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万見
- PDB-5l7m: Murin CXCL13 solution structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l7m
タイトルMurin CXCL13 solution structure
要素C-X-C motif chemokine 13
キーワードSIGNALING PROTEIN / Chemokine structure / N-terminal domain / GAG binding
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell chemotaxis across high endothelial venule / lymphocyte chemotaxis across high endothelial venule / CXCR5 chemokine receptor binding / endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / CCR10 chemokine receptor binding / Chemokine receptors bind chemokines / CXCR3 chemokine receptor binding / B cell chemotaxis / regulation of Rap protein signal transduction / positive regulation of T cell chemotaxis ...B cell chemotaxis across high endothelial venule / lymphocyte chemotaxis across high endothelial venule / CXCR5 chemokine receptor binding / endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / CCR10 chemokine receptor binding / Chemokine receptors bind chemokines / CXCR3 chemokine receptor binding / B cell chemotaxis / regulation of Rap protein signal transduction / positive regulation of T cell chemotaxis / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of integrin activation / chemokine-mediated signaling pathway / chemokine activity / fibroblast growth factor binding / lymph node development / cell-cell signaling / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / receptor ligand activity / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C motif chemokine 13
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Monneau, Y.R. / Lortat-Jacob, H.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2017
タイトル: Solution structure of CXCL13 and heparan sulfate binding show that GAG binding site and cellular signalling rely on distinct domains.
著者: Monneau, Y.R. / Luo, L. / Sankaranarayanan, N.V. / Nagarajan, B. / Vives, R.R. / Baleux, F. / Desai, U.R. / Arenzana-Seidedos, F. / Lortat-Jacob, H.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-X-C motif chemokine 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8081
ポリマ－9,8081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8230 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 C-X-C motif chemokine 13 / B lymphocyte chemoattractant / CXC chemokine BLC / Small-inducible cytokine B13


分子量: 9807.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cxcl13, Blc, Scyb13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon Plus / 参照: UniProt: O55038
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
1141isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic13D HNCA
1132isotropic13D HN(CA)CB
142isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
152isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
162isotropic13D (H)CCH-TOCSY
172isotropic13D (H)CCH-TOCSY
181isotropic23D 1H-15N TOCSY-HSQC
191isotropic23D 1H-15N NOESY-HSQC
1102isotropic12D (HB)CB(CG)(CD)HD
1112isotropic13D 1H-13C NOESY-HMQC
1123isotropic33D 1H-15N NOESY-HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1850 uM [U-15N] CXCL13, 90% H2O/10% D2OdN-CXCL13-N90% H2O/10% D2O
solution2560 uM U-[15N,13C] CXCL13, 90% H2O/10% D2OdN-CXCL13-CN90% H2O/10% D2O
solution3250 uM [U-15N] CXCL13, 90% H2O/10% D2OCXC13-N90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
850 uMCXCL13[U-15N]1
560 uMCXCL13U-[15N,13C]2
250 uMCXCL13[U-15N]3
試料状態詳細: 20 mM KP 100 mM NaCl / イオン強度: 120 mM / Label: all / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8503

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: in presence of water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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