C
15A
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010B28 - 431
2010A28 - 431
1020B28 - 431
2020C28 - 431
1030B - G28 - 431
2030D28 - 431
1040A28 - 431
2040C28 - 431
1050A28 - 431
2050D28 - 431
1060C28 - 431
2060D28 - 431

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
HopQ


分子量: 46630.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: adhesin domain comprising residues 16 to 442, a C-terminal histidine tag is present
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain G27) (ピロリ菌)
株: G27 / 遺伝子: hopQ, HPG27_1120 / プラスミド: pPRkana-1 / 詳細 (発現宿主): derivative of pPR-IBA 1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5Z8H1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.12M alcohols (0.02M 1,6-Hexanediol; 0.02M 1-Butanol; 0.02M 1,2-Propanediol; 0.02M 2-Propanol; 0.02M 1,4-Butanediol; 0.02M 1,3-Propanediol), 0.1 M Tris (base)/BICINE pH 8.5, 20% v/v PEG 500* ...詳細: 0.12M alcohols (0.02M 1,6-Hexanediol; 0.02M 1-Butanol; 0.02M 1,2-Propanediol; 0.02M 2-Propanol; 0.02M 1,4-Butanediol; 0.02M 1,3-Propanediol), 0.1 M Tris (base)/BICINE pH 8.5, 20% v/v PEG 500* MME; 10 % w/v PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.4 Å / Num. obs: 55541 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC1/2: 0.576 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F7K

5f7k


解像度: 2.6→49.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 31.911 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.535 / ESU R Free: 0.278 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23617 2924 5 %RANDOM
Rwork0.20768 ---
obs0.20912 55541 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.023 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å2-0 Å2-0.77 Å2
2--0.81 Å2-0 Å2
3----1.82 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→49.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10952 0 0 35 10987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211092
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0210504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7091.94415020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.912324164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.48251420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.6627.576528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.983151960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.2481516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.294.0345740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2884.0345739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1986.0337140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1986.0347141
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9314.4275352
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9314.4275353
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3976.4487881
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.50131.46912244
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.531.47112245
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11B21717
12A21717
21B21723
22C21723
31B21706
32D21706
41A21723
42C21723
51A21706
52D21706
61C21713
62D21713
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.492 210 -
Rwork0.456 3991 -
obs--99.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3354-0.10480.58430.524-0.77351.88380.09490.00590.0256-0.0478-0.13740.01950.10710.01870.04250.33380.1331-0.02730.3368-0.03560.0108-0.757639.149347.5188
20.60170.1593-0.84620.3979-0.69951.9727-0.12090.04230.0441-0.01720.1149-0.00820.0324-0.11750.0060.3863-0.1309-0.05370.29110.00490.0173-9.177619.9315118.9028
30.5529-0.14470.77110.3892-0.6721.941-0.1348-0.0495-0.03190.02070.1052-0.0155-0.0425-0.12270.02960.38660.1310.00770.28490.00240.012619.844418.586223.8795
40.40950.1535-0.64580.5777-0.80591.96910.1082-0.0251-0.00810.0425-0.13560.0487-0.11930.02720.02740.333-0.1339-0.01440.338-0.0350.021528.0014-0.63195.2679
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B28 - 431
2X-RAY DIFFRACTION2A28 - 431
3X-RAY DIFFRACTION3C28 - 431
4X-RAY DIFFRACTION4D28 - 431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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