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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l4n | ||||||
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タイトル | Leishmania major Pteridine reductase 1 (PTR1) in complex with compound 1 | ||||||
要素 | Pteridine reductase 1プテリジンレダクターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Leishmania major / Pteridine reductase 1 (プテリジンレダクターゼ) / PTR1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 プテリジンレダクターゼ / 6,7-dihydropteridine reductase activity / pteridine reductase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / response to methotrexate / oxidoreductase activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leishmania major (大形リーシュマニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Dello Iacono, L. / Di Pisa, F. / Pozzi, C. / Landi, G. / Mangani, S. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Molecules / 年: 2017 タイトル: Chroman-4-One Derivatives Targeting Pteridine Reductase 1 and Showing Anti-Parasitic Activity. 著者: Di Pisa, F. / Landi, G. / Dello Iacono, L. / Pozzi, C. / Borsari, C. / Ferrari, S. / Santucci, M. / Santarem, N. / Cordeiro-da-Silva, A. / Moraes, C.B. / Alcantara, L.M. / Fontana, V. / ...著者: Di Pisa, F. / Landi, G. / Dello Iacono, L. / Pozzi, C. / Borsari, C. / Ferrari, S. / Santucci, M. / Santarem, N. / Cordeiro-da-Silva, A. / Moraes, C.B. / Alcantara, L.M. / Fontana, V. / Freitas-Junior, L.H. / Gul, S. / Kuzikov, M. / Behrens, B. / Pohner, I. / Wade, R.C. / Costi, M.P. / Mangani, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5l4n.cif.gz | 223.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5l4n.ent.gz | 177.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5l4n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/5l4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/5l4n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 30456.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: PTR1, HMTXR, L1063.01, LmjF23.0270, LmjF_23_0270 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01782, プテリジンレダクターゼ |
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-非ポリマー , 8種, 576分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NDP / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 化合物 | ChemComp-PEG / | #7: 化合物 | ChemComp-PGE / | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % / 解説: Orthorhombic crystals (clusters) |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Protein solution: 12.5 mg/mL in 20 mM Sodium Acetate pH5.3 and 10 mM DTT. Crystallisation buffer: 12% PEG 4600, 100 mM Sodium Acetate buffer pH 5.5 and 120-160 mM Calcium Acetate PH範囲: 5.3-5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月18日 |
放射 | モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→94.7 Å / Num. obs: 54151 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2BFA 解像度: 2.35→82.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.834 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.217 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.154 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→82.97 Å
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拘束条件 |
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