PDB-5loe: Structure of full length Cody from Bacillus subtilis in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5loe

タイトル

Structure of full length Cody from Bacillus subtilis in complex with Ile

要素

GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

キーワード

TRANSCRIPTION / GAF / wHTH / transcriptional regulator / CodY

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Wilkinson, A.J. / Levdikov, V.M. / Blagova, E.V.

資金援助

英国,

米国, 3件

組織	認可番号	国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council	BBS/B1213X	英国
Wellcome Trust	082829/Z/07/Z	英国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)	GM042219	米国

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure of the Branched-chain Amino Acid and GTP-sensing Global Regulator, CodY, from Bacillus subtilis.
著者: Levdikov, V.M. / Blagova, E. / Young, V.L. / Belitsky, B.R. / Lebedev, A. / Sonenshein, A.L. / Wilkinson, A.J.

履歴

登録	2016年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2018年5月9日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.4	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5loe.cif.gz	424.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5loe.ent.gz	355.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5loe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5loe_validation.pdf.gz	471.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5loe_full_validation.pdf.gz	497.4 KB	表示
XML形式データ	5loe_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	5loe_validation.cif.gz	52.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/5loe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/5loe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lnhC 5lojC 5looC 2b0lS 2b18S 2bol 2gx5 2hgv 2lnh S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jsp-d 1qwd-d 5jsr-d 2d6m-d 1c7e-d 4g4y-4 1c7f-d 1tmm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

B: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

C: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

D: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.690, 158.877, 55.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D
1	3	A
2	3	B
1	4	C
2	4	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	1 - 179
2	1	1	4	B	1 - 179
1	1	2	4	C	1 - 179
2	1	2	4	D	1 - 179
1	1	3	4	A	180 - 258
2	1	3	4	B	180 - 258
1	1	4	4	C	180 - 258
2	1	4	4	D	180 - 258

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.089363, -0.927042, 0.364153), (-0.929854, -0.053364, -0.364038), (0.356911, -0.371141, -0.857245)	-7.47884, -7.50021, 0.18809
3	given	(-0.088483, -0.924447, 0.370903), (-0.932078, -0.054477, -0.358137), (0.351284, -0.377399, -0.856837)	-7.36435, -7.57515, 0.2153
4	given	(-0.109301, -0.895266, 0.431917), (-0.882774, -0.112304, -0.456177), (0.456905, -0.431146, -0.778043)	-6.18354, -9.39646, -1.76055
5	given	(-0.094894, -0.937743, 0.334115), (-0.94213, -0.023808, -0.334401), (0.321537, -0.346512, -0.881217)	-7.48453, -6.97025, 2.336

#1: タンパク質	GTP-sensing transcriptional pleiotropic repressor CodY / Vegetative protein 286B / VEG286B 分子量: 29301.377 Da / 分子数: 4 / 変異: L3S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: codY, BSU16170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P39779
#2: 化合物	ChemComp-ILE / ISOLEUCINE / イソロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 15% PEG5000, 0.1M HEPES pH 7.5, 5% tacsimate, 20mM Ile

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 22830 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 25.3
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / % possible all: 47.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2B18, 2B0L

2b18

2b0l

解像度: 3→45.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 65.422 / SU ML: 0.505 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.582 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30162	1164	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21225	-	-	-
obs	0.21693	21606	92.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 110.383 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.66 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→45.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8068	0	36	9	8113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	8258
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8217
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	1.985	11129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.078	3	18908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.881	5	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.218	25.255	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.774	15	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.254	15	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.359	15.677	4151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.342	15.669	4150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	13.526	26.392	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	13.525	26.405	5183
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.933	17.769	4107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	10.915	17.769	4107
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	15.89	29.084	5937
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	20.481		33792
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	20.482		33792
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2814	medium positional	0.2	0.5
2	C	2816	medium positional	0.21	0.5
3	A	1216	medium positional	0.87	0.5
4	C	1242	medium positional	0.65	0.5
1	A	2814	medium thermal	8.3	2
2	C	2816	medium thermal	9.1	2
3	A	1216	medium thermal	9.75	2
4	C	1242	medium thermal	11.37	2

