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- PDB-5l85: Solution structure of the complex between human ZNHIT3 and NUFIP1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l85
タイトルSolution structure of the complex between human ZNHIT3 and NUFIP1 proteins
要素
  • Nuclear fragile X mental retardation-interacting protein 1
  • Zinc finger HIT domain-containing protein 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Pac-Hit fold jaw helices
機能・相同性
機能・相同性情報


snoRNA localization / pre-snoRNP complex / perichromatin fibrils / nuclear thyroid hormone receptor binding / box C/D snoRNP assembly / presynaptic active zone / RNA processing / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / transcription elongation factor complex / nuclear matrix ...snoRNA localization / pre-snoRNP complex / perichromatin fibrils / nuclear thyroid hormone receptor binding / box C/D snoRNP assembly / presynaptic active zone / RNA processing / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / transcription elongation factor complex / nuclear matrix / fibrillar center / ATPase binding / protein-macromolecule adaptor activity / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NUFIP1-like / : / Zinc finger HIT domain-containing protein 3, C-terminal domain / FMR1-interacting protein 1, conserved domain / FMR1-interacting protein 1 (NUFIP1) / : / HIT zinc finger / Zinc finger HIT-type profile. / Zinc finger, HIT-type / zinc finger ...NUFIP1-like / : / Zinc finger HIT domain-containing protein 3, C-terminal domain / FMR1-interacting protein 1, conserved domain / FMR1-interacting protein 1 (NUFIP1) / : / HIT zinc finger / Zinc finger HIT-type profile. / Zinc finger, HIT-type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger HIT domain-containing protein 3 / FMR1-interacting protein NUFIP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Quinternet, M. / Chagot, M.-E. / Manival, X.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-BSV8-01503 フランス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Features of the Box C/D snoRNP Pre-assembly Process Are Conserved through Species.
著者: Quinternet, M. / Chagot, M.E. / Rothe, B. / Tiotiu, D. / Charpentier, B. / Manival, X.
履歴
登録2016年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32016年10月19日Group: Database references
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.62024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger HIT domain-containing protein 3
B: Nuclear fragile X mental retardation-interacting protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5232
ポリマ－12,5232
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1970 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area7630 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 160structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger HIT domain-containing protein 3 / HNF-4a coactivator / Thyroid hormone receptor interactor 3 / Thyroid receptor-interacting protein 3 / TRIP-3


分子量: 8492.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNHIT3, TRIP3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15649
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear fragile X mental retardation-interacting protein 1 / Nuclear FMRP-interacting protein 1


分子量: 4030.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUFIP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHK0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
121isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
131isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HNCO
191isotropic13D HNCA
181isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D HN(CA)CO
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic12D 1H-15N HSQC
1101isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1121isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1131isotropic12D 1H-1H NOESY
1141isotropic13D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-13C; U-15N] ZNHIT3, 1 mM [U-13C; U-15N] NUFIP1, 95% H2O/5% D2O
Label: sample_1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMZNHIT3[U-13C; U-15N]1
1 mMNUFIP1[U-13C; U-15N]1
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 160 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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