ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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BUSTER | 2.11.6精密化 | iMOSFLM | | データ削減 | SCALA | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2YOP 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU R Cruickshank DPI: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Blow DPI: 0.118 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.111
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.209 | 1673 | 4.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.168 | - | - | - |
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obs | 0.17 | 34883 | 99.8 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.09 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.0549 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.0549 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.1097 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å |
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→30 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2592 | 0 | 0 | 447 | 3039 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 | Restraint function | Weight |
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X-RAY DIFFRACTION | t_bond_d0.01 | 2641 | HARMONIC2 | X-RAY DIFFRACTION | t_angle_deg1.06 | 3555 | HARMONIC2 | X-RAY DIFFRACTION | t_dihedral_angle_d | 927 | SINUSOIDAL2 | X-RAY DIFFRACTION | t_incorr_chiral_ct | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_pseud_angle | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_trig_c_planes | 72 | HARMONIC2 | X-RAY DIFFRACTION | t_gen_planes | 380 | HARMONIC5 | X-RAY DIFFRACTION | t_it | 2641 | HARMONIC20 | X-RAY DIFFRACTION | t_nbd | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_omega_torsion3.86 | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_other_torsion17.19 | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_improper_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_chiral_improper_torsion | 337 | SEMIHARMONIC5 | X-RAY DIFFRACTION | t_sum_occupancies | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_distance | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_angle | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_utility_torsion | | | | X-RAY DIFFRACTION | t_ideal_dist_contact | 3346 | SEMIHARMONIC4 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.225 | 150 | 5.12 % |
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Rwork | 0.18 | 2782 | - |
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all | 0.182 | 2932 | - |
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obs | - | - | 98.45 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.9041 | -0.1594 | 0.339 | 0.5633 | -0.0822 | 1.1939 | 0.0397 | -0.0061 | -0.1539 | 0.1194 | -0.0092 | -0.2913 | 0.4016 | 0.7637 | -0.0306 | 0.1776 | 0.2875 | -0.0723 | 0.5341 | 0.0138 | 0.2291 | -8.9047 | 24.304 | 1.818 | 2 | 1.0556 | 0.0056 | 0.0574 | 0.3799 | 0.171 | 0.798 | 0.0013 | 0.251 | 0.2778 | -0.1178 | -0.1099 | 0.295 | -0.4171 | -0.6227 | 0.1086 | 0.1671 | 0.3415 | -0.0678 | 0.5275 | 0.0148 | 0.2886 | -47.788 | 30.5675 | -12.7463 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | { A|* }2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | { B|* } | |
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