PDB-5lkb: Crystal structure of the Xi glutathione transferase ECM4 from Sac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lkb

タイトル

Crystal structure of the Xi glutathione transferase ECM4 from Saccharomyces cerevisiae

要素

Glutathione S-transferase omega-like 2

キーワード

TRANSFERASE / Saccharomyces cerevisiae / glutathione transferase / glutathione / quinone / ECM4 / YKR076W / Glutathionyl-hydroquinone reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione dehydrogenase (ascorbate) activity / glutathione dehydrogenase (ascorbate) / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cell wall organization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Schwartz, M. / Didierjean, C. / Hecker, A. / Girardet, J.M. / Morel-Rouhier, M. / Gelhaye, E. / Favier, F.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Saccharomyces cerevisiae ECM4, a Xi-Class Glutathione Transferase that Reacts with Glutathionyl-(hydro)quinones.
著者: Schwartz, M. / Didierjean, C. / Hecker, A. / Girardet, J.M. / Morel-Rouhier, M. / Gelhaye, E. / Favier, F.

履歴

登録	2016年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lkb.cif.gz	289.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lkb.ent.gz	236.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lkb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/5lkb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/5lkb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lkdC 3ppuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lkd-d 2e8y-1 5m6d-d 7k35-1 3wdj-d 4uss-1 3l0i-1 2e8z-2 2e8y-2 1gld-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (6) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase omega-like 2

B: Glutathione S-transferase omega-like 2

ヘテロ分子

89.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.510, 82.960, 80.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase omega-like 2 / Extracellular mutant protein 4 / Glutathione-dependent dehydroascorbate reductase 分子量: 44406.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: ECM4, GTO2, YKR076W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P36156, glutathione transferase, glutathione dehydrogenase (ascorbate)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 785 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1 M Tris pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979767 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979767 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→46.01 Å / Num. obs: 124109 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC_1/2: 0.77 / % possible all: 77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PPU

3ppu

解像度: 1.45→33.972 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1939	6205	5 %
R_work	0.167	-	-
obs	0.1684	124048	96.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→33.972 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5723	0	18	785	6526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	5917
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.353	8027
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.885	2147
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	849
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1017

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4665	0.3601	150	0.3452	2850	X-RAY DIFFRACTION	70
1.4665-1.4838	0.3224	174	0.3048	3299	X-RAY DIFFRACTION	82
1.4838-1.5018	0.2468	189	0.2666	3586	X-RAY DIFFRACTION	88
1.5018-1.5209	0.2668	198	0.2391	3766	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5209-1.5409	0.2804	209	0.2324	3964	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5409-1.562	0.2333	213	0.2083	4061	X-RAY DIFFRACTION	100
1.562-1.5843	0.2205	216	0.2015	4088	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5843-1.6079	0.2414	210	0.1953	3999	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6079-1.6331	0.1999	214	0.1872	4068	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6331-1.6598	0.2371	212	0.1784	4014	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6598-1.6885	0.1878	215	0.1701	4084	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6885-1.7192	0.2417	212	0.1695	4029	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7192-1.7522	0.2128	216	0.1743	4107	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7522-1.788	0.21	214	0.1692	4051	X-RAY DIFFRACTION	100
1.788-1.8269	0.2145	212	0.1698	4025	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8269-1.8694	0.2087	213	0.1834	4055	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8694-1.9161	0.2702	201	0.2231	3810	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9161-1.9679	0.2812	198	0.2297	3766	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9679-2.0258	0.2066	213	0.173	4040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0258-2.0912	0.1984	212	0.1651	4037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.1659	0.1829	215	0.1561	4083	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1659-2.2526	0.192	199	0.1807	3775	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2526-2.3551	0.2076	206	0.1663	3930	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3551-2.4792	0.176	214	0.1466	4059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4792-2.6345	0.1766	215	0.1479	4080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6345-2.8378	0.1866	213	0.1542	4055	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8378-3.1232	0.1846	216	0.1508	4109	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1232-3.5748	0.1778	214	0.1515	4065	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5748-4.5022	0.1531	213	0.1393	4045	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5022-33.981	0.1618	209	0.1542	3943	X-RAY DIFFRACTION	94

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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