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Yorodumi- PDB-5l1a: Crystal structure of uncharacterized protein LPG2271 from Legione... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5l1a | ||||||
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Title | Crystal structure of uncharacterized protein LPG2271 from Legionella pneumophila | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology | ||||||
Function / homology | Domain of unknown function DUF5638 / Family of unknown function (DUF5638) / membrane => GO:0016020 / Chem-I3C / DUF5638 domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Yim, V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of uncharacterized protein LPG2271 from Legionella pneumophila Authors: Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Yim, V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5l1a.cif.gz | 61 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5l1a.ent.gz | 44.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5l1a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5l1a_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5l1a_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | 5l1a_validation.xml.gz | 7.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5l1a_validation.cif.gz | 9.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/5l1a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/5l1a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12885.265 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-110 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (bacteria) Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: lpg2271 / Plasmid: p15Tv lic Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q5ZT91 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-I3C / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 3.5 / Details: 0.1M Citric acid, 25% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 1.7712 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Aug 15, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.7712 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 4158 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 20.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 0.791 / Net I/av σ(I): 15.524 / Net I/σ(I): 15.6 / Num. measured all: 24051 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.4→34.449 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.48 / Phase error: 21.49
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.5 Å2 / Biso mean: 21.4159 Å2 / Biso min: 4.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→34.449 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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