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- PDB-5lld: Flavodiiron core of Escherichia coli flavorubredoxin in the reduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lld
タイトルFlavodiiron core of Escherichia coli flavorubredoxin in the reduced form.
要素Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavorubredoxin / flavodiiron protein / diiron center / nitric oxide reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide reductase activity / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / nitric oxide catabolic process / response to nitric oxide / FMN binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily ...Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / Rubredoxin-oxygen oxidoreductase / ODP domain / ODP family beta lactamase / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Flavodoxin domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OXYGEN MOLECULE / Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.651 Å
データ登録者Romao, C.V. / Borges, P.T. / Vicente, J.B. / Carrondo, M.A. / Teixeira, M. / Frazao, C.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
FCTPTDC/BBB-BQB/3135/2014 ポルトガル
FEDERLISBOA-01-0145-FEDER-007660 ポルトガル
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of Escherichia coli Flavodiiron Nitric Oxide Reductase.
著者: Romao, C.V. / Vicente, J.B. / Borges, P.T. / Victor, B.L. / Lamosa, P. / Silva, E. / Pereira, L. / Bandeiras, T.M. / Soares, C.M. / Carrondo, M.A. / Turner, D. / Teixeira, M. / Frazao, C.
履歴
登録2016年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8935
ポリマ－54,2931
非ポリマー6004
水2,306128
1
A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子

A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子

A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子

A: Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,57220
ポリマ－217,1724
非ポリマー2,40016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)151.700, 151.700, 96.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 Anaerobic nitric oxide reductase flavorubredoxin / FlavoRb


分子量: 54293.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: norV, flrD, ygaI, ygaJ, ygaK, b2710, JW2680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46877
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化温度: 304 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.0UL OF PROTEIN AT15 MG/ML WITH 0.8UL OF CRYSTALLIZATION SOLUTION (0.2M NA-CACODYLATE PH 6.5, 0.2 M MGACETATE, 20% PEG8000) and 0.2UL OF 0.1M HEXAMINE COBALT (III).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→45.34 Å / Num. obs: 17773 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rsym value: 0.157 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.1_357精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4d02

4d02


解像度: 2.651→45.292 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.35 / 位相誤差: 13.9 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The final model was refined versus the full data, resulting in R value of 0.19. The rubredoxin domain in C-terminal was not visible since it is disordered.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 17132 10 %random
Rwork0.185 ---
obs0.1899 1713 87.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0.438 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.168 Å20 Å2-0 Å2
2---9.168 Å2-0 Å2
3----2.4335 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.651→45.292 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3200 0 35 128 3363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5664494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8461198
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6512-2.68130.2414950.241495X-RAY DIFFRACTION77
2.6813-2.71280.22635110.2263511X-RAY DIFFRACTION81
2.7128-2.74590.2425320.242532X-RAY DIFFRACTION84
2.7459-2.78070.21985310.2198531X-RAY DIFFRACTION85
2.7807-2.81730.20135680.2013568X-RAY DIFFRACTION87
2.8173-2.85590.225570.22557X-RAY DIFFRACTION87
2.8559-2.89660.21455470.2145547X-RAY DIFFRACTION88
2.8966-2.93990.20185650.2018565X-RAY DIFFRACTION88
2.9399-2.98580.21555640.2155564X-RAY DIFFRACTION88
2.9858-3.03470.20055690.2005569X-RAY DIFFRACTION89
3.0347-3.08710.20415680.2041568X-RAY DIFFRACTION90
3.0871-3.14320.18435860.1843586X-RAY DIFFRACTION91
3.1432-3.20360.17095710.1709571X-RAY DIFFRACTION89
3.2036-3.2690.18765670.1876567X-RAY DIFFRACTION89
3.269-3.34010.18375860.1837586X-RAY DIFFRACTION91
3.3401-3.41770.16535660.1653566X-RAY DIFFRACTION89
3.4177-3.50320.16065840.1606584X-RAY DIFFRACTION90
3.5032-3.59780.13765800.1376580X-RAY DIFFRACTION89
3.5978-3.70370.14065840.1406584X-RAY DIFFRACTION90
3.7037-3.82320.13455800.1345580X-RAY DIFFRACTION90
3.8232-3.95970.13045810.1304581X-RAY DIFFRACTION90
3.9597-4.11820.13125790.1312579X-RAY DIFFRACTION88
4.1182-4.30550.12815800.1281580X-RAY DIFFRACTION88
4.3055-4.53220.13435860.1343586X-RAY DIFFRACTION90
4.5322-4.81590.1345840.134584X-RAY DIFFRACTION88
4.8159-5.18730.13815810.1381581X-RAY DIFFRACTION88
5.1873-5.70840.17245960.1724596X-RAY DIFFRACTION89
5.7084-6.53230.20465840.2046584X-RAY DIFFRACTION87
6.5323-8.22190.20026080.2002608X-RAY DIFFRACTION88
8.2219-45.29860.22046420.2204642X-RAY DIFFRACTION84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1942-0.29730.25380.6214-0.20430.4821-0.11480.24910.01440.10740.0256-0.10240.03840.1511-0.16180.0684-0.01870.02670.1757-0.08590.105528.000751.336825.5338
20.05540.00220.03650.040.03650.05860.004-0.05160.0569-0.003-0.0487-0.04050.0210.0012-0.01660.07190.1290.04660.29180.00790.288834.842855.816319.0509
30.2057-0.03060.18250.247-0.23340.38570.09480.12150.0615-0.1446-0.18050.07010.109-0.0018-0.11490.1409-0.06290.06130.2168-0.10440.075826.067557.913615.6273
40.0910.0483-0.02680.2008-0.10950.2637-0.08630.1339-0.18360.03-0.0176-0.07160.022-0.1365-0.01220.0556-0.02720.02140.163-0.04150.113418.912755.225619.7111
50.0070.00220.00390.00960.00440.0042-0.05220.0543-0.01870.0776-0.1167-0.1185-0.0139-0.0295-00.0867-0.09730.03060.3529-0.05960.290521.850450.01840.9945
60.7048-0.57630.13520.4878-0.13050.58720.0169-0.1058-0.2869-0.06270.15360.2141-0.08610.11060.04480.019-0.04370.00390.16940.01330.092111.732849.126931.9176
70.21190.12-0.10620.27070.08240.3145-0.0853-0.04180.09160.03080.03820.15710.0514-0.0672-0.03420.01440.0404-0.00520.05480.01480.024415.216765.040559.4495
80.00140.0080.01060.04980.06360.0808-0.0315-0.04090.0634-0.0198-0.0278-0.02610.0088-0.0021-0.0620.01870.0302-0.0420.0274-0.08090.225423.929478.907365.1987
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:48)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 49:66)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 67:90)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 91:185)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 186:194)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 195:246)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 247:400)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 601:601)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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