PDB-5l1c: Heteronuclear Solution Structure of Chlorotoxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l1c

タイトル

Heteronuclear Solution Structure of Chlorotoxin

要素

Chlorotoxin

キーワード

TOXIN / scorpion toxin / venom / peptide disulfide rich peptide

機能・相同性

Scorpion short chain toxin, chloride channel inhibitor / Scorpion short toxin / Scorpion short toxin chloride channel inhibitor subfamily profile. / peptidase inhibitor activity / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / chloride channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Chlorotoxin

機能・相同性情報

生物種

Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (サソリ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Mobli, M. / Braga, C.B. / Sharma, G.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure and dynamics of Chlorotoxin, a glioma specific scorpion toxin
著者: Braga, C.B. / Sharma, G. / Jia, X. / Ramanujam, V. / Rittner, R. / Mobli, M.

履歴

登録	2016年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l1c.cif.gz	233.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l1c.ent.gz	199.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/5l1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/5l1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1chl
類似構造データ	1ic9-d 6v6t-d 5t3m-d 6nw0-1 6gim-3 1lmr-d 6bi5-d 1niy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30149

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chlorotoxin

4.01 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Chlorotoxin / ClTx 分子量: 4011.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Venom 由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus quinquestriatus (サソリ) プラスミド: pLIC-C 詳細 (発現宿主): Periplasmic export of MBP fusion protein 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHUFFLE / 参照: UniProt: P45639

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	3D HNCO
1	3	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	isotropic	1	3D HBHA(CO)NH
1	5	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	9	1	isotropic	1	3D C(CO)NH
1	8	1	isotropic	1	3D H(CCO)NH
1	7	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	10	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	6	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aromatic

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 370 uM [U-13C; U-15N] Chlorotoxin, 20 mM sodium phosphate, 5 % D2O, 95% H2O/5% D2O
詳細: 20 mM phosphate buffer / Label: 15N/13C CLTX / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
370 uM	Chlorotoxin	[U-13C; U-15N]	1
20 mM	sodium phosphate	natural abundance	1
5 %	D2O	natural abundance	1

試料状態

詳細: PH 5.8 / イオン強度: 20 mM / Ionic strength err: 2 / Label: CONDITION 1 / pH: 5.8 / PH err: 0.2 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.5

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 900 MHz / 詳細: EQUIPPED WITH CRYOPROBE

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	3.1	Bruker Biospin	collection
Rowland NMR Toolkit	3	Jeffrey C. Hoch, Alan S. Stern University of Connecticut	解析
Analysis	2	CCPN	chemical shift assignment
TALOS	N	Cornilescu, Delaglio and Bax	データ解析
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	geometry optimization

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 3 / 詳細: Automated NOE assignment

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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