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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l1a
タイトルCrystal structure of uncharacterized protein LPG2271 from Legionella pneumophila
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology
機能・相同性Domain of unknown function DUF5638 / Family of unknown function (DUF5638) / membrane => GO:0016020 / Chem-I3C / DUF5638 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Yim, V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115586 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein LPG2271 from Legionella pneumophila
著者: Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Yim, V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2016年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6796
ポリマ－12,8851
非ポリマー2,7945
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.154, 44.657, 54.136
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / LPG2271


分子量: 12885.265 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-110 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2271 / プラスミド: p15Tv lic
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5ZT91
#2: 化合物
ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1M Citric acid, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月15日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 4158 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 20.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 0.791 / Net I/av σ(I): 15.524 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 24051
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.443.10.196180.9
2.44-2.493.50.179187.3
2.49-2.533.90.159196.2
2.53-2.594.80.142198.5
2.59-2.645.20.1371100
2.64-2.75.90.1231100
2.7-2.776.20.12199.5
2.77-2.856.30.1121100
2.85-2.936.50.1091100
2.93-3.026.30.0971100
3.02-3.136.50.1011100
3.13-3.266.30.0931100
3.26-3.416.50.0961100
3.41-3.586.40.091100
3.58-3.816.20.0941100
3.81-4.16.50.0951100
4.1-4.526.50.092199.5
4.52-5.176.30.0981100
5.17-6.516.20.0721100
6.51-505.50.068198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2386精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→34.449 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 21.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 333 4.55 %
Rwork0.1915 --
obs0.1937 7314 96.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.5 Å2 / Biso mean: 21.4159 Å2 / Biso min: 4.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→34.449 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数880 0 80 65 1025
Biso mean--47.71 30.17 -
残基数----108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5151320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.818553
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3972-3.01990.25231980.19833344354294
3.0199-34.45240.24161350.18836373772100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.07650.37321.45350.5778-0.22096.1746-0.0248-0.09680.1850.156-0.10190.1748-0.1563-0.45420.17330.15940.0080.05790.1302-0.02820.2472-7.004841.04616.4535
21.5446-0.15741.0040.85970.09752.1934-0.07610.08890.05680.015-0.034-0.0026-0.18340.16540.07690.108-0.01730.00140.09990.02150.12491.530142.32466.9383
31.2461.0176-0.98612.9152-1.78373.08480.012-0.0738-0.0812-0.2769-0.1328-0.2212-0.00190.38910.16110.150.0288-0.00410.11580.00010.176513.224434.90889.8577
47.23671.49-1.67856.46761.05963.7608-0.25810.15230.4990.18680.0549-0.4895-0.36080.28280.09480.1028-0.0019-0.04750.2041-0.01880.195211.415342.801313.5723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 31 )A0 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 76 )A32 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 77 through 95 )A77 - 95
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 96 through 110 )A96 - 110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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