PDB-5ld9: Structure of deubiquitinating enzyme homolog, Pyrococcus furiosus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ld9

タイトル

Structure of deubiquitinating enzyme homolog, Pyrococcus furiosus JAMM1.

要素

JAMM1

キーワード

HYDROLASE / JAMM/MPN+ / metalloprotease / isopeptidase / deubiquitination

機能・相同性

機能・相同性情報

desampylase / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.733 Å

データ登録者

Maupin-Furlow, J.A. / Franzetti, B. / Cao, S. / Girard, E. / Gabel, F. / Engilberge, S.

資金援助

フランス,

米国, 4件

組織	認可番号	国
French National Research Agency	ANR-13-BS07-0007-02 Ln23	フランス
French National Research Agency	ANR-12-BSV8-0019-0	フランス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM57498-15	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-FG02-05ER15650	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Insight into Ubiquitin-Like Protein Recognition and Oligomeric States of JAMM/MPN(+) Proteases.
著者: Cao, S. / Engilberge, S. / Girard, E. / Gabel, F. / Franzetti, B. / Maupin-Furlow, J.A.

履歴

登録	2016年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2017年8月30日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ld9.cif.gz	165 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ld9.ent.gz	140.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ld9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ld9_validation.pdf.gz	430.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ld9_full_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示
XML形式データ	5ld9_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	5ld9_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/5ld9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/5ld9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ldaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lhm-d 5f6b-d 2f4e-d 1mg9-d 6jf8-2 4jna-1 4qrm-10 7lhn-d 4efg-d 7lho-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4)

登録構造単位

A: JAMM1

B: JAMM1

ヘテロ分子

32.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.202, 37.147, 60.131
Angle α, β, γ (deg.)	97.29, 104.18, 100.07
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	JAMM1 分子量: 16038.624 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌) 遺伝子: PF1070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U1Y4
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 65% methyl-2,4-pentanediol, 100 mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM30A / 波長: 1.28316, 1.28375, 1.28482

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月3日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.28316	1
2	1.28375	1
3	1.28482	1

反射

解像度: 1.73→35.99 Å / Num. obs: 27124 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 12.5

反射シェル

解像度: 1.73→1.84 Å / R_merge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 8145

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.733→25.388 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1886	1357	5 %
R_work	0.1567	-	-
obs	0.1583	27118	93.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.733→25.388 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2055	0	3	209	2267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2120
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.738	2873
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.701	1312
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	325
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	364