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.502	44	-
R_work	0.414	727	-
obs	-	-	42.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8742	-0.3563	-0.3603	4.7428	-1.9575	4.9669	0.0343	0.2733	0.4957	0.2171	0.2541	-0.0755	-0.6577	-0.3288	-0.2885	0.3404	-0.0625	0.09	0.2067	0.1747	0.419	30.648	10.622	-9.243
2	6.6214	-0.792	0.2304	2.5946	-0.1127	2.5607	-0.3348	0.2622	0.0303	-0.1259	-0.2197	0.364	-0.0277	-0.2741	0.5545	0.3494	-0.1237	-0.0179	0.1351	-0.1745	0.3965	-23.662	-32.645	15.388
3	7.4151	-0.8909	0.6841	3.1638	0.6945	4.6168	-0.0926	-0.2515	-0.4664	0.3328	0.2971	-0.7899	-0.0622	0.033	-0.2045	0.3114	-0.0868	-0.1611	0.102	0.0509	0.5939	54.581	-12.857	3.72
4	5.9542	-1.124	0.5674	4.415	1.6965	4.2794	-0.4061	-0.5048	-1.9682	0.7245	0.0781	-0.1249	0.637	0.3074	0.3279	0.481	0.0488	0.3013	0.0913	0.269	1.106	0.671	-58.264	21.87
5	17.656	10.4192	-11.4489	6.953	-6.841	8.1967	0.1007	0.7009	-1.0747	0.7245	-0.1373	-0.9403	-0.5991	-0.6451	0.0365	0.8239	-0.2517	0.1257	0.5061	0.3513	0.7943	23.579	-7.524	3.948
6	14.2188	7.911	-9.1784	5.1264	-5.2339	6.1005	-0.0387	0.3056	-0.6971	0.1653	-0.2803	-0.2563	-0.076	-0.0207	0.3189	0.537	-0.0879	0.0656	0.4497	-0.0254	0.3545	-1.388	-30.121	8.09
7	14.4629	12.0042	-2.0987	11.7293	-1.0098	0.6533	0.0275	0.3818	-0.2246	0.692	0.2069	-0.4412	0.2115	-0.1409	-0.2343	0.4802	-0.0393	0.0038	0.297	0.2416	0.6946	31.88	-18.765	2.021
8	18.6603	15.5774	-0.9928	14.3319	-0.9593	0.749	0.0823	0.4228	-0.5013	0.5614	-0.1212	-0.1449	-0.0376	0.256	0.0389	0.5152	-0.0531	0.1521	0.353	0.0938	0.5934	7.49	-36.52	17.107
9	3.1081	-0.0418	-0.2396	7.7867	0.3187	5.4037	-0.0961	-0.0817	0.5225	-0.1127	-0.3544	0.8198	-0.1668	-0.4159	0.4505	0.3978	0.0159	-0.0609	0.3012	-0.0349	0.3916	-1.642	-12.312	21.587
10	1.9085	-0.7707	1.6685	1.3174	-1.9726	12.3636	-0.0503	0.094	-0.0619	-0.0978	-0.2723	0.0031	-0.4256	0.141	0.3226	0.4028	-0.0793	-0.0103	0.3893	0.0785	0.1985	12.785	-13.866	-14.901
11	7.9823	1.7277	4.7932	6.862	0.9786	3.0227	-0.2067	1.0444	-1.5939	-0.4377	0.8231	-0.7209	0.0937	0.6281	-0.6164	0.5088	0.012	0.4967	0.3519	-0.2603	1.1386	16.267	-45.749	-2.11
12	5.8288	0.183	-1.5037	4.5765	2.0597	9.603	-0.051	-0.3447	-0.0851	0.4143	0.0075	-0.4385	-0.2294	1.4557	0.0436	0.4131	-0.0169	-0.1933	0.6824	0.2447	0.3204	32.864	-19.847	24.78

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 138
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 138
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 138
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 138
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	139 - 179
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	139 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	139 - 179
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	139 - 179
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	180 - 258
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	180 - 258
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	180 - 258
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	180 - 258

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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