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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5llz | ||||||
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タイトル | Dehaloperoxidase B from Amphitrite ornata: benzotriazole complex | ||||||
![]() | Dehaloperoxidase B | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / benzotriazole / dehaloperoxidase / heme | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chicano, T.M. / Dworkowski, F.S.N. / Hough, M.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Dehaloperoxidase B from Amphitrite ornata: benzotriazole complex 著者: Chicano, T.M. / Hough, M.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ixfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-0CT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4 詳細: 12 mg/ml DHP B in 20 mM Na cacodylate (pH 6.4) was mixed with a reservoir solution comprising 14-20% (w/v) PEG 4000 and 150-250 mM ammonium sulfate. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月20日 |
放射 | モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.14→45.6 Å / Num. obs: 100913 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.14→1.17 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / CC1/2: 0.571 / % possible all: 95.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3ixf 解像度: 1.14→45.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.475 / SU ML: 0.029 / SU R Cruickshank DPI: 0.0337 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.036 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.84 Å2 / Biso mean: 18.354 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.14→45.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.14→1.17 Å / Total num. of bins used: 20
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