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- PDB-5ldd: Crystal structure of the heterodimeric GEF Mon1-Ccz1 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ldd
タイトルCrystal structure of the heterodimeric GEF Mon1-Ccz1 in complex with Ypt7
要素
  • Ccz1
  • Mon1
  • Rab small monomeric GTPase-like protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / heterodimeric GEF protein / endosomal maturation / Rab GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


Mon1-Ccz1 complex / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / protein targeting to vacuole / multivesicular body membrane / fungal-type vacuole membrane / vesicle-mediated transport / autophagy / late endosome / GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Vacuolar fusion protein Ccz1 / Vacuolar fusion protein Mon1 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 ...Vacuolar fusion protein Ccz1 / Vacuolar fusion protein Mon1 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / small GTPase Rab1 family profile. / small GTPase Rho family profile. / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CCZ1/INTU/HSP4 first Longin domain-containing protein / Rab small monomeric GTPase-like protein / Vacuolar fusion protein MON1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.496 Å
データ登録者Kiontke, S. / Kuemmel, D.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationKU2531/2-1 ドイツ
German Research FoundationSFB944P17 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Architecture and mechanism of the late endosomal Rab7-like Ypt7 guanine nucleotide exchange factor complex Mon1-Ccz1.
著者: Kiontke, S. / Langemeyer, L. / Kuhlee, A. / Schuback, S. / Raunser, S. / Ungermann, C. / Kummel, D.
履歴
登録2016年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mon1
B: Ccz1
C: Rab small monomeric GTPase-like protein
D: Mon1
E: Ccz1
F: Rab small monomeric GTPase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,5579
ポリマ－138,2696
非ポリマー2883
水2,198122
1
A: Mon1
B: Ccz1
C: Rab small monomeric GTPase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3265
ポリマ－69,1343
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area24710 Å2
手法PISA
2
D: Mon1
E: Ccz1
F: Rab small monomeric GTPase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2304
ポリマ－69,1343
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area23540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.083, 103.812, 206.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mon1


分子量: 18259.047 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 195-355 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0067370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGS3
#2: タンパク質 Ccz1


分子量: 27657.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0050970 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SD94
#3: タンパク質 Rab small monomeric GTPase-like protein


分子量: 23218.189 Da / 分子数: 2 / Mutation: N125I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
遺伝子: CTHT_0065990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGE1
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, and 18% PEG 4000, 25% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→46.38 Å / Num. obs: 53101 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.53 % / Biso Wilson estimate: 69.32 Å2 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 15.24
反射 シェル解像度: 2.49→2.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / Rrim(I) all: 0.909 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2439精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.496→46.38 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2411 1839 3.98 %
Rwork0.2 --
obs0.2016 46240 86.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.496→46.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7533 0 15 122 7670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6210403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6214594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4957-2.56310.3686480.25171061X-RAY DIFFRACTION28
2.5631-2.63860.3352790.24471965X-RAY DIFFRACTION51
2.6386-2.72370.2871150.23682644X-RAY DIFFRACTION68
2.7237-2.8210.26231360.24473228X-RAY DIFFRACTION83
2.821-2.9340.29531550.23743809X-RAY DIFFRACTION98
2.934-3.06750.30751600.23253899X-RAY DIFFRACTION100
3.0675-3.22920.23931610.22813901X-RAY DIFFRACTION100
3.2292-3.43140.24761600.21173883X-RAY DIFFRACTION100
3.4314-3.69630.24831630.19613955X-RAY DIFFRACTION100
3.6963-4.0680.21631620.17883932X-RAY DIFFRACTION100
4.068-4.65620.22011630.16183974X-RAY DIFFRACTION100
