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万見
- PDB-5ln4: Crystal structure of self-complemented PsaA, the major subunit of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ln4
タイトルCrystal structure of self-complemented PsaA, the major subunit of pH 6 antigen from Yersinia pests, in complex with choline
要素pH 6 antigen,pH 6 antigen
キーワードCELL ADHESION / Ig-like fold / beta sandwich / donor-strand complementation
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin-like - #3590 / : / : / Ph 6 antigen / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLINE ION / pH 6 antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Pakharukova, N.A. / Roy, S. / Rahman, M.M. / Tuitilla, M. / Zavialov, A.V.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland140959 フィンランド
Academy of Finland273075 フィンランド
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Structural basis for Myf and Psa fimbriae-mediated tropism of pathogenic strains of Yersinia for host tissues.
著者: Pakharukova, N. / Roy, S. / Tuittila, M. / Rahman, M.M. / Paavilainen, S. / Ingars, A.K. / Skaldin, M. / Lamminmaki, U. / Hard, T. / Teneberg, S. / Zavialov, A.V.
履歴
登録2016年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pH 6 antigen,pH 6 antigen
B: pH 6 antigen,pH 6 antigen
C: pH 6 antigen,pH 6 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5556
ポリマ－44,2423
非ポリマー3133
水3,333185
1
A: pH 6 antigen,pH 6 antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7471
ポリマ－14,7471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: pH 6 antigen,pH 6 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9563
ポリマ－14,7471
非ポリマー2082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: pH 6 antigen,pH 6 antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8522
ポリマ－14,7471
非ポリマー1041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)164.542, 44.625, 99.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 pH 6 antigen,pH 6 antigen / Adhesin / Antigen 4


分子量: 14747.446 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: psaA, YPO1303, y2882, YP_1289 / プラスミド: pET101D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: P31522
#2: 化合物 ChemComp-CHT / CHOLINE ION


分子量: 104.171 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.45 % / Mosaicity: 0.28 °
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.1 M imidazole, 0.2 M zinc acetate and 18% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→49.4 Å / Num. obs: 25917 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.082 / Net I/av σ(I): 8.857 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.36-2.443.50.631.2199.6
2.44-2.543.50.5371.4199.5
2.54-2.643.30.42199.3
2.64-2.763.60.2862.7199.8
2.76-2.893.60.2043.8199.8
2.89-3.053.50.1535.1199.6
3.05-3.233.30.1067.3199.2
3.23-3.453.60.0849.1199.8
3.45-3.733.50.06112.3199.8
3.73-4.093.40.05114.6199.1
4.09-4.573.40.03918.1199.7
4.57-5.283.50.03719.1199.5
5.28-6.463.20.04117.5199.6
6.46-9.143.40.03618.8199.5
9.14-49.39730.02622.8198.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LND

5lnd


解像度: 2.36→49.397 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 8.276 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.237 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2685 1322 5.1 %RANDOM
Rwork0.2294 ---
obs0.2314 24595 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.92 Å2 / Biso mean: 44.315 Å2 / Biso min: 8.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7 Å20 Å21.48 Å2
2---2.36 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.36→49.397 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3116 0 21 185 3322
Biso mean--45.18 46.2 -
残基数----399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.023218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2561.9444373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1125396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.84424.894141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.43915506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.292156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2468
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6714.3291593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4896.4811986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6674.4651623
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.421 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 90 -
Rwork0.309 1787 -
all-1877 -
obs--99.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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