[日本語] English
万見
- PDB-5llq: Crystal structure of Sulfolobus solfataricus O6-methylguanine met... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5llq
タイトルCrystal structure of Sulfolobus solfataricus O6-methylguanine methyltransferase C119F variant
要素Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / DNA dealkylation / OGT / inactive mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / DNA alkylation repair / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Miggiano, R. / Rossi, F. / Rizzi, M.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Interdomain interactions rearrangements control the reaction steps of a thermostable DNA alkyltransferase.
著者: Morrone, C. / Miggiano, R. / Serpe, M. / Massarotti, A. / Valenti, A. / Del Monaco, G. / Rossi, M. / Rossi, F. / Rizzi, M. / Perugino, G. / Ciaramella, M.
履歴
登録2016年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
B: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5424
ポリマ－37,3582
非ポリマー1842
水54030
1
A: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6791
ポリマ－18,6791
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8633
ポリマ－18,6791
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.859, 85.850, 98.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / 6-O-methylguanine-DNA methyltransferase / MGMT / O-6-methylguanine-DNA-alkyltransferase


分子量: 18678.805 Da / 分子数: 2
変異: Catalytic Cysteine 119 is substituted by Phenilalanine
由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues belonging to His-tag were not visible in the electron density. For this reason they were removed from coordinates file.
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
遺伝子: ogt, SSO2487 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q97VW7, methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.19 % / 解説: Thin needle
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0,2 M ammonium phosphate monobasic 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49.24 Å / Num. obs: 12411 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 10.26
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1690精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZYE

4zye


解像度: 2.7→49.24 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 640 5.16 %
Rwork0.1725 --
obs0.1761 12406 96.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2380 0 12 30 2422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1373289
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.358929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.90840.27921230.21812325X-RAY DIFFRACTION97
2.9084-3.20110.28011260.20782301X-RAY DIFFRACTION96
3.2011-3.66420.2661220.17332326X-RAY DIFFRACTION97
3.6642-4.61590.20851470.14122336X-RAY DIFFRACTION96
4.6159-49.2480.21581220.17112478X-RAY DIFFRACTION96

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る