PDB-5ld5: Crystal structure of a bacterial dehydrogenase at 2.19 Angstroms ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ld5

タイトル

Crystal structure of a bacterial dehydrogenase at 2.19 Angstroms resolution

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Atopobium vaginae / GAPDH / NAD / dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Atopobium vaginae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1906 Å

データ登録者

Querol-Garcia, J. / Fernandez, F.J. / Gomez, S. / Fulla, D. / Juanhuix, J. / Vega, M.C.

資金援助

スペイン,

ベルギー, 4件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	CTQ2015-66206-C2-2-R	スペイン
Instituto de Salud Carlos III	PI12/01667	スペイン
Regional Government of Madrid	S2010/BD-2316	スペイン
European Union	ComplexINC (Contract No. 279039)	ベルギー

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from the Gram-Positive Bacterial Pathogen A. vaginae, an Immunoevasive Factor that Interacts with the Human C5a Anaphylatoxin.
著者: Querol-Garcia, J. / Fernandez, F.J. / Marin, A.V. / Gomez, S. / Fulla, D. / Melchor-Tafur, C. / Franco-Hidalgo, V. / Alberti, S. / Juanhuix, J. / Rodriguez de Cordoba, S. / Regueiro, J.R. / Vega, M.C.

履歴

登録	2016年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ld5.cif.gz	538.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ld5.ent.gz	447 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ld5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/5ld5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/5ld5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3lvf-d 6ynf-2 6fzh-1 6m61-d 3lc7-d 4boy-1 6ynd-2 3pym-1 4qx6-d 2d2i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.390, 132.110, 85.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 38461.613 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Atopobium vaginae (バクテリア) / 遺伝子: gap, HMPREF0091_11005 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rossetta pLysS 参照: UniProt: F1T6A5, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.3 % / 解説: Plate or cube-shaped crystals
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3000 / PH範囲: 5.0 - 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月5日
放射	モノクロメーター: Channel-cut Si(111) + KB focusing mirrors プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1906→47.714 Å / Num. obs: 77410 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 37.96 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1157 / Net I/σ(I): 9.46
反射シェル	解像度: 2.191→2.269 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.8224 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	March 1, 2015	データ削減
Aimless	0.5.26	データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHASER	2.6.1	位相決定
Coot	0.8.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1906→47.714 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 28.09

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2266	3864	5 %	Random selection
R_work	0.1773	-	-	-
obs	0.1797	77208	98.45 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1906→47.714 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10290	0	248	325	10863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10798
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.097	14679
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.144	3935
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1877

