PDB-5l8g: Crystal structure of Rhodospirillum rubrum Rru_A0973 mutant H65A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l8g

タイトル

Crystal structure of Rhodospirillum rubrum Rru_A0973 mutant H65A

要素

Uncharacterized protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ferritin / iron oxidation / ferroxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

encapsulin nanocompartment / ferroxidase / ferroxidase activity / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodospirillum rubrum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.974 Å

データ登録者

He, D. / Hughes, S. / Vanden-Hehir, S. / Georgiev, A. / Altenbach, K. / Tarrant, E. / Mackay, C.L. / Waldron, K.J. / Clarke, D.J. / Marles-Wright, J.

資金援助

中国,

英国, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural characterization of encapsulated ferritin provides insight into iron storage in bacterial nanocompartments.
著者: He, D. / Hughes, S. / Vanden-Hehir, S. / Georgiev, A. / Altenbach, K. / Tarrant, E.J. / Mackay, C.L. / Waldron, K.J. / Clarke, D.J. / Marles-Wright, J.

履歴

登録	2016年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l8g.cif.gz	990.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l8g.ent.gz	835.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l8g_validation.pdf.gz	614 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l8g_full_validation.pdf.gz	619.9 KB	表示
XML形式データ	5l8g_validation.xml.gz	73 KB	表示
CIF形式データ	5l8g_validation.cif.gz	106.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/5l8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5da5SC 5l89C 5l8bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l89-1 5da5-2 5l8f-d 6suw-2 5da5-1 6sv1-1 5l89-2 5l8b-3 5l8b-4 5l8b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

I: Uncharacterized protein

J: Uncharacterized protein

K: Uncharacterized protein

L: Uncharacterized protein

M: Uncharacterized protein

N: Uncharacterized protein

O: Uncharacterized protein

P: Uncharacterized protein

Q: Uncharacterized protein

R: Uncharacterized protein

S: Uncharacterized protein

T: Uncharacterized protein

U: Uncharacterized protein

V: Uncharacterized protein

W: Uncharacterized protein

X: Uncharacterized protein

Y: Uncharacterized protein

Z: Uncharacterized protein

a: Uncharacterized protein

b: Uncharacterized protein

c: Uncharacterized protein

d: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

401 kDa, 30 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

I: Uncharacterized protein

J: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
134 kDa, 10 ポリマー
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2

K: Uncharacterized protein

L: Uncharacterized protein

M: Uncharacterized protein

N: Uncharacterized protein

O: Uncharacterized protein

P: Uncharacterized protein

Q: Uncharacterized protein

R: Uncharacterized protein

S: Uncharacterized protein

T: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
134 kDa, 10 ポリマー
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3

U: Uncharacterized protein

V: Uncharacterized protein

W: Uncharacterized protein

X: Uncharacterized protein

Y: Uncharacterized protein

Z: Uncharacterized protein

a: Uncharacterized protein

b: Uncharacterized protein

c: Uncharacterized protein

d: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
134 kDa, 10 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.031, 120.294, 140.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	... Uncharacterized protein 分子量: 13280.605 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア) 遺伝子: Rru_A0973 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2RVS1
#2: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1-2 ul protein mixed with 1 ul well solution over 1 ml well solution. 15% (w/v) PEG3350+ 15% calcium acetate PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.7408 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月16日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7408 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.97→48.86 Å / Num. obs: 133674 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.177 / R_sym value: 0.199 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.97→3.08 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.863 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DA5

5da5

解像度: 2.974→48.86 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2422	6522	5.05 %
R_work	0.1957	-	-
obs	0.1981	129264	98.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.974→48.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22066	0	74	5	22145

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	22515
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4	30640
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.715	13640
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	3448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	3988

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9742-3.008	0.4073	206	0.3371	3762	X-RAY DIFFRACTION	93
3.008-3.0434	0.3439	230	0.311	4176	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0434-3.0805	0.3503	251	0.2947	4130	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0805-3.1195	0.3595	209	0.2956	4118	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1195-3.1606	0.3222	231	0.277	4147	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1606-3.2038	0.3636	166	0.2797	4116	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2038-3.2496	0.3228	203	0.2786	4217	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2496-3.2981	0.2901	206	0.2605	4088	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2981-3.3496	0.2864	229	0.2584	4117	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3496-3.4045	0.2988	213	0.2631	4120	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4045-3.4632	0.2761	214	0.2448	4115	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4632-3.5262	0.2721	251	0.2034	4122	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5262-3.594	0.2309	207	0.2012	4125	X-RAY DIFFRACTION	99
3.594-3.6673	0.2723	228	0.2044	4057	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6673-3.747	0.2644	217	0.1934	4051	X-RAY DIFFRACTION	98
3.747-3.8342	0.2318	209	0.1747	4078	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8342-3.93	0.2166	209	0.1782	4020	X-RAY DIFFRACTION	97
3.93-4.0362	0.2227	199	0.1695	4076	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0362-4.1549	0.2049	243	0.1684	4008	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1549-4.289	0.1954	214	0.1634	4075	X-RAY DIFFRACTION	98
4.289-4.4421	0.236	209	0.1654	4114	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4421-4.6199	0.2147	212	0.148	4125	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6199-4.83	0.1803	179	0.1553	4180	X-RAY DIFFRACTION	99
4.83-5.0844	0.2145	223	0.1594	4078	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0844-5.4025	0.2469	249	0.176	4108	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4025-5.819	0.2425	239	0.1841	4091	X-RAY DIFFRACTION	99
5.819-6.4035	0.25	191	0.1994	4122	X-RAY DIFFRACTION	99
6.4035-7.3274	0.2037	210	0.1549	4088	X-RAY DIFFRACTION	98
7.3274-9.2216	0.1542	233	0.1302	4102	X-RAY DIFFRACTION	98
9.2216-48.8714	0.214	242	0.1924	4016	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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