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7331-1.795	0.2591	127	0.2311	2415	X-RAY DIFFRACTION	88
1.795-1.8669	0.2415	134	0.1889	2542	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8669-1.9518	0.2475	136	0.1812	2585	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9518-2.0546	0.1975	134	0.1579	2545	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0546-2.1833	0.1564	139	0.1427	2637	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1833-2.3518	0.1939	134	0.1386	2551	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3518-2.5882	0.1871	138	0.1541	2625	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5882-2.9623	0.1737	138	0.1647	2607	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9623-3.7302	0.2039	140	0.1492	2663	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7302-25.3907	0.171	137	0.1537	2591	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5037	-4.4124	1.1917	4.3463	-0.929	2.4615	-0.2793	-0.9576	-0.1985	0.3747	0.4018	-0.0972	0.1363	0.2072	-0.2725	0.2711	-0.0114	-0.0388	0.3145	-0.019	0.235	30.8411	-13.6906	83.4647
2	1.9417	0.2186	0.1056	2.3488	1.1866	4.6595	0.0154	-0.0152	-0.1363	0.164	0.0153	-0.0582	0.4538	-0.1591	-0.0553	0.2301	0.0234	-0.0446	0.1564	0.0149	0.1781	29.3683	-23.6193	74.6679
3	5.3163	4.6937	-4.1354	4.1506	-3.6537	3.2176	-0.099	0.293	-0.8383	0.7249	0.1588	-0.4018	2.0953	-0.7745	-0.0629	0.9075	-0.119	-0.0396	0.3445	-0.037	0.3572	23.4933	-33.06	73.0254
4	2.7422	1.6505	1.3811	3.0512	0.1668	0.9707	0.1641	-0.476	-0.7938	0.329	0.1391	0.3106	1.3855	-0.3696	-0.1553	0.7267	-0.0762	0.0466	0.3297	0.1063	0.3559	21.3655	-29.2798	86.0606
5	5.2691	-0.9908	0.1406	2.9005	0.4571	4.5595	0.1405	0.0768	-0.0856	-0.0301	-0.064	0.14	0.245	-0.27	-0.0775	0.132	-0.0095	-0.0049	0.1281	0.0102	0.1648	22.5554	-17.9044	69.4238
6	2.1247	-0.1011	0.8055	2.2255	0.4565	2.3182	-0.1314	0.0169	0.126	0.0543	0.0377	0.0934	-0.0708	-0.0246	0.0805	0.1736	-0.0069	0.0242	0.1571	0.0053	0.2382	22.0299	-10.8113	71.9098
7	3.344	0.4103	3.2259	4.4241	0.261	3.3815	-0.3959	-0.3599	0.3395	0.4095	0.2188	-0.038	-0.4396	-0.1794	0.3205	0.1528	0.0098	0.0224	0.274	-0.0613	0.2899	22.3975	-8.2333	77.7636
8	4.6809	1.6878	2.6006	3.8028	1.8995	6.656	0.0336	0.8785	0.056	-0.2793	0.1774	-0.2679	-0.0602	1.1132	-0.2057	0.2327	0.0416	0.0559	0.3899	0.0215	0.2295	22.7753	-6.634	41.2609
9	3.5512	1.2568	3.0272	1.8858	2.7233	5.7172	-0.077	0.0252	0.0539	-0.035	0.0347	0.0602	-0.1826	-0.0531	0.0752	0.2477	-0.023	0	0.1703	0.0282	0.1818	16.3615	-1.5255	49.803
10	2.3798	3.1244	2.108	6.7321	4.3546	3.2407	-0.5041	0.3096	0.6165	-0.115	-0.2424	0.5837	-0.8921	-0.0438	0.8245	0.3388	0.0578	-0.0156	0.3034	-0.0185	0.2975	6.9679	5.4432	46.4659
11	2.4576	-1.4201	0.3759	2.2033	-1.2953	3.4715	0.1123	-0.1633	-0.0825	-0.0531	-0.0038	-0.0699	0.2641	0.0688	-0.1255	0.2217	-0.0106	-0.0019	0.1501	-0.0055	0.1873	17.6169	-9.591	53.6498
12	2.4314	0.9107	0.6573	4.9542	0.0247	5.7445	0.3164	-0.2896	-0.4296	-0.1803	-0.0318	0.1819	0.417	-0.1892	-0.3193	0.2478	0.0176	-0.031	0.1662	0.0082	0.1576	17.7831	-11.7109	50.6482
13	8.682	0.9977	-1.7787	4.7473	-3.5263	3.1582	-0.4021	-0.4524	-0.6717	1.4176	-0.2376	0.3856	0.7184	-0.3708	0.5601	0.9883	-0.0167	0.2334	1.3517	0.2205	0.448	7.5087	-18.2687	56.4622
14	3.8779	-0.2301	-0.0817	4.8364	-2.734	5.8965	0.2744	0.2307	-0.537	-0.3496	-0.0385	-0.0088	0.9215	0.1813	-0.4377	0.6307	0.0648	-0.0844	0.258	-0.0667	0.3338	15.789	-17.8619	43.6419

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 12:22)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 23:62)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 63:69)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 70:85)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 86:116)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 117:130)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 131:140)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 12:32)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 33:65)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 66:80)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 81:105)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 106:125)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 126:130)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 131:140)

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