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1906-2.2173	0.389	94	0.3502	1782	X-RAY DIFFRACTION	68
2.2173-2.2454	0.3308	142	0.2707	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2454-2.2749	0.2753	136	0.2615	2584	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2749-2.3061	0.2929	140	0.2532	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3061-2.339	0.2958	139	0.2558	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.339-2.3739	0.3096	140	0.2379	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3739-2.411	0.2691	137	0.2393	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.411-2.4506	0.3061	141	0.2265	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4506-2.4928	0.2865	139	0.2328	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4928-2.5381	0.3099	140	0.2229	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5381-2.587	0.2942	139	0.2261	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.587-2.6398	0.2956	138	0.2154	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6398-2.6971	0.2627	140	0.2164	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6971-2.7599	0.3132	141	0.1995	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7599-2.8289	0.2479	138	0.2023	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8289-2.9054	0.2566	139	0.1994	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9054-2.9908	0.2781	140	0.1997	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9908-3.0874	0.2527	141	0.204	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0874-3.1977	0.2512	139	0.1923	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1977-3.3257	0.2133	139	0.1797	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3257-3.477	0.2359	141	0.1724	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.477-3.6603	0.2199	140	0.1714	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6603-3.8895	0.1868	140	0.1547	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8895-4.1896	0.1882	141	0.1424	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1896-4.6109	0.1628	139	0.1247	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6109-5.2774	0.1689	141	0.1334	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2774-6.6461	0.2082	141	0.1535	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6461-47.714	0.1725	139	0.1445	2652	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3334	0.226	-0.1585	2.6595	0.8766	1.3415	-0.0179	0.0622	0.0139	-0.3609	0.1265	-0.2688	-0.2498	0.2575	-0.1118	0.4564	-0.0606	0.0863	0.3702	-0.095	0.3607	19.5707	-19.6834	4.6034
2	1.3093	-0.3402	-0.6776	2.2354	-0.3863	1.5056	-0.0791	0.0257	-0.0312	-0.1838	0.1847	-0.2258	0.1149	0.1565	-0.0874	0.3816	-0.0306	0.0503	0.3392	-0.1135	0.3257	15.9067	-40.8426	5.7708
3	0.6443	-0.22	-0.1296	1.1224	-0.2136	1.1421	0.0233	0.1169	-0.0929	-0.6507	0.0443	0.1208	0.2613	-0.0141	-0.05	0.3979	-0.0275	-0.0072	0.2632	-0.0031	0.244	-2.0949	-37.0763	11.9499
4	1.1458	-0.3455	-0.5229	1.6833	0.3721	1.8765	-0.0946	-0.1746	-0.1796	0.3335	0.1451	-0.0945	0.3215	0.2568	-0.0347	0.3784	0.0726	-0.0442	0.292	-0.0132	0.2656	9.3262	-41.5778	23.5594
5	0.6885	0.2753	-0.1748	2.0703	-0.4706	1.8694	-0.0639	0.4228	0.0475	-0.6485	0.023	0.3029	-0.275	-0.2142	0.0344	0.6781	-0.0125	-0.2156	0.5364	0.0547	0.5347	-21.4421	-15.9951	-6.4148
6	0.5185	-0.2086	-0.3352	1.6134	0.1431	0.8755	0.034	0.1392	0.0731	-0.5693	0.0647	0.5064	-0.2408	-0.2125	-0.0872	0.5449	0.0174	-0.0856	0.3337	0.065	0.4569	-15.4859	2.8416	11.0309
7	1.2607	0.1002	-0.5209	1.3295	-1.2937	1.4533	-0.0792	0.046	0.2997	-0.0252	-0.0199	0.5849	-0.0071	-0.4919	0.101	0.3018	-0.02	0.0214	0.4512	-0.027	0.6372	-32.2232	-17.3722	33.8168
8	0.6989	-0.579	0.3769	1.3378	0.7992	1.8311	0.09	-0.2626	0.0427	0.4877	-0.2191	0.2435	0.3064	-0.4237	0.1241	0.4483	-0.0988	0.1574	0.4953	0.036	0.5424	-30.4989	-34.2467	42.6315
9	0.5866	0.6348	-0.0305	0.9141	0.194	0.3206	-0.0553	0.0301	0.0635	0.1637	0.1161	0.5676	0.2696	-0.075	-0.0432	0.4172	-0.0325	0.0515	0.327	0.0505	0.4526	-12.7374	-38.2024	29.6442
10	1.1818	0.1729	-0.5273	0.9171	-0.5314	1.4123	0.0324	0.1009	-0.0033	-0.1521	-0.0104	0.2842	0.1952	-0.2792	-0.007	0.3072	-0.0932	-0.0296	0.3223	0.0001	0.4501	-20.4188	-40.8692	19.1759
11	1.1382	-0.3804	0.1444	1.9668	0.9896	2.4855	-0.1351	-0.1312	0.0306	0.4689	0.1352	-0.1807	0.1207	0.289	-0.0216	0.3641	0.0495	-0.0398	0.3691	-0.0279	0.2492	10.8975	-20.0145	43.8678
12	1.1622	-0.5696	-0.2987	2.5789	-0.5959	1.934	-0.0516	-0.4499	0.115	0.6618	0.1823	-0.1529	-0.145	0.1178	-0.122	0.4443	0.0472	-0.0557	0.4138	-0.0768	0.2816	5.3643	-3.5919	51.312
13	0.8996	-0.3405	-0.0519	1.2847	0.3845	1.4599	0.0961	-0.089	0.1125	0.3291	0.0523	0.1417	-0.2556	0.0004	-0.169	0.3394	0.0074	0.0275	0.2676	0.0019	0.263	-4.0797	1.184	30.1263
14	1.3665	-0.3736	-0.0624	1.9373	-0.0276	1.4918	-0.0172	-0.0117	0.2111	-0.3614	0.1296	-0.3017	-0.2622	0.2285	-0.1235	0.3597	-0.0859	0.0593	0.3049	-0.0547	0.3064	9.3217	3.7926	25.6923

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 119 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 120 through 183 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 184 through 267 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 268 through 355 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 16 through 136 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 137 through 355 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 15 through 93 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 94 through 167 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 168 through 244 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 245 through 356 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 16 through 92 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 93 through 167 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 168 through 267 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 268 through 355 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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