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- PDB-5llw: Bacteriophytochrome activated diguanylyl cyclase from Idiomarina ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5llw
タイトルBacteriophytochrome activated diguanylyl cyclase from Idiomarina species A28L
要素Diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / bacteriophytochrome / diguanylate cyclase / light-regulation / c-di-GMP / GTP / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / detection of visible light / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Phytochrome / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain ...: / Phytochrome / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / PAS domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LBV / diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Idiomarina sp. A28L (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gourinchas, G. / Winkler, A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundP27124 オーストリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Long-range allosteric signaling in red light-regulated diguanylyl cyclases.
著者: Gourinchas, G. / Etzl, S. / Gobl, C. / Vide, U. / Madl, T. / Winkler, A.
履歴
登録2016年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein
A: Diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,1576
ポリマ－157,9152
非ポリマー1,2424
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9920 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area62520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.870, 77.800, 439.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))
21(chain B and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))
12(chain A and resseq 8:120)
22(chain B and resseq 8:120)
13(chain A and resseq 530:683)
23(chain B and resseq 530:683)
14(chain A and (resseq 321:334 or resseq 336:389 or resseq 393:425 or resseq 432:525))
24(chain B and (resseq 321:335 or resseq 337:389 or resseq 393:425 or resseq 432:525))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRSERSER(chain A and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))AB124 - 189126 - 191
121LEULEUALAALA(chain A and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))AB191 - 206193 - 208
131TYRTYRTRPTRP(chain A and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))AB208 - 309210 - 311
211THRTHRSERSER(chain B and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))BA124 - 189126 - 191
221LEULEUALAALA(chain B and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))BA191 - 206193 - 208
231TYRTYRTRPTRP(chain B and (resseq 124:189 or resseq 191:206 or resseq 208:309))BA208 - 309210 - 311
112ASPASPTYRTYR(chain A and resseq 8:120)AB8 - 12010 - 122
212ASPASPTYRTYR(chain B and resseq 8:120)BA8 - 12010 - 122
113ASPASPGLNGLN(chain A and resseq 530:683)AB530 - 683532 - 685
213ASPASPGLNGLN(chain B and resseq 530:683)BA530 - 683532 - 685
114VALVALALAALA(chain A and (resseq 321:334 or resseq 336:389 or resseq 393:425 or resseq 432:525))AB321 - 334323 - 336
124ASPASPGLUGLU(chain A and (resseq 321:334 or resseq 336:389 or resseq 393:425 or resseq 432:525))AB336 - 389338 - 391
134LYSLYSLYSLYS(chain A and (resseq 321:334 or resseq 336:389 or resseq 393:425 or resseq 432:525))AB393 - 425395 - 427
144SERSERLEULEU(chain A and (resseq 321:334 or resseq 336:389 or resseq 393:425 or resseq 432:525))AB432 - 525434 - 527
214VALVALASPASP(chain B and (resseq 321:335 or resseq 337:389 or resseq 393:425 or resseq 432:525))BA321 - 335323 - 337
224LYSLYSGLUGLU(chain B and (resseq 321:335 or resseq 337:389 or resseq 393:425 or resseq 432:525))BA337 - 389339 - 391
234LYSLYSLYSLYS(chain B and (resseq 321:335 or resseq 337:389 or resseq 393:425 or resseq 432:525))BA393 - 425395 - 427
244SERSERLEULEU(chain B and (resseq 321:335 or resseq 337:389 or resseq 393:425 or resseq 432:525))BA432 - 525434 - 527

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein / Photosensory Module of Bacteriophytochrome


分子量: 78957.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Idiomarina sp. A28L (バクテリア)
遺伝子: A28LD_0430 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F7RW09
#2: 化合物 ChemComp-LBV / 3-[2-[(Z)-[3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-pyrrol-1-ium -2-ylidene]methyl]-5-[(Z)-[(3E)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxidanylidene-pyrrolidin-2-ylidene]methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3- yl]propanoic acid / 2(R),3(E)- PHYTOCHROMOBILIN


分子量: 585.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H37N4O6
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 %
解説: Plate-like elongated crystals appeared after overnight incubation under dark conditions and reached final dimensions within 5 days.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.1 M ammonium acetate, 17% (w/v) PEG 10,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979168 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月19日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979168 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→68.7 Å / Num. obs: 67335 / % possible obs: 81.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.94 % / Biso Wilson estimate: 91.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 15.85
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Diffraction-IDRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2% possible all
2.8-2.91
2.9-31
3-3.111.6240.830.29698.8
3.1-3.510.7352.430.82699.7
3.5-410.27112.610.991100
4-610.13225.920.997100
6-1010.08135.750.999100
10-2010.06245.340.999100
2010.05447.640.99996.1

