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万見
- PDB-5lh8: Trypsin inhibitors for the treatment of pancreatitis - cpd 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lh8
タイトルTrypsin inhibitors for the treatment of pancreatitis - cpd 8
要素Cationic trypsin
キーワードHYDROLASE / S1 protease / Complex / Inhibitor / pancreatitis
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6WH / Serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Schiering, N. / D'Arcy, A. / Skaanderup, P. / Simic, O. / Brandl, T. / Woelcke, J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Trypsin inhibitors for the treatment of pancreatitis.
著者: Brandl, T. / Simic, O. / Skaanderup, P.R. / Namoto, K. / Berst, F. / Ehrhardt, C. / Schiering, N. / Mueller, I. / Woelcke, J.
履歴
登録2016年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月24日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0635
ポリマ－23,3241
非ポリマー7394
水5,513306
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.951, 58.024, 65.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cationic trypsin / Beta-trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-6WH / (2~{S},4~{S})-1-[4-(aminomethyl)-3-methoxy-phenyl]carbonyl-4-(4-cyclopropyl-1,2,3-triazol-1-yl)-~{N}-[(1~{S},2~{R})-2-phenylcyclohexyl]pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 542.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H38N6O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M LISO4, 100 MM HEPES PH 7.5 Crystallization Protein Solution = 100 MG/ML IN H2O. Complex Formation Method = Soaking Crystallization Protocol = equal volumes (2ul+2ul) ...詳細: 25% PEG3350, 0.2 M LISO4, 100 MM HEPES PH 7.5 Crystallization Protein Solution = 100 MG/ML IN H2O. Complex Formation Method = Soaking Crystallization Protocol = equal volumes (2ul+2ul) Crystallization Method = Vapor diffusion - Hanging drop Crystallization Temperature = 298.0 Cryo Protocol = The crystal was flash frozen in liquid nitrogen Pictures = Remarks = SAOKING WITH cpd 8 at 10 mM for 4 hours.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→65.81 Å / Num. obs: 30977 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.51 % / Biso Wilson estimate: 10.45 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 15.64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.54→43.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.08 / SU Rfree Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.073
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 1549 5 %RANDOM
Rwork0.152 ---
obs0.154 30975 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 11.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5243 Å20 Å20 Å2
2--0.2214 Å20 Å2
3---0.3029 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.54→43.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1629 0 49 306 1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011834HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.182520HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d623SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes38HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes284HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1834HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.1
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion244SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2703SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 128 4.98 %
Rwork0.265 2440 -
all0.268 2568 -
obs--90.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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