+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ll2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Isoleucine 2-epimerase from Lactobacillus buchneri (apo form) | ||||||
要素 | Isoleucine 2-epimerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / racemase / epimerase / Isoleucine / PLP / Lactobacillus buchneri | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isoleucine 2-epimerase / transaminase activity / isomerase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactobacillus buchneri (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Reiser, J.-B. / Awad, R. / Gans, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochimie / 年: 2017 タイトル: Structural insights into the substrate recognition and reaction specificity of the PLP-dependent fold-type I isoleucine 2-epimerase from Lactobacillus buchneri. 著者: Awad, R. / Gans, P. / Reiser, J.B. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ll2.cif.gz | 316.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5ll2.ent.gz | 254.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ll2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ll2_validation.pdf.gz | 472.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5ll2_full_validation.pdf.gz | 516 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ll2_validation.xml.gz | 58 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ll2_validation.cif.gz | 78.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/5ll2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/5ll2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52846.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus buchneri (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M1GRN3, isoleucine 2-epimerase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12 to 18 % PEG3350 and 100 mM Lithium Citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 55147 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→19.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.887 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.806 / SU B: 12.583 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.475 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.93 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|