PDB-5lc4: Xray structure of mouse FAM3C ILEI dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lc4

タイトル

Xray structure of mouse FAM3C ILEI dimer

要素

Protein FAM3C

キーワード

SIGNALING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

neutrophil differentiation / epidermal cell differentiation / Platelet degranulation / keratinocyte proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / cytokine activity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / carbohydrate binding / cytoplasmic vesicle / gene expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Johansson, P. / Jansson, A.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: The interleukin-like epithelial-mesenchymal transition inducer ILEI exhibits a non-interleukin-like fold and is active as a domain-swapped dimer.
著者: Jansson, A.M. / Csiszar, A. / Maier, J. / Nystrom, A.C. / Ax, E. / Johansson, P. / Schiavone, L.H.

履歴

登録	2016年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lc4.cif.gz	278.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lc4.ent.gz	224.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lc4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/5lc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/5lc4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lc2C 5lc3C 2yopS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xe8-d 3q3v-1 4lcb-d 7m0o-d 6kww-5 4bi4-d 4yz0-d 2fxk-d 1yzy-2 3l56-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein FAM3C

B: Protein FAM3C

C: Protein FAM3C

D: Protein FAM3C

90.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein FAM3C

D: Protein FAM3C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein FAM3C

C: Protein FAM3C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.750, 118.450, 85.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protein FAM3C / Interleukin-like EMT inducer 分子量: 22707.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fam3c, D6Wsu176e, Ilei / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q91VU0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: ILEI dimer 10 mg/mL + 3.3 M (NH4)2SO4, 1% MPD, 100 mM MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→48.5 Å / Num. obs: 69589 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 33.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 1.84→1.89 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.6	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YOP

2yop

解像度: 1.84→48.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.137 / SU R_free Blow DPI: 0.121 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.121

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	3465	4.99 %	RANDOM
R_work	0.212	-	-	-
obs	0.213	69451	97.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.6319 Å²	0 Å²	-1.4078 Å²
2-	-	5.3737 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.7418 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→48.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5213	0	0	423	5636

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	5320	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.01	7172	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1866	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		137	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		762	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5320	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.23
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.18
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		696	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6244	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.84→1.89 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23	231	5.23 %
R_work	0.223	4186	-
all	0.224	4417	-
obs	-	-	84.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.076	-0.314	0.3051	1.4148	-0.6435	0.1936	-0.0022	0.0333	0.1029	-0.165	-0.0506	-0.1227	0.0446	-0.0225	0.0527	-0.052	-0.0148	0.0354	-0.0504	0.0272	-0.0555	-1.7213	10.2291	-43.467
2	0.0648	0.511	-0.2006	2.1125	-0.9999	0.1858	-0.0206	-0.1027	-0.0775	0.2476	-0.098	-0.1764	-0.0069	0.0491	0.1186	-0.0454	0.0055	0.0016	-0.0644	0.038	-0.0827	13.175	-23.3167	1.121
3	-0.1559	-0.3406	0.4927	2.0991	-0.9014	0.1559	0.0756	0.0382	0.1052	-0.2471	-0.0558	-0.1138	-0.0297	-0.0152	-0.0199	-0.0266	-0.0099	0.1064	-0.088	0.0245	-0.0618	13.1887	-44.5045	1.9137
4	0.0956	0.6424	-0.3086	1.9637	-0.5825	-0.0096	0.0366	-0.0871	-0.1005	0.2347	-0.0818	-0.1856	-0.0102	-0.0052	0.0452	-0.0576	0.0094	-0.0349	-0.0782	0.0364	-0.0512	-0.5661	31.3249	-44.435

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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