4.6562-5.86450.21751650.18364002X-RAY DIFFRACTION100
5.8645-46.39110.22861720.2044148X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2468-0.02490.30193.932-0.61115.31320.1607-0.13490.0678-0.0598-0.10621.9915-0.1966-1.3233-0.20380.24320.0326-0.05680.47080.00830.6215-65.6435-13.7217-10.2477
24.89370.14480.86854.6175-0.34644.7954-0.22930.01840.132-0.72910.07870.0263-0.0238-0.07540.10850.23070.01860.010.1590.01220.1047-51.1942-8.6691-13.8397
31.3893-0.43680.70071.0473-2.04833.89590.08990.6777-0.1886-0.1237-0.22840.2376-0.50771.03930.15050.8446-0.0822-0.10070.6693-0.10490.3736-48.9804-7.7331-37.7718
42.96450.7132-2.04931.3954-0.70344.39160.16450.21770.5366-0.0221-0.1542-0.537-0.80370.7212-0.42060.1535-0.0451-0.00010.46020.03910.5109-32.4269-4.36934.1486
55.45364.37462.88737.03333.50996.0729-0.04280.01650.6295-0.3176-0.22870.0714-0.65360.26880.24070.21670.0076-0.00880.14580.04190.2812-41.7315-3.0647-0.4748
66.21374.2817-6.70054.8674-4.5117.2492-0.67580.831-0.5881-0.38850.37320.01431.0274-0.68410.49320.21570.03740.05530.4698-0.05290.2879-43.336-14.8541-6.1835
72.5311-1.63041.1757.54852.47912.24430.10130.2634-0.1147-0.1941-0.10330.06880.29310.33040.01440.08410.06710.01570.2376-0.02280.2232-37.3128-14.0752.2479
82.63660.5701-2.21631.47190.42892.64210.03570.24010.1033-0.30580.3147-0.4382-0.08640.818-0.90.760.3060.63411.24-0.00270.5069-26.3349-10.6565-18.7039
91.5476-0.1576-0.26982.40251.36657.07710.21690.4742-0.1918-0.3317-0.3977-0.63520.38310.46180.21470.33620.28780.02420.3562-0.05130.5073-30.7233-21.37453.8298
104.9149-2.0815-2.73785.62880.70983.4031-0.4025-0.4721-0.04760.77180.189-1.0470.11281.2996-0.45140.18550.1156-0.08330.5040.03720.487-28.0479-11.598214.2019
111.10840.98450.52411.1417-0.2131.9717-0.08850.2976-0.4658-0.3295-0.1905-0.61380.3710.45780.340.17450.24650.22960.9436-0.23180.7115-23.9914-21.2833-5.9283
121.9771-0.79151.20053.3415-0.86972.4181-0.4586-0.46720.11610.39750.20960.1698-0.4632-0.2934-0.5730.81090.385-0.26080.24490.0080.4171-60.14239.4415-3.5727
134.0932-0.60191.13391.074-1.09281.2269-0.12-0.2038-0.00210.34670.04320.9389-0.5584-0.9127-0.0720.31960.2304-0.02420.4867-0.04350.5682-60.72942.2213-3.0544
145.9037-3.82093.66182.6732-3.17985.6535-0.14090.05070.60830.03010.03230.9182-0.8437-0.92540.18740.66690.2623-0.19610.55040.07750.8622-65.21217.4738-10.9779
151.9327-1.5295-0.23665.2531.64220.5738-0.4882-0.24190.33710.44250.1978-0.4303-0.9578-0.20.09980.77390.1332-0.18280.28910.06140.4325-49.960512.5692-4.265
161.4745-2.2645-2.1044.14124.57695.76830.0528-0.15880.46830.39650.2739-0.6814-1.00980.3353-0.41411.16160.0155-0.28270.33750.01370.6467-48.359320.5474-5.0939
176.4669-2.6151-3.22691.0581.30521.6102-0.2241.71121.4377-2.4901-0.6976-0.0324-0.5546-0.2350.70921.42590.2747-0.18830.67540.17270.6939-54.278319.7937-19.7019
181.48490.302-0.47756.4671.18420.4140.0241-0.37830.49970.94690.24360.0745-0.5248-0.0934-0.19371.5270.4275-0.26750.357-0.04160.7436-59.023426.57841.0841
198.5386-2.7929-0.114.2848-0.77582.2161-0.9392-1.1720.13711.21440.56120.2847-0.3916-0.0953-0.15421.43430.5755-0.29530.6609-0.0510.7303-63.289921.8798-0.5844
203.7667-2.1027-0.61254.1087-1.15211.61860.0921-0.11650.53240.27910.42880.3591-0.3122-0.4029-0.40060.93230.5379-0.32590.5172-0.00121.0855-67.720416.6481-9.793
216.52264.01165.0575.71724.02415.66510.527-0.2234-0.1893-0.0196-0.68871.7656-0.127-1.31380.13320.64790.31060.15811.96670.32241.1224-66.878411.545938.3891
224.4749-0.009-1.09947.6857-1.08377.0620.06670.27820.10890.26380.39750.2958-0.1786-1.6687-0.40820.52230.0311-0.01960.62880.05370.2038-52.43038.144647.5307
235.8823-4.68316.18354.634-6.06997.9525-0.27851.42940.50881.61010.1987-0.188-2.0092-0.6710.01261.20090.40670.1371.00150.37151.0335-53.069424.914146.1602
241.05020.0208-0.73590.5346-1.96927.6249-0.00730.06420.0296-0.23890.0471-0.15780.4495-0.6393-0.04270.8583-0.04860.2020.4313-0.12440.4389-52.84594.584767.1658
253.29420.31751.58673.8754.59495.9109-0.21590.19860.5734-1.27490.136-0.7471-0.23220.6718-0.12920.7174-0.03710.29180.43970.01330.3982-42.64313.59778.5561
263.4439-1.0531.25423.24790.98084.9110.233-0.23460.25650.0282-0.1934-0.6146-0.53310.0296-0.01850.3273-0.20440.06990.34450.01080.3142-34.76758.854130.4774
276.9837-0.95633.07186.14270.09455.8555-0.06770.4687-0.66050.64160.7285-1.12140.6051.1363-0.56720.41830.029-0.0310.4145-0.15060.4907-31.85272.503727.087
285.3738-5.0904-4.81045.03314.30394.741-0.3001-0.269-0.32140.72350.43630.32980.8311-0.5374-0.12150.5351-0.0368-0.05490.47720.03470.3729-41.94973.690533.8622
296.41372.41090.73222.1763-3.08368.9883-0.1464-0.16921.09050.83580.5440.1142-2.2694-1.2395-0.10330.88350.03160.11770.5393-0.07110.4157-44.190315.431739.5553
