PDB-5ll1: Crystal structure of urate oxidase from zebrafish

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ll1

タイトル

Crystal structure of urate oxidase from zebrafish

要素

Uricase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / uric acid / urate / purine metabolism / uricolytic activities

機能・相同性

機能・相同性情報

urate oxidase activity / purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / urate metabolic process / peroxisome / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Zanotti, G. / Cendron, l. / Percudani, R. / Berni, R.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Catalysis and Structure of Zebrafish Urate Oxidase Provide Insights into the Origin of Hyperuricemia in Hominoids.
著者: Marchetti, M. / Liuzzi, A. / Fermi, B. / Corsini, R. / Folli, C. / Speranzini, V. / Gandolfi, F. / Bettati, S. / Ronda, L. / Cendron, L. / Berni, R. / Zanotti, G. / Percudani, R.

履歴

登録	2016年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ll1.cif.gz	448.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ll1.ent.gz	371.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ll1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/5ll1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/5ll1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m98C 1r56S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m98-1 5m98-2 2yzc-1 2yze-1 2yzc-2 4n9v-1 4n3m-1 4n9s-1 1vax-2 4mb8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Uricase

B: Uricase

C: Uricase

D: Uricase

E: Uricase

F: Uricase

G: Uricase

H: Uricase

274 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uricase

B: Uricase

C: Uricase

D: Uricase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Uricase

F: Uricase

G: Uricase

H: Uricase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.341, 127.415, 132.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uricase / Urate oxidase 分子量: 34239.238 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: uox / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q6DG85, factor-independent urate hydroxylase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris-HCl 0.1M, 8% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→83.3 Å / Num. obs: 64855 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1R56

1r56

解像度: 2.8→64.803 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.99

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2575	3235	5 %	Random selection
R_work	0.1967	-	-	-
obs	0.1997	64764	94.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→64.803 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18584	0	0	87	18671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	19004
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.412	25752
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.411	7040
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	2920
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3288

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.8418	0.3724	113	0.2609	2528	X-RAY DIFFRACTION	89
2.8418-2.8863	0.3033	113	0.2497	2527	X-RAY DIFFRACTION	89
2.8863-2.9336	0.3201	124	0.2448	2509	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9336-2.9842	0.3352	138	0.2528	2483	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9842-3.0384	0.3154	146	0.2354	2570	X-RAY DIFFRACTION	91
3.0384-3.0969	0.3161	128	0.2409	2556	X-RAY DIFFRACTION	91
3.0969-3.1601	0.3193	162	0.2303	2550	X-RAY DIFFRACTION	91
3.1601-3.2288	0.2791	132	0.2333	2609	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2288-3.3039	0.2797	137	0.2319	2611	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3039-3.3865	0.3023	137	0.2377	2638	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3865-3.4781	0.2739	147	0.2185	2636	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4781-3.5804	0.2735	115	0.2212	2707	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5804-3.696	0.3202	154	0.2715	2672	X-RAY DIFFRACTION	96
3.696-3.828	0.3033	153	0.2386	2739	X-RAY DIFFRACTION	97
3.828-3.9813	0.2737	132	0.2124	2707	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9813-4.1624	0.2634	149	0.1755	2799	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1624-4.3819	0.1768	155	0.1461	2798	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3819-4.6563	0.2125	153	0.1359	2793	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6563-5.0157	0.1805	155	0.1267	2809	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0157-5.5202	0.1871	155	0.135	2797	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5202-6.3184	0.2057	148	0.1579	2813	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3184-7.9583	0.2451	158	0.1667	2838	X-RAY DIFFRACTION	99
7.9583-64.8202	0.1939	131	0.1633	2840	X-RAY DIFFRACTION	97

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関連情報:EMDBヘッダ

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