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- PDB-5lkm: RadA bound to dTDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lkm
タイトルRadA bound to dTDP
要素DNA repair protein RadA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Helicase / recombination / DNA-binding protein / Lon-protease
機能・相同性
機能・相同性情報


recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein RadA / Subunit ChlI of Mg-chelatase / AAA domain / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA repair protein RadA / DNA repair protein RadA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Rapisarda, C. / Remaut, H. / Fornzes, R.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Bacterial RadA is a DnaB-type helicase interacting with RecA to promote bidirectional D-loop extension.
著者: Marie, L. / Rapisarda, C. / Morales, V. / Berge, M. / Perry, T. / Soulet, A.L. / Gruget, C. / Remaut, H. / Fronzes, R. / Polard, P.
履歴
登録2016年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_keywords / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_keywords.text / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RadA
B: DNA repair protein RadA
C: DNA repair protein RadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,5239
ポリマ－148,2443
非ポリマー1,2796
水00
1
A: DNA repair protein RadA
B: DNA repair protein RadA
C: DNA repair protein RadA
ヘテロ分子

A: DNA repair protein RadA
B: DNA repair protein RadA
C: DNA repair protein RadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,04718
ポリマ－296,4886
非ポリマー2,55912
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
Buried area27070 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area89200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.400, 169.900, 187.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRPHEPHEAA54 - 45254 - 452
21THRTHRPHEPHEBB54 - 45254 - 452
12ASNASNVALVALAA66 - 45166 - 451
22ASNASNVALVALCC66 - 45166 - 451
13ASNASNPHEPHEBB68 - 45268 - 452
23ASNASNPHEPHECC68 - 45268 - 452

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 DNA repair protein RadA


分子量: 49414.660 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: R800 / 遺伝子: radA, ERS022181_02072
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0T7K9X0, UniProt: Q8DRP0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP


分子量: 402.188 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 200 mM MgF 100 mM HEPES pH8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→49.21 Å / Num. obs: 20413 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 66.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1837 / Rrim(I) all: 0.1852 / Net I/σ(I): 22.76
反射 シェルRmerge(I) obs: 1.071 / Rrim(I) all: 1.079

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
BUSTER精密化
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5lko

5lko
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.5→49.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 51.177 / SU ML: 0.366 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.531 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22398 1022 5 %RANDOM
Rwork0.1829 ---
obs0.18497 19401 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 147.869 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3---0.92 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.5→49.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8530 0 78 0 8608
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0198703
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.028704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8231.99211757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.594319988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.53351094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.39424.669362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.196151603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6051561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021839
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.51511.5264421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.51511.5274420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.26617.295500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.26517.2895501
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.04712.3954282
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.04112.3944274
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.51118.3496245
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.82234633
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other18.82134618
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A404380.12
12B404380.12
21A441940.13
22C441940.13
31B397340.12
32C397340.12
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 75 -
Rwork0.198 1415 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9596-2.72613.27441.1019-1.26511.5654-0.40510.38871.0706-0.008-0.1217-0.487-0.30470.09610.52681.00290.15070.25040.8805-0.2530.5357-45.9754-131.2515-67.8487
21.761-1.56370.94332.5191-1.14532.6816-0.21730.05790.2269-0.18360.59880.0839-0.10040.0609-0.38150.2516-0.2604-0.0020.40840.10060.2928-26.5275-110.1337-57.4117
32.5816-0.2821-0.14540.96681.19672.95740.00050.1649-0.22360.1207-0.00470.11740.05950.02980.00420.18730.06860.10380.06040.00830.0947-40.6919-113.1855-22.7127
40.5874-1.6052-0.72954.98312.18570.9770.25970.24680.3002-0.98520.1006-0.9588-0.4725-0.0609-0.36030.8375-0.16220.07351.1330.00780.9194-10.5913-104.5332-67.6952
52.88660.81281.13034.661-0.13060.58220.6071.09070.2740.7329-0.86980.29480.31270.53330.26280.38730.05880.33110.72870.02090.3561-16.565-75.8482-59.1504
62.01660.1512-0.87352.88761.46982.5211-0.1350.1122-0.20040.00910.2905-0.367-0.0948-0.0194-0.15540.041-0.00460.03990.1342-0.00780.1649-20.6189-91.5163-22.7177
70000000000000000.2132000.213200.2132000
82.58682.54380.7492.83880.98223.3871-0.32920.3885-0.4899-0.04770.2651-0.334-0.1101-0.43520.06410.2735-0.09430.180.4040.0280.2787-40.1203-50.2867-57.8832
91.8816-0.8076-0.79392.0556-0.51812.8447-0.14040.13810.10020.0302-0.0692-0.3215-0.1217-0.00980.20960.1134-0.1064-0.0860.13470.0960.1209-29.7096-63.1999-23.1452
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A53 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2A65 - 274
3X-RAY DIFFRACTION3A275 - 452
4X-RAY DIFFRACTION4B54 - 63
5X-RAY DIFFRACTION5B68 - 274
6X-RAY DIFFRACTION6B275 - 452
7X-RAY DIFFRACTION7C56 - 64
8X-RAY DIFFRACTION8C66 - 274
9X-RAY DIFFRACTION9C275 - 452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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