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- PDB-5l1r: X-ray Structure of the Substrate-free Cytochrome P450 PntM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l1r
タイトルX-ray Structure of the Substrate-free Cytochrome P450 PntM
要素Pentalenolactone synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PntM / cytochrome P450 / bicine
機能・相同性
機能・相同性情報


pentalenolactone synthase / pentalenolactone biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Pentalenolactone synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces arenae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Duan, L. / Jogl, G. / Cane, D.E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: The Cytochrome P450-Catalyzed Oxidative Rearrangement in the Final Step of Pentalenolactone Biosynthesis: Substrate Structure Determines Mechanism.
著者: Duan, L. / Jogl, G. / Cane, D.E.
履歴
登録2016年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentalenolactone synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2843
ポリマ－44,5051
非ポリマー7802
水11,151619
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.456, 164.588, 82.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Pentalenolactone synthase / Pentalenolactone biosynthesis protein M


分子量: 44504.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces arenae (バクテリア)
株: Tu469 / 遺伝子: pntM / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E3VWI3, pentalenolactone synthase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.98 % / Mosaicity: 0.15 °
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9 / 詳細: Bicine, sodium citrate, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月31日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.65 Å / Num. obs: 41488 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 14.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 20.2 / Num. measured all: 285368 / Scaling rejects: 467
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2-2.054.60.2470.935190.9
8.94-45.656.10.030.999199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.15データスケーリング
PHENIXdev_2474精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2x9p

2x9p


解像度: 2→45.65 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1727 2128 5.14 %
Rwork0.1442 --
obs0.1458 41435 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.45 Å2 / Biso mean: 20.342 Å2 / Biso min: 5.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→45.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3101 0 54 619 3774
Biso mean--16.4 34.55 -
残基数----397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9224417
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005585
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3372705
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.04650.22431240.17642329245390
2.0465-2.09770.20531160.15712532264897
2.0977-2.15440.18851690.145425712740100
2.1544-2.21780.20211220.14526472769100
2.2178-2.28940.17691330.145125872720100
2.2894-2.37120.18891320.147126342766100
2.3712-2.46620.16491280.144626452773100
2.4662-2.57840.20791610.152825882749100
2.5784-2.71430.18411530.157525882741100
2.7143-2.88440.1691450.154226492794100
2.8844-3.1070.18621490.157926412790100
3.107-3.41960.18541290.137426842813100
3.4196-3.91420.13691540.122626562810100
3.9142-4.93050.13111490.117727232872100
4.9305-45.66140.17251640.159428332997100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.7892 Å / Origin y: 27.0466 Å / Origin z: 20.3701 Å
111213212223313233
T0.0593 Å2-0.0082 Å2-0.0113 Å2-0.0785 Å2-0.0059 Å2--0.0817 Å2
L0.7924 °20.0418 °2-0.1492 °2-0.851 °2-0.2315 °2--0.8431 °2
S-0.0205 Å °-0.0338 Å °-0.0772 Å °0.0095 Å °-0.0109 Å °-0.0402 Å °0.056 Å °0.0009 Å °0.0211 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allY501
2X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 398
3X-RAY DIFFRACTION1allX601
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 619

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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