305.48991.0513-2.44777.78333.2162.87980.4864-0.19150.6115-0.02370.0650.0219-0.8264-0.0065-0.32860.559-0.10510.13730.1986-0.0060.3374-38.26514.933731.1166
314.3261-0.12633.21473.4144-0.50912.94520.214-0.47-0.14910.69580.2524-0.90950.15640.5742-0.83830.8423-0.4101-0.39451.3307-0.28210.7347-27.260312.112652.1676
321.53590.2948-1.11764.13.55875.44810.9196-0.9998-0.4811.8158-0.3482-0.91760.29570.4893-0.50681.3369-0.6319-0.19330.7243-0.05810.6508-29.951422.450446.043
330.2076-0.03710.0530.30110.07560.37330.0654-0.14630.35660.2029-0.144-0.0581-0.30690.0884-0.64991.4065-0.44020.30740.37-0.08020.7773-32.804722.642224.8758
343.38312.16912.82486.36381.63015.2290.05840.3399-0.0712-0.70080.4369-1.0604-0.76821.37050.02070.6814-0.31790.27580.5078-0.10270.6787-28.912613.085419.0576
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360.1290.4021-0.18771.2047-0.56380.2569-0.37220.491-0.1385-0.07510.02030.73471.933-2.69360.23781.3451-0.79660.12231.7032-0.14180.7993-59.0139-5.949835.1478
370.0051-0.17930.05765.5538-1.74160.54580.4133-0.27150.28010.684-0.07731.2270.399-1.308-0.05771.1904-1.02660.04832.2324-0.04580.6267-66.8082-5.770642.0793
381.02420.55110.26730.39050.19230.1072-0.33660.1472-0.78260.20260.08750.01342.3017-1.21360.41042.2458-0.70540.28170.991-0.09820.7304-51.9123-15.103239.6619
392.8999-0.45160.47370.6444-0.55970.49140.7785-0.3265-0.91171.518-0.60580.79352.0333-1.1346-0.29072.3002-0.8583-0.06271.3473-0.12651.1523-60.3922-26.827532.8743
407.81944.4319-1.61535.9108-0.54360.3746-0.12690.50970.1914-0.20560.30720.20430.1369-0.3196-0.05472.0033-1.24180.10351.90990.04131.3098-67.5169-16.491344.8991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 199 through 229 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 230 through 295 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 296 through 353 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 12 through 94 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 95 through 118 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 119 through 131 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 132 through 150 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 151 through 186 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 187 through 214 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 215 through 241 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 242 through 247 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 5 through 28 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 29 through 52 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 53 through 64 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 65 through 92 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 93 through 110 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 111 through 118 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 119 through 147 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 148 through 161 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 162 through 178 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 211 through 220 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 221 through 290 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 291 through 295 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 296 through 331 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 332 through 353 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 13 through 30 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 31 through 94 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 95 through 118 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 119 through 131 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 132 through 150 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 151 through 186 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 187 through 192 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 193 through 214 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 215 through 241 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 242 through 247 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 6 through 42 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 43 through 56 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 57 through 125 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 126 through 163 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 164 through 178 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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