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→63.518 Å / SU ML: 0.62 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 30.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 3082 4.58 %
Rwork0.2047 --
obs0.2072 67329 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 193.74 Å2 / Biso mean: 97.785 Å2 / Biso min: 47.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→63.518 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10840 0 88 0 10928
Biso mean--73.92 --
残基数----1345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111178
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12115152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2546728
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1717X-RAY DIFFRACTION5.818TORSIONAL
12B1717X-RAY DIFFRACTION5.818TORSIONAL
21A1036X-RAY DIFFRACTION5.818TORSIONAL
22B1036X-RAY DIFFRACTION5.818TORSIONAL
31A1324X-RAY DIFFRACTION5.818TORSIONAL
32B1324X-RAY DIFFRACTION5.818TORSIONAL
41A1737X-RAY DIFFRACTION5.818TORSIONAL
42B1737X-RAY DIFFRACTION5.818TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0001-3.0470.48241290.48362789291898
3.047-3.09690.43781460.44762941308799
3.0969-3.15030.43851420.4242901304399
3.1503-3.20760.50331530.37562964311799
3.2076-3.26930.36691330.328728402973100
3.2693-3.3360.30041310.287729463077100
3.336-3.40860.32421480.259829823130100
3.4086-3.48790.33111350.268728562991100
3.4879-3.57510.28861460.246430013147100
3.5751-3.67170.32591500.248128713021100
3.6717-3.77980.31291340.203228963030100
3.7798-3.90170.2111230.192630513174100
3.9017-4.04120.23431480.176128633011100
4.0412-4.2030.19971410.169629413082100
4.203-4.39420.2461380.158629083046100
4.3942-4.62580.22811420.151330113153100
4.6258-4.91550.19361490.159928492998100
4.9155-5.29490.23311370.166128973034100
5.2949-5.82740.26791460.179629673113100
5.8274-6.66980.23481350.194529103045100
6.6698-8.40020.22981350.187129513086100
8.4002-63.53170.22191410.181529123053100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.32120.8330.74732.6074-0.36432.5806-0.24970.08030.3416-0.5160.16490.6238-0.0548-0.33140.00010.9929-0.0137-0.02120.7072-0.05890.790110.2532.1854443.2662
21.52190.6555-0.40493.00960.26082.9674-0.1359-0.10640.05840.0454-0.0683-0.04860.09630.335400.89650.09480.06290.6365-0.08050.666123.877130.364459.7506
30.2375-0.2789-1.04160.13690.81843.7603-0.0618-0.56570.29770.0583-0.08560.0078-0.31160.7776-0.00020.8979-0.0571-0.01271.1991-0.19480.997724.295540.3835494.5056
43.35591.79991.18384.27941.31233.97780.1917-0.6791-0.06980.533-0.0855-0.12010.0972-0.13820.00010.7043-0.0042-0.03751.35350.05670.85369.89941.9608565.4736
54.0551-0.78710.37784.079-0.67452.66770.01380.0557-0.2002-0.11880.1298-0.06060.39480.00560.00021.0367-0.0855-0.00210.5398-0.13760.850511.8338-9.9038463.2908
61.6491-0.8533-0.2283.49241.31562.38190.0051-0.2489-0.24220.1249-0.150.45770.0406-0.32050.00041.0177-0.04260.14160.6568-0.10560.8992-1.15174.1868472.4727
70.1831-0.07050.25632.43352.49973.085-0.0798-0.4305-0.13020.7142-0.10270.30230.5391-0.0970.00071.04430.02130.18781.123-0.16620.9914-1.765625.5064501.8156
84.12741.2561.21525.6242-1.00475.09950.1798-0.76090.12340.5118-0.29690.5694-0.1439-0.1601-0.00170.6488-0.0630.07411.4285-0.11690.845614.906469.4072558.7327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 8 through 127 )B8 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 128 through 290 )B128 - 290
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 291 through 527 )B291 - 527
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 528 through 683 )B528 - 683
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 8 through 127 )A8 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 128 through 290 )A128 - 290
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 291 through 527 )A291 - 527
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 528 through 683 )A528 - 683

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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