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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lcz | ||||||
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タイトル | Chimeric GST | ||||||
要素 | Glutathione S-transferase A1,Glutathione S-transferase alpha-2,Glutathione S-transferase A1,Glutathione S-transferase alpha-2,Glutathione S-transferase A1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Directed evolution / Glutathione transferase A1-1 / protein stability | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Azathioprine ADME / Glutathione conjugation / response to stilbenoid / Heme degradation / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / : / dinitrosyl-iron complex binding / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / steroid delta-isomerase activity ...Azathioprine ADME / Glutathione conjugation / response to stilbenoid / Heme degradation / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / : / dinitrosyl-iron complex binding / glutathione derivative biosynthetic process / glutathione binding / steroid delta-isomerase activity / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / Azathioprine ADME / Heme degradation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / xenobiotic catabolic process / epithelial cell differentiation / xenobiotic metabolic process / glutathione metabolic process / fatty acid binding / response to bacterium / extracellular exosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.325 Å | ||||||
データ登録者 | Axarli, A. / Muleta, A.W. / Chronopoulou, E.G. / Papageorgiou, A.C. / Labrou, N.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017 タイトル: Directed evolution of glutathione transferases towards a selective glutathione-binding site and improved oxidative stability. 著者: Axarli, I. / Muleta, A.W. / Chronopoulou, E.G. / Papageorgiou, A.C. / Labrou, N.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lcz.cif.gz | 96.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lcz.ent.gz | 73.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lcz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5lcz_validation.pdf.gz | 718.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5lcz_full_validation.pdf.gz | 726.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5lcz_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5lcz_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/5lcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/5lcz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25780.139 Da / 分子数: 2 断片: UNP residues 1-54,UNP residues 54-65,UNP residues 66-85,UNP residues 86-213,UNP residues 214-222 由来タイプ: 組換発現 詳細: Protein obtained after gene shuffling of human and rat GSTA1-1 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) 遺伝子: GSTA1, Gsta2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P08263, UniProt: P04903, glutathione transferase #2: 化合物 | ChemComp-GSH / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: PEG 4000 20% (w/v), ammonium citrate 0.2 M, pH 6.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8081 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8081 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→20 Å / Num. obs: 19517 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 51.4 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rsym value: 0.0112 / Net I/σ(I): 9.04 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 83.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1pkw 解像度: 2.325→19.669 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.325→19.669 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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