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万見
- PDB-5lo4: Engineering protein stability with atomic precision in a monomeri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lo4
タイトルEngineering protein stability with atomic precision in a monomeric miniprotein
要素PPa-CH3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Designed miniprotein CH-pi interactions weak non-covalent interactions in protiens solution structure proline-tyrosine interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway
類似検索 - 分子機能
Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Cross-wall-targeting lipoprotein motif / Adhesin isopeptide-forming adherence domain ...Cell surface antigen I/II A repeat / Streptococcal surface antigen repeat / Streptococcus antigen I/II alanine-rich (Ag I/II A) repeat profile. / Antigen I/II, N-terminal / Adhesin P1 N-terminal domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain / Glucan-binding protein C/Surface antigen I/II, V-domain superfamily / Glucan-binding protein C / Cross-wall-targeting lipoprotein motif / Adhesin isopeptide-forming adherence domain / Cell surface antigen, C-terminal / Cell surface antigen C-terminus / Cell surface antigen I/II C2 terminal domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell surface antigen I/II
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法溶液NMR
データ登録者Baker, E.G. / Williams, C. / Hudson, K.L. / Bartlett, G.G. / Heal, J.W. / Sessions, R.B. / Crump, M.P. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
ERASynBioBB/M005615/1 英国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Engineering protein stability with atomic precision in a monomeric miniprotein.
著者: Baker, E.G. / Williams, C. / Hudson, K.L. / Bartlett, G.J. / Heal, J.W. / Porter Goff, K.L. / Sessions, R.B. / Crump, M.P. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2016年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PPa-CH3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8011
ポリマ－3,8011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area240 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area3110 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PPa-CH3


分子量: 3801.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Streptococcus mutans (バクテリア) / 参照: UniProt: P23504*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic12D 1H-13C HSQC
161isotropic22D 1H-1H NOESY
171isotropic22D 1H-1H NOESY
181isotropic22D DQF-COSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM PPa-CH3, 8.2 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 137 mM NaCl, 13.7 mM NaOH, 90% H2O/10% D2O
Label: Unlabelled PPa-CH3 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPPa-CH3natural abundance1
8.2 mMNa2HPO4natural abundance1
1.8 mMKH2PO4natural abundance1
137 mMNaClnatural abundance1
13.7 mMNaOHnatural abundance1
試料状態詳細: The sample was prepared in phosphate buffered saline and the pH adjusted to pH 7.4 with NaOH, freeze-dried and then reconstituted in the appropriate volume to give peptide (1 mM), Na2HPO4 (8. ...詳細: The sample was prepared in phosphate buffered saline and the pH adjusted to pH 7.4 with NaOH, freeze-dried and then reconstituted in the appropriate volume to give peptide (1 mM), Na2HPO4 (8.2 mM), KH2PO4 (1.8 mM), NaCl (137 mM) and KCl (2.7 mM) and NaOH (13.7 mM).
イオン強度: 0.1698 M / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001microcryoprobe-equipped
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9002TCI 5mm z-PFG cryogenic probe

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解析

ソフトウェア名称: ARIA / バージョン: 2.3 / 分類: 精密化
NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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