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万見
- PDB-5l84: Structure of the H959F variant of the PpsC dehydratase domain fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l84
タイトルStructure of the H959F variant of the PpsC dehydratase domain from Mycobacterium tuberculosis
要素Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC
キーワードTRANSFERASE / dehydratase / polyketide / complex / tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


(phenol)carboxyphthiodiolenone synthase / phthiocerol biosynthetic process / phenolic phthiocerol biosynthetic process / polyketide synthase complex / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity ...(phenol)carboxyphthiodiolenone synthase / phthiocerol biosynthetic process / phenolic phthiocerol biosynthetic process / polyketide synthase complex / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polyketide synthase dehydratase / Zinc-binding dehydrogenase / : / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain ...Polyketide synthase dehydratase / Zinc-binding dehydrogenase / : / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / PKS_KR / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phenolphthiocerol/phthiocerol polyketide synthase subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Faille, A. / Gavalda, S. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency09-BLAN-0298-01 フランス
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Insights into Substrate Modification by Dehydratases from Type I Polyketide Synthases.
著者: Faille, A. / Gavalda, S. / Slama, N. / Lherbet, C. / Maveyraud, L. / Guillet, V. / Laval, F. / Quemard, A. / Mourey, L. / Pedelacq, J.D.
履歴
登録2016年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4681
ポリマ－34,4681
非ポリマー00
水00
1
A: Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC

A: Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9372
ポリマ－68,9372
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23680 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.787, 83.787, 165.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Phthiocerol synthesis polyketide synthase type I PpsC / Beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase I


分子量: 34468.465 Da / 分子数: 1 / 変異: H959F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ppsC, Rv2933 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P96202, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: Na/K PO4 1.8 M pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→46.125 Å / Num. obs: 13660 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.47 % / Net I/σ(I): 18.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OOC

4ooc


解像度: 2.9→48.197 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2187 1279 9.39 %
Rwork0.1922 12346 -
obs0.1947 13625 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 260.48 Å2 / Biso mean: 95.2682 Å2 / Biso min: 33.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→48.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2004 0 0 0 2004
残基数----269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8562785
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.049720
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9001-3.01620.34051390.344713431482100
3.0162-3.15350.36391380.304513311469100
3.1535-3.31970.32811390.27661357149699
3.3197-3.52760.27911380.23611346148499
3.5276-3.79990.24351420.214613551497100
3.7999-4.18210.19971410.178313631504100
4.1821-4.78680.17761430.13513771520100
4.7868-6.0290.16841460.1631403154999
6.029-48.2040.19291530.17161471162498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.94160.5076-0.44880.44890.10210.60040.13760.3849-0.09480.1814-0.0674-0.06160.2647-0.01660.01880.4211-0.0878-0.02220.55780.04450.490592.6053107.76759.5077
22.7544-1.3607-2.57220.69841.26242.33210.247-0.1739-0.0284-0.1806-0.0129-0.02040.29960.28230.00010.64970.0077-0.06660.47840.0640.498398.4161110.575315.5212
30.15740.37150.15780.82250.34750.1343-0.06320.0884-0.7194-0.22570.3941-0.2241-0.1639-0.0646-0.00020.43940.05830.00210.5874-0.02230.5181102.8446111.21359.2838
40.96180.1158-0.21150.50010.11710.08260.38580.54990.44990.0066-0.19850.30340.38351.104-0.00240.63610.08390.06390.7113-0.01650.643299.9262114.50576.8644
50.0985-0.2066-0.22320.26410.47740.50440.2480.07250.01730.02060.04080.4034-0.3140.0720.00180.67920.21280.04460.86540.19430.449482.2907119.518134.6151
60.27420.12560.32620.78840.28460.4330.06150.01760.33360.11270.2259-0.11340.2466-1.24380.11330.69580.14440.24270.87980.19060.623476.8141116.743623.0164
70.73790.5727-0.63380.7979-0.65680.5896-0.4488-0.4444-0.2322-0.0818-0.02370.49390.29380.3711-0.0080.7823-0.01740.18410.4690.03990.541984.6539108.800426.9844
80.5544-1.3427-0.66143.19151.4621.5301-0.379-0.27020.40570.62980.95720.7510.454-0.00390.48960.43930.03280.15720.29770.03320.704683.9425121.930525.9345
91.7134-0.5117-0.0640.1945-0.14360.35710.2827-0.40230.14320.38650.00270.2720.14670.353200.72590.00140.04210.5620.02020.608592.0997114.513227.5717
100.4143-0.00240.2066-0.0019-0.00980.09170.3096-1.08410.29950.5718-0.5564-0.1410.19910.8245-0.02250.7618-0.0430.05710.6058-0.05450.781992.6291123.83128.8464
111.1281-0.7087-0.47720.55580.50890.530.2718-0.67020.19480.66560.48980.2712-0.44950.03760.07190.88880.05850.06450.65710.04610.779992.2809117.724927.7532
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 926 through 981 )A926 - 981
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 982 through 1008 )A982 - 1008
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1009 through 1029 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1030 through 1045 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1046 through 1078 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1079 through 1098 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1099 through 1124 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1125 through 1160 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1161 through 1185 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1186 through 1200 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1201 through 1218 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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