PDB-5l3r: Structure of the GTPase heterodimer of chloroplast SRP54 and FtsY...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l3r

タイトル

Structure of the GTPase heterodimer of chloroplast SRP54 and FtsY from Arabidopsis thaliana

要素

Cell division protein FtsY homolog, chloroplastic
Signal recognition particle 54 kDa protein, chloroplastic

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Co-translational protein targeting / Signal Recognition Particle / GTPase

機能・相同性

機能・相同性情報

protein heterotrimerization / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / protein targeting / chloroplast ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Bange, G. / Kribelbauer, J. / Wild, K. / Sinning, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Conserved Regulation and Adaptation of the Signal Recognition Particle Targeting Complex.
著者: Wild, K. / Bange, G. / Motiejunas, D. / Kribelbauer, J. / Hendricks, A. / Segnitz, B. / Wade, R.C. / Sinning, I.

履歴

登録	2016年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月20日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l3r.cif.gz	439.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l3r.ent.gz	358.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l3r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l3r_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l3r_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5l3r_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	5l3r_validation.cif.gz	57.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/5l3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/5l3r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l3qC 5l3sSC 5l3vC 5l3wC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3eps-2 6jrl-d 6eeq-d 3lc6-3 2j7p-1 4j2v-d 4mpr-d 4ocm-1 5mqp-5 4lj9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Signal recognition particle 54 kDa protein, chloroplastic

B: Cell division protein FtsY homolog, chloroplastic

C: Signal recognition particle 54 kDa protein, chloroplastic

D: Cell division protein FtsY homolog, chloroplastic

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Signal recognition particle 54 kDa protein, chloroplastic

B: Cell division protein FtsY homolog, chloroplastic

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Signal recognition particle 54 kDa protein, chloroplastic

D: Cell division protein FtsY homolog, chloroplastic

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
65.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.790, 74.750, 107.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Signal recognition particle 54 kDa protein, chloroplastic / cpSRP54 / FFC 分子量: 32424.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: FFC, CPSRP54, At5g03940, F8F6_150 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37107
#2: タンパク質	Cell division protein FtsY homolog, chloroplastic / Chloroplast SRP receptor homolog / alpha subunit CpFtsY / Fused signal recognition particle receptor 分子量: 31733.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: CPFTSY, FTSY, At2g45770, F4I18.25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O80842

#1: タンパク質

Signal recognition particle 54 kDa protein, chloroplastic / cpSRP54 / FFC

分子量: 32424.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: FFC, CPSRP54, At5g03940, F8F6_150 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37107

#2: タンパク質

Cell division protein FtsY homolog, chloroplastic / Chloroplast SRP receptor homolog / alpha subunit CpFtsY / Fused signal recognition particle receptor

分子量: 31733.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CPFTSY, FTSY, At2g45770, F4I18.25 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O80842

-
非ポリマー , 4種, 150分子

#3: 化合物	ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸分子量: 521.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₃P₃ コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→35.73 Å / Num. obs: 49064 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / R_sym value: 0.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5L3S

5l3s

解像度: 2.5→44.886 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2183	2415	5.06 %	0
R_work	0.1727	-	-	-
obs	0.1751	47771	96.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.886 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8388	0	144	140	8672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	8623
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.982	11649
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.666	5247
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1387
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1470

