[日本語] English
万見
- PDB-5lda: Structure of deubiquitinating enzyme homolog (Pyrococcus furiosus... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lda
タイトルStructure of deubiquitinating enzyme homolog (Pyrococcus furiosus JAMM1) in complex with ubiquitin-like SAMP2.
要素
  • JAMM1
  • SAMP2
キーワードCELL CYCLE / JAMM/MPN+ / metalloprotease / deubiquitination / ubiquitin-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


desampylase / metallopeptidase activity / nucleotide binding / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / JAB domain, prokaryotic / Prokaryotic homologs of the JAB domain / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain ...: / JAB domain, prokaryotic / Prokaryotic homologs of the JAB domain / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Desampylase / Small archaeal modifier protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cao, S. / Engilberge, S. / Girard, E. / Gabel, F. / Franzetti, B. / Maupin-Furlow, J.A.
資金援助 フランス, 米国, 4件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-13-BS07-0007-02 Ln23 フランス
French National Research AgencyANR-12-BSV8-0019-0 フランス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM57498-15 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-05ER15650 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Insight into Ubiquitin-Like Protein Recognition and Oligomeric States of JAMM/MPN(+) Proteases.
著者: Cao, S. / Engilberge, S. / Girard, E. / Gabel, F. / Franzetti, B. / Maupin-Furlow, J.A.
履歴
登録2016年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: JAMM1
B: SAMP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1514
ポリマ－22,9942
非ポリマー1582
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area9390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.110, 37.233, 59.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 JAMM1


分子量: 15155.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF1070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1Y4
#2: タンパク質 SAMP2


分子量: 7838.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
遺伝子: PF1061 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1Z3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris,200 mM NaCl, 25 % PEG3350, 10 % Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97939, 0.97947
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979391
20.979471
反射解像度: 1.9→46.73 Å / Num. obs: 16059 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.9 % / Net I/σ(I): 14.84
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique all: 4515 / Rrim(I) all: 0.557

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→46.73 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 803 5 %
Rwork0.174 --
obs0.176 16046 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1479 0 7 91 1577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6412030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.645926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9003-2.01940.2951260.26432381X-RAY DIFFRACTION93
2.0194-2.17530.22661340.20652544X-RAY DIFFRACTION99
2.1753-2.39420.23681340.18942543X-RAY DIFFRACTION98
2.3942-2.74060.17711350.17962571X-RAY DIFFRACTION99
2.7406-3.45270.22681350.17912563X-RAY DIFFRACTION99
3.4527-46.74270.19381390.15142641X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5316-4.49354.72923.3524-4.0255.14180.0595-0.0272-0.22750.37810.03120.0396-0.3714-0.0361-0.0130.2980.00110.02380.2019-0.06350.405418.965316.346259.6465
27.7406-2.87660.77636.5362-0.34972.59580.10630.3173-0.5772-0.2865-0.17730.32390.0756-0.01850.01120.2287-0.02970.00040.2406-0.03640.302624.02359.163954.4046
35.34310.31365.26376.6574-0.75015.34220.4050.3448-0.5169-0.605-0.3036-0.13620.7484-0.2441-0.25840.35010.02250.03430.3603-0.03690.403533.15683.138852.94
48.141-1.88373.06483.51653.79787.93210.29771.0343-0.6504-0.8925-0.34280.43890.3278-0.048-0.02560.5481-0.0054-0.14640.5695-0.03760.472719.29618.536343.364
56.16723.3129-1.94926.4183-1.58344.08580.2121-0.2262-0.15990.336-0.2236-0.6563-0.22180.45380.01170.2789-0.0069-0.02120.2431-0.01010.23434.325114.578859.5875
66.0090.8438-1.11116.9624-3.59572.5155-0.04480.378-0.0259-0.44-0.192-0.5085-0.32710.68330.29880.2966-0.02090.02530.3353-0.03190.309732.439716.005153.0259
76.77611.1516-1.47337.1976-1.39524.34480.05920.37381.0688-0.41840.21310.36880.03870.2852-0.15930.2817-0.0283-0.03460.27820.03460.258628.872624.077155.0228
82.63251.87082.52396.64685.62385.16610.32381.5181-0.0123-0.8073-0.28760.3184-1.116-0.3737-0.26740.8335-0.0401-0.11371.09730.05650.345330.158813.113434.9084
90.55810.89020.05691.6949-0.08810.1703-0.03470.98860.0563-0.91030.2481-0.62530.17830.5682-0.3621.40910.23710.0591.28590.10260.638435.66765.400828.5579
102.27833.33012.91969.79694.82593.8551-0.49161.6333-0.814-0.74270.504-1.40871.25430.5699-0.25460.78550.07430.13131.1094-0.06650.421936.89533.339935.3597
116.9921-4.65361.37093.2994-1.9465.6360.70630.8702-0.8921-1.6124-0.7054-0.31281.7663-0.26290.46611.16670.0336-0.06720.828-0.120.751732.4424-3.078929.3907
120.614-0.1645-1.61975.50952.52934.8840.46451.44790.1445-1.09290.3786-0.13730.01180.5719-0.9520.55170.06860.03190.859-0.01410.387831.33826.971638.7189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 11:27)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 28:56)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 57:68)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 69:85)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 86:100)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 101:118)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 119:140)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 5:12)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 13:25)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 26:44)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 45:57)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 58:69)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る