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- PDB-5lmd: The crystal structure of hCA II in complex with a benzoxaborole i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lmd
タイトルThe crystal structure of hCA II in complex with a benzoxaborole inhibitor
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / Benzoxaborole / zinc enzyme / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RC4 / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者De Simone, G. / Alterio, V. / Esposito, D. / Di Fiore, A.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2016
タイトル: Benzoxaborole as a new chemotype for carbonic anhydrase inhibition.
著者: Alterio, V. / Cadoni, R. / Esposito, D. / Vullo, D. / Fiore, A.D. / Monti, S.M. / Caporale, A. / Ruvo, M. / Sechi, M. / Dumy, P. / Supuran, C.T. / Simone, G. / Winum, J.Y.
履歴
登録2016年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8723
ポリマ－29,4771
非ポリマー3952
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.427, 41.493, 72.149
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29477.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-RC4 / 1-[7,7-bis(oxidanyl)-8-oxa-7-boranuidabicyclo[4.3.0]nona-1,3,5-trien-4-yl]-3-(2-methoxy-5-methyl-phenyl)urea


分子量: 329.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18BN2O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 / 詳細: 1.4 M Sodium Citrate 0.1 M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 25797 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/av σ(I): 21.396 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.7330.333170.9
1.73-1.763.50.325182.3
1.76-1.794.30.311194.4
1.79-1.835.10.274197.4
1.83-1.875.50.241198.8
1.87-1.9160.22199.6
1.91-1.966.60.193199.9
1.96-2.0270.171100
2.02-2.0780.1551100
2.07-2.148.50.1371100
2.14-2.228.50.1311100
2.22-2.318.50.1261100
2.31-2.418.60.1011100
2.41-2.548.60.0941100
2.54-2.78.70.0861100
2.7-2.918.60.0751100
2.91-3.28.70.0621100
3.2-3.667.80.056174.1
3.66-4.617.30.044191.5
4.61-508.20.036199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREKデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1CA2

1ca2


解像度: 1.7→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2009 1208 4.5 %Random selection
Rwork0.1656 ---
obs-24819 91.9 %-
溶媒の処理Bsol: 44.9861 Å2
原子変位パラメータBiso max: 45.57 Å2 / Biso mean: 14.0393 Å2 / Biso min: 3.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20.192 Å2
2---0.451 Å2-0 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 25 231 2305
Biso mean--19.83 23.37 -
残基数----257
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.649
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0842
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0612.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.760.239910.21291762185369.5
1.76-1.830.24551230.20432262238589.4
1.83-1.910.24581220.18542382250493
1.91-2.020.19831080.15762447255595.5
2.02-2.140.20621370.15312492262997.7
2.14-2.310.19151140.17392473258795.6
2.31-2.540.2071130.17162515262898.1
2.54-2.910.21151490.17232534268398.9
2.91-3.660.19771280.15972218234686.1
3.66-500.16491230.14542526264994.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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