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- PDB-5l7d: Structure of human Smoothened in complex with cholesterol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l7d
タイトルStructure of human Smoothened in complex with cholesterol
要素Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562,Smoothened homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN / G protein coupled receptor / morphogen signaling / Hedgehog signaling / cholesterol / signaling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / response to inositol / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / 9+0 non-motile cilium / pancreas morphogenesis / regulation of somatic stem cell population maintenance / epithelial-mesenchymal cell signaling ...ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / response to inositol / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / 9+0 non-motile cilium / pancreas morphogenesis / regulation of somatic stem cell population maintenance / epithelial-mesenchymal cell signaling / myoblast migration / atrial septum morphogenesis / spinal cord dorsal/ventral patterning / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / midgut development / left/right axis specification / negative regulation of DNA binding / Activation of SMO / patched binding / forebrain morphogenesis / ciliary tip / type B pancreatic cell development / somite development / positive regulation of organ growth / dorsal/ventral neural tube patterning / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / smooth muscle tissue development / cerebellar cortex morphogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / cellular response to cholesterol / pattern specification process / mammary gland epithelial cell differentiation / dentate gyrus development / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / oxysterol binding / thalamus development / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of smoothened signaling pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / cell fate specification / central nervous system neuron differentiation / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / neural crest cell migration / anterior/posterior pattern specification / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ciliary membrane / hair follicle morphogenesis / smoothened signaling pathway / negative regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of neuroblast proliferation / heart looping / protein kinase A catalytic subunit binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of protein phosphorylation / neuroblast proliferation / vasculogenesis / Hedgehog 'off' state / skeletal muscle fiber development / centriole / homeostasis of number of cells within a tissue / astrocyte activation / protein sequestering activity / central nervous system development / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / Hedgehog 'on' state / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / cerebral cortex development / positive regulation of protein import into nucleus / multicellular organism growth / endocytic vesicle membrane / protein import into nucleus / osteoblast differentiation / late endosome / gene expression / in utero embryonic development / periplasmic space / electron transfer activity / protein stabilization / cilium / positive regulation of cell migration / iron ion binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / heme binding / dendrite / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain ...Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Soluble cytochrome b562 / Protein smoothened
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Byrne, E.F.X. / Sircar, R. / Miller, P.S. / Hedger, G. / Luchetti, G. / Nachtergaele, S. / Tully, M.D. / Mydock-McGrane, L. / Covey, D.F. / Rambo, R.P. ...Byrne, E.F.X. / Sircar, R. / Miller, P.S. / Hedger, G. / Luchetti, G. / Nachtergaele, S. / Tully, M.D. / Mydock-McGrane, L. / Covey, D.F. / Rambo, R.P. / Sansom, M.S.P. / Newstead, S. / Rohatgi, R. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis of Smoothened regulation by its extracellular domains.
著者: Byrne, E.F. / Sircar, R. / Miller, P.S. / Hedger, G. / Luchetti, G. / Nachtergaele, S. / Tully, M.D. / Mydock-McGrane, L. / Covey, D.F. / Rambo, R.P. / Sansom, M.S. / Newstead, S. / Rohatgi, R. / Siebold, C.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22016年8月10日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562,Smoothened homolog
B: Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562,Smoothened homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,4437
ポリマ－141,5682
非ポリマー8755
水00
1
A: Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562,Smoothened homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6596
ポリマ－70,7841
非ポリマー8755
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562,Smoothened homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7841
ポリマ－70,7841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.900, 63.020, 208.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Smoothened homolog,Soluble cytochrome b562,Smoothened homolog / SMO / Protein Gx / Cytochrome b-562 / SMO / Protein Gx


分子量: 70783.969 Da / 分子数: 2
断片: UNP residues 32-428,UNP residues 23-127,UNP residues 443-555
由来タイプ: 組換発現
詳細: Human Smoothened with an soluble E. coli cytochrome b562 protein replacing Smoothened residues 429 to 445.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: SMO, SMOH, cybC / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S-GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99835, UniProt: P0ABE7
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH 6, 30% (v/v) PEG500 DME, 0.1 M sodium acetate, 0.5 mM zinc chloride, 0.1 M ammonium fluoride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→61 Å / Num. obs: 25214 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 76.23 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.305 / Net I/av σ(I): 4.3 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.41 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / % possible all: 78.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4qim

4qim


解像度: 3.2→29.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.504
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2642 1302 5.18 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.2318 25151 94.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 137.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.6415 Å20 Å2-23.5459 Å2
2---25.0814 Å20 Å2
3---11.4399 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.628 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→29.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9207 0 58 0 9265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089525HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.912971HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4307SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes200HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1390HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9525HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1237SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10952SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.33 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2372 95 4.36 %
Rwork0.2584 2086 -
all0.2576 2181 -
obs--72.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.719-0.0448-2.28335.2841-1.09177.8227-0.0331-0.2428-0.38010.0453-0.0301-0.2783-0.0232-0.14630.0632-0.03360.0945-0.0188-0.2889-0.02540.0931-46.0203-3.9808107.8299
20.16150.8072-0.47230.1016-0.42561.4860.01660.0175-0.0266-0.0139-0.01350.0930.1228-0.0195-0.0031-0.11040.06220.10180.13960.0258-0.0189-41.25947.33985.4941
31.6166-0.0818-0.44380.7908-0.70015.62720.04440.5113-0.07710.00410.10040.0301-0.0983-0.5741-0.1448-0.17520.03380.04210.32940.0893-0.2687-29.395110.66556.6725
42.4756-1.59470.51721.80241.4683.3058-0.0037-0.0127-0.0227-0.0643-0.02730.0463-0.0015-0.00680.031-0.06170.00170.22280.3339-0.0976-0.13091.1285-8.413113.1706
56.6941-1.0329-1.23330.0051-1.07914.9280.0492-0.011-0.1456-0.1723-0.0512-0.077-0.0317-0.02640.0019-0.0074-0.03810.18210.37340.0097-0.223522.830914.1804-5.2432
60.8473-0.5452-0.7060-0.6271.9485-0.00660.02630.0447-0.00320.006-0.04160.0044-0.00780.00060.028-0.05020.09750.26120.0682-0.170113.13823.896916.524
72.48080.2053-0.35190.7870.28823.07390.06120.4426-0.20680.02110.0342-0.1518-0.41390.1398-0.0955-0.2244-0.14490.08420.47530.1682-0.34721.443120.631847.9173
86.6163.4513-2.99374.0122-2.92513.62420.02410.2293-0.0770.0528-0.133-0.06590.08910.28910.10890.0909-0.1265-0.0443-0.1507-0.07480.019-13.5375-9.792290.562
90.6195-0.0072-0.28410-0.7273-0.07450.00170.0080.0154-0.0225-0.00050.0002-0.0096-0.0011-0.0013-0.0656-0.05370.01670.04560.07590.0437-34.4722-2.236598.9728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|58 - A|190 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|191 - A|216 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|217 - A|553 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|1011 - A|1131 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|58 - B|190 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|191 - B|216 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|217 - B|551 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|1011 - B|1131 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ D|1 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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