PDB-5l7r: Crystal structure of BvGH123

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l7r

タイトル

Crystal structure of BvGH123

要素

glycoside hydrolase

キーワード

HYDROLASE / TIM barrel / BACON

機能・相同性

Glycoside hydrolase 123, N-terminal domain / Glycoside hydrolase 123, N-terminal domain / Glycoside hydrolase 123, C-terminal / Glycoside hydrolase 123, catalytic domain / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides vulgatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Roth, C. / Petricevic, M. / John, A. / Goddard-Borger, E.D. / Davies, G.J. / Williams, S.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2016
タイトル: Structural and mechanistic insights into a Bacteroides vulgatus retaining N-acetyl-beta-galactosaminidase that uses neighbouring group participation.
著者: Roth, C. / Petricevic, M. / John, A. / Goddard-Borger, E.D. / Davies, G.J. / Williams, S.J.

履歴

登録	2016年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年8月30日	Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l7r.cif.gz	462.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l7r.ent.gz	392 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l7r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l7r_validation.pdf.gz	453 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l7r_full_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示
XML形式データ	5l7r_validation.xml.gz	45.5 KB	表示
CIF形式データ	5l7r_validation.cif.gz	67.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/5l7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/5l7r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l7uC 5l7vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l7v-d 3qhr-d 4wlp-2 4k5r-2 4k2x-d 5dw3-d 4i8a-d 2hre-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: glycoside hydrolase

B: glycoside hydrolase

ヘテロ分子

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.269, 147.794, 150.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	glycoside hydrolase 分子量: 66326.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (strain ATCC 8482 / DSM 1447 / JCM 5826 / NBRC 14291 / NCTC 11154) (バクテリア) 遺伝子: BVU_2198 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A6L2E5
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Bis Tris pH6.5 17-19 % PEG MME 2K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→75.25 Å / Num. obs: 106036 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 1.93 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0151	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→67.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.128
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	2120	2 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.18	105941	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.53 Å² / B_iso mean: 35.6513 Å² / B_iso min: 7.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.65 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.31 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→67.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9086	0	12	644	9742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	9341
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	8751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.701	1.941	12662
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.638	3	20215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.67	5	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.244	24.381	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.941	15	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.504	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	10420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.034	2.298	4502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.033	2.298	4501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.527	3.441	5624

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	146	-
R_work	0.368	7585	-
all	-	7731	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2391	-0.8702	-0.3941	3.0658	0.2169	2.6543	0.0707	0.045	0.5468	-0.2089	0.2092	0.2256	-0.3221	-0.0062	-0.28	0.0551	-0.0048	-0.0007	0.0489	0.0717	0.3984	-8.673	66.602	21.941
2	0.712	0.0703	-0.1208	1.6891	-0.6822	0.4663	0.0175	0.0648	0.0933	-0.2543	0.1067	0.2212	0.0738	-0.1023	-0.1242	0.0456	0.0027	-0.028	0.0582	0.0231	0.0429	-5.171	46.423	24.021
3	1.0182	-0.044	0.1391	1.0453	-1.3043	3.1114	0.0299	-0.1095	-0.0793	-0.0512	-0.0799	-0.097	-0.1206	0.1624	0.0499	0.0269	-0.008	0.0115	0.0231	0.0173	0.0329	6.557	26.979	42.335
4	0.9434	0.137	0.0086	1.6497	-0.5824	0.5454	-0.0086	-0.0291	-0.0449	-0.1622	-0.0551	-0.2349	0.0972	0.1554	0.0636	0.0256	0.0294	0.0206	0.0713	0.0009	0.0351	11.648	38.978	28.628
5	4.285	0.0064	0.4581	4.7677	3.0389	5.7661	0.0858	0.5082	-0.0746	-0.4648	0.1787	-0.4304	-0.0011	0.6811	-0.2644	0.1761	0.0215	0.1019	0.2237	0.0582	0.1603	16.157	50.547	7.955
6	1.0761	-0.2749	-0.1518	0.9804	0.0143	1.9521	0.0205	0.1672	0.0845	-0.0595	-0.059	-0.1497	-0.186	0.3604	0.0385	0.0262	-0.0136	-0.0032	0.1918	0.0021	0.0522	25.744	64.692	53.506
7	0.658	-0.0839	0.086	0.736	-0.4545	2.322	-0.0262	0.0185	0.0041	-0.0404	-0.044	-0.0714	-0.2359	0.2359	0.0702	0.0367	-0.025	-0.0001	0.0265	0.0134	0.0257	20.808	65.326	79.724
8	7.6594	-2.7102	2.5613	2.0231	-1.6581	1.5586	0.1272	0.3065	-0.3547	-0.1655	-0.0094	0.1614	0.1736	0.0288	-0.1177	0.0323	-0.0048	0.0081	0.0636	0.0286	0.0785	9.37	49.39	97.673
9	0.6802	-0.1514	-0.0046	0.3532	0.1696	1.9917	-0.0083	-0.0005	-0.0739	0.0154	-0.0321	0.1002	-0.1367	-0.1782	0.0404	0.014	0.0101	0.0019	0.0171	-0.0071	0.0335	6.873	65.107	76.186
10	3.6201	-0.0861	-0.2827	6.9877	1.0469	1.8983	0.0288	0.1188	0.3813	0.0192	-0.0585	0.4269	-0.4875	-0.3521	0.0298	0.2253	0.0941	-0.0329	0.2029	0.0557	0.0998	1.595	78.946	57.278

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	54 - 283
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	284 - 337
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	338 - 511
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	512 - 563
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 172
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	173 - 305
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	306 - 336
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	337 - 516
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	517 - 563

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