[日本語] English
万見
- PDB-5lls: Porcine dipeptidyl peptidase IV in complex with 8-(3-aminopiperid... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lls
タイトルPorcine dipeptidyl peptidase IV in complex with 8-(3-aminopiperidin-1-yl)-7-[(2-bromophenyl)methyl]-1,3-dimethyl-2,3,6,7-tetrahydro-1H-purine-2,6-dione
要素Dipeptidyl peptidase 4
キーワードHYDROLASE / peptidase / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of extracellular matrix disassembly / dipeptidyl-peptidase IV / chemorepellent activity / psychomotor behavior / intercellular canaliculus / dipeptidyl-peptidase activity ...Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of extracellular matrix disassembly / dipeptidyl-peptidase IV / chemorepellent activity / psychomotor behavior / intercellular canaliculus / dipeptidyl-peptidase activity / locomotory exploration behavior / lamellipodium membrane / endocytic vesicle / behavioral fear response / endothelial cell migration / aminopeptidase activity / T cell costimulation / T cell activation / lamellipodium / virus receptor activity / protease binding / response to hypoxia / cell adhesion / apical plasma membrane / membrane raft / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Dipeptidyl peptidase 4, low complexity region / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) low complexity region / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region ...Dipeptidyl peptidase 4, low complexity region / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) low complexity region / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6Z8 / Dipeptidyl peptidase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Nar, H. / Blaesse, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Comparative Analysis of Binding Kinetics and Thermodynamics of Dipeptidyl Peptidase-4 Inhibitors and Their Relationship to Structure.
著者: Schnapp, G. / Klein, T. / Hoevels, Y. / Bakker, R.A. / Nar, H.
履歴
登録2016年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)364,42940
ポリマ－353,3284
非ポリマー11,10136
水18,3931021
1
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,11320
ポリマ－176,6642
非ポリマー5,44918
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9330 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area56770 Å2
手法PISA
2
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,31620
ポリマ－176,6642
非ポリマー5,65218
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9520 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area56970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.900, 117.680, 133.120
Angle α, β, γ (deg.)112.70, 94.60, 91.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dipeptidyl peptidase 4 / Dipeptidyl peptidase IV / DPP IV / T-cell activation antigen CD26


分子量: 88331.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P22411, dipeptidyl-peptidase IV

-
糖 , 2種, 24分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1033分子

#4: 化合物
ChemComp-6Z8 / 8-[(3~{R})-3-azanylpiperidin-1-yl]-7-[(2-bromophenyl)methyl]-1,3-dimethyl-purine-2,6-dione


分子量: 447.329 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23BrN6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1021 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 26% PEG 2000, 0.1 M Tris pH 8, 0.1 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→35.28 Å / Num. obs: 111933 / % possible obs: 80.3 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 49.13 Å2 / Net I/σ(I): 9.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2AJ8

2aj8


解像度: 2.41→35.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / Rfactor Rfree error: 0.03 / SU R Cruickshank DPI: 1.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.916 / SU Rfree Blow DPI: 0.28 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.288
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 5218 4.88 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 106928 80.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.4353 Å23.7668 Å2-1.8455 Å2
2--12.3541 Å2-0.8944 Å2
3---2.0812 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.41→35.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23840 0 706 1021 25567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00825315HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0134538HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8589SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes612HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3637HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it25315HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.26
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3293SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact29238SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.47 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 107 5.04 %
Rwork0.225 2014 -
all0.228 2121 -
obs--21.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4085-0.1490.01470.84010.07290.46880.0077-0.00240.1411-0.0569-0.005-0.0329-0.03110.0114-0.0027-0.24350.0601-0.0182-0.02770.02020.0261-1.81627.46765.7138
20.4225-0.07590.05371.07910.04130.3753-0.01870.018-0.0983-0.13490.01070.12260.0564-0.05250.0079-0.16850.0549-0.0086-0.0375-0.0207-0.05661.3634-27.4398-5.9478
30.3238-0.0659-0.03391.04960.05020.726-0.053-0.04460.02950.1660.0074-0.03-0.0527-0.04820.0456-0.20740.0304-0.0183-0.0349-0.0202-0.05519.165212.839874.4074
40.4270.21290.23240.79210.11670.99210.05950.0158-0.11420.0254-0.0176-0.04670.257-0.0132-0.0419-0.15040.01090.0119-0.10130.0158-0.056912.5271-42.032965.006
51.454-0.06290.83911.588-0.08690.40210.0165-0.03350.01320.14320.0090.02130.1205-0.0036-0.0255-0.14390.12280.05280.04430.00950.0438-1.344622.970716.4885
60.4966-0.0015-0.83761.5367-0.22350.78790.0148-0.0059-0.04570.1541-0.01370.0142-0.11240.0003-0.0011-0.16180.0694-0.0758-0.0006-0.01210.07090.1266-29.32170.219
72.6827-0.2838-1.08611.66020.85531.24810.02220.0093-0.043-0.0385-0.02340.12250-0.09790.0012-0.07950.008-0.08560.01220.0809-0.07179.7804-38.377957.3089
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ H|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る