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- PDB-5l2f: High Resolution Structure of Acinetobacter baumannii beta-lactama... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l2f
タイトルHigh Resolution Structure of Acinetobacter baumannii beta-lactamase OXA-51 I129L/K83D bound to doripenem
要素Beta-lactamase
キーワードhydrolase/antibiotic / hydrolase / antibiotic / beta-lactamase / hydrolase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / beta-lactamase
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4J6 / ACETATE ION / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者June, C.M. / Powers, R.A. / Leonard, D.A. / Muckenthaler, T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R15AI082416 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R15AI094489 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: The structure of a doripenem-bound OXA-51 class D beta-lactamase variant with enhanced carbapenemase activity.
著者: June, C.M. / Muckenthaler, T.J. / Schroder, E.C. / Klamer, Z.L. / Wawrzak, Z. / Powers, R.A. / Szarecka, A. / Leonard, D.A.
履歴
登録2016年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22016年12月7日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,85617
ポリマ－112,4364
非ポリマー2,42013
水15,691871
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6834
ポリマ－28,1091
非ポリマー5743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6243
ポリマ－28,1091
非ポリマー5152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7755
ポリマ－28,1091
非ポリマー6664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7755
ポリマ－28,1091
非ポリマー6664
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.367, 92.149, 170.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUILEILEAA36 - 27312 - 249
21GLUGLUILEILEBB36 - 27312 - 249
12GLUGLUILEILEAA36 - 27312 - 249
22GLUGLUILEILECC36 - 27312 - 249
13GLUGLULEULEUAA36 - 27412 - 250
23GLUGLULEULEUDD36 - 27412 - 250
14ASPASPLEULEUBB35 - 27411 - 250
24ASPASPLEULEUCC35 - 27411 - 250
15GLUGLUILEILEBB36 - 27312 - 249
25GLUGLUILEILEDD36 - 27312 - 249
16GLUGLUILEILECC36 - 27312 - 249
26GLUGLUILEILEDD36 - 27312 - 249

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase / Beta-lactamase OXA-51 / Class D beta-lactamase


分子量: 28108.957 Da / 分子数: 4 / 変異: K83D, I129L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: oxa-51, blaOXA-51, AQ480_08190 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5QT35
#2: 化合物
ChemComp-4J6 / (4R,5S)-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-3-({(3S,5S)-5-[(sulfamoylamino)methyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Doripenem(open form, pyrroline tautomer form 1, SP2 connection to Thio)


分子量: 422.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26N4O6S2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 871 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.17M NH4SO4, 0.085M Na cacodylate trihydrate pH6.5, 25.5% PEG 8000, 15% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→30 Å / Num. obs: 136010 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.764 / CC1/2: 0.634 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DZX

4dzx
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.77→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.162 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.089 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19174 6865 5.1 %RANDOM
Rwork0.17462 ---
obs0.17549 129053 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.77→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7495 0 151 871 8517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.027935
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1021.96510788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.622317335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9655984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.99625.486350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.162151340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5221527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.028999
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021784
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0482.3013888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0352.2993886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8833.444868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8833.444869
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9572.6734047
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9572.6734047
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5753.8735915
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.21528.6649362
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.21528.6699363
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A160980.06
12B160980.06
21A159740.07
22C159740.07
31A163600.05
32D163600.05
41B162240.04
42C162240.04
51B159480.06
52D159480.06
61C158760.05
62D158760.05
LS精密化 シェル解像度: 1.766→1.812 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 481 -
Rwork0.286 9055 -
obs--95.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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