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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lhf | ||||||
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タイトル | Phosphoribosyl anthranilate isomerase from Thermococcus kodakaraensis | ||||||
要素 | N-(5'-phosphoribosyl)anthranilate isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / tryptophan biosynthesis / TIM barrel / protein stability | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoribosylanthranilate isomerase / phosphoribosylanthranilate isomerase activity / tryptophan biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermococcus kodakarensis (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Perveen, S. / Rashid, N. / Papageorgiou, A.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016 タイトル: Crystal structure of a phosphoribosyl anthranilate isomerase from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis. 著者: Perveen, S. / Rashid, N. / Papageorgiou, A.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lhf.cif.gz | 189.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lhf.ent.gz | 151.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lhf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5lhf_validation.pdf.gz | 435.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5lhf_full_validation.pdf.gz | 439.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5lhf_validation.xml.gz | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5lhf_validation.cif.gz | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/5lhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/5lhf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23217.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HYPERTHERMOPHILE 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌) 遺伝子: trpF, TK0256 / プラスミド: TKTrpF-pET28a / 詳細 (発現宿主): E.coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon plus RIL 参照: UniProt: Q9YGB1, phosphoribosylanthranilate isomerase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: Rods |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 0.2 M sodium formate, 13% (w/v) PEG 4000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96598 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.96598 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→43.28 Å / Num. obs: 40054 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 8.5 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5LHE 解像度: 1.75→43.294 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.294 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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