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5511	0.2951	112	0.2395	2471	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5511-2.6065	0.267	141	0.2279	2513	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6065-2.6672	0.316	134	0.2202	2595	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6672-2.7339	0.278	129	0.2121	2539	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7339-2.8078	0.2499	136	0.2101	2628	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8078-2.8904	0.2811	141	0.2055	2649	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8904-2.9836	0.2664	130	0.2017	2654	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9836-3.0903	0.2618	122	0.2167	2664	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0903-3.214	0.2515	165	0.2026	2668	X-RAY DIFFRACTION	98
3.214-3.3602	0.2551	149	0.1878	2703	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3602-3.5373	0.2066	149	0.1721	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5373-3.7588	0.2236	155	0.1649	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7588-4.0488	0.1874	145	0.1454	2762	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0488-4.456	0.1875	145	0.1346	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
4.456-5.1	0.1812	154	0.1243	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1-6.4224	0.2113	166	0.1781	2753	X-RAY DIFFRACTION	99
6.4224-44.8933	0.161	142	0.1572	2811	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1996	0.1455	1.1053	0.0174	0.1263	1.0338	-0.6921	-1.0298	0.9522	1.2362	0.3605	-0.3691	-0.8483	0.0325	0.4009	1.1153	0.1652	-0.236	0.5525	-0.1876	0.5479	3.7326	12.4586	43.5484
2	4.134	3.9621	4.8431	4.0317	4.9543	6.083	-0.6221	-0.6491	1.1609	0.8416	-0.3669	-0.261	-1.0208	0.2143	0.679	0.9318	0.0415	-0.3708	0.4568	-0.0835	0.6388	13.2119	7.5613	48.1684
3	2.2931	-0.2404	-0.0455	3.7004	0.0343	1.7316	0.0294	-0.1034	-0.2303	0.3773	-0.0656	0.057	0.2272	-0.0181	0.0101	0.2411	-0.0271	0.0017	0.1631	0.0119	0.1724	-0.4986	-17.9513	29.5206
4	2.28	1.5747	2.564	5.229	0.2039	3.8013	0.0823	-0.0525	-0.0409	0.3617	0.1756	-0.9994	0.1807	0.6069	-0.2275	0.2068	0.0261	-0.0801	0.3169	0.0302	0.3475	13.6794	-7.0777	31.4226
5	2.0378	-1.9289	-0.4718	2.294	1.3824	2.2291	0.0745	-0.0175	0.3716	0.0087	0.0196	-0.0641	-0.1938	0.0818	-0.0763	0.3185	-0.0618	0.0373	0.1169	0.0269	0.3607	-12.8718	20.3651	28.8152
6	1.5865	-0.2687	0.0605	2.2704	0.5057	2.4592	0.0732	0.1857	0.0198	-0.1237	-0.1129	-0.0988	-0.0504	0.1964	0.0436	0.1228	-0.0011	-0.0057	0.2063	0.0429	0.1946	0.5521	-0.9754	6.0233
7	1.1794	-1.2209	1.2489	2.5635	-1.526	4.5124	-0.2378	0.5018	0.8564	-0.0122	-0.2742	-0.3355	-0.7261	-0.3827	0.4259	0.4775	-0.0904	-0.1506	0.8734	0.3482	0.6627	34.3811	20.5652	14.463
8	0.404	0.0018	-0.6023	1.4196	0.9002	1.5528	0.0483	1.0085	-0.1371	-0.5541	-0.0459	0.227	0.3866	0.0459	-0.0373	0.6409	-0.1217	-0.0064	0.9676	-0.1214	0.3585	36.8537	-14.3651	9.6871
9	1.4197	1.8241	-1.1133	2.4383	-1.1739	1.6877	-0.1443	0.1589	-0.7471	0.2382	-0.103	0.0309	0.9293	-0.2039	0.1149	0.784	-0.1581	0.0408	0.6429	-0.3061	0.3993	40.3235	-26.1664	16.4485
10	1.8165	0.3855	0.0975	1.5104	0.026	1.9261	-0.2429	1.0737	-0.1039	-0.5373	0.1956	-0.0047	0.295	-0.0782	0.0177	0.4916	-0.1239	0.0288	0.9294	-0.018	0.2782	41.0074	-7.8765	12.4416
11	2.5829	2.542	-1.2298	5.6463	-1.1811	0.8379	0.2173	0.1374	0.4012	0.2568	0.0915	0.2904	-0.3355	-0.2073	-0.2035	0.223	0.0668	0.0315	0.2141	0.012	0.2566	51.5184	14.3588	37.3239
12	1.9138	0.7404	-0.3082	2.8307	-0.8617	1.9935	-0.0762	0.2007	-0.2157	-0.1446	0.0493	-0.1153	0.2069	-0.1024	0.0195	0.1717	-0.0036	0.0203	0.1701	-0.044	0.2046	39.9104	-12.083	39.4909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 100 through 138 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 139 through 161 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 162 through 349 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 350 through 371 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 77 through 148 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 149 through 366 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 97 through 161 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 162 through 218 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 219 through 242 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 243 through 370 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 78 through 164 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 165 